使用biopython可视化染色体和基因元件

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基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件常用圈图形式展示，示例如下

在biopython中，通过BiolGraphics子模块可以对基因组结构进行可视化，支持线性和圈图两种可视化方式。其中，基因组结构信息存储在genebank格式的文件中，首先通过Bio.SeqIO读取结构信息，然后通过Bio.Graphics模块进行可视化。

以下列数据为例，先来看下可视化的用法

>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005816

首先是读取gb文件，代码如下

接下来提取gb文件中的feature信息，构建用于绘图的数据结构，代码如下

最后进行绘图即可，代码如下

输出结果如下

对于圈图，只需要修改简单修改绘图的参数即可，代码如下

输出结果如下

除了圈图之外，biopython还可以绘制染色体图。最简单的绘图，只需要提供染色体名称和对应的长度即可，代码如下

输出结果如下

更进一步，可以在染色体上添加注释，标记基因组结构元件在染色体上的分布，代码如下

输出结果如下

相比circos,biopython的track可能没有那么多种丰富的表现形式，但是也有其独特性。更重要的是，在染色体上标记特定元件的这种可视化方式，应用非常广泛，snp, ssr, cnv, genge等等都可以进行标记。

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