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功能升级新体验!BGI-PETA V2.0持续助力肿瘤数据统计分析

BGI-PETA(Pan-cancer Encyclopedia of Trans-omics Analysis)泛肿瘤跨组学百科全书,是华大肿瘤大数据服务系统。帮助用户管理和分类海量数据、总结和分析数据规律、深度挖掘数据,从而助力临床决策、新思路探索及科研产出。

基于前期大家的体验反馈,BGI-PETA进行了功能、设计升级,以期为大家提供更全面优质的服务。

接下来,让我们看下如何利用新增功能给数据挖掘增加乐趣。

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如您对选择样本全部变异生成的报告或目标报告为样本运营报告,则可跳过变异筛选

新版报告功能让操作更便捷

新版报告功能,点击Report按钮后即可打开页面;同时报告查看页面提供报告存储功能,可存储最新十份报告

报告生成模块分为两步:

1.数据集筛选,点击Report按钮。数据集为可视化页面筛选的数据集。

2.选择报告模板。报告模板分为三类:通用模板、共享模版个人模板。挑选报告模板后点击模板下方的Run按钮提交,系统自动分析并跳转至报告查看页面。

通过报告任务查看页面,可查看已存储的报告。正在运行的报告显示状态为Running,已完成的报告显示状态为Completed。此页可存档最近生成的10个报告,一键生成报告的同时,您可快速查阅历史报告

BGI-PETA将持续更新报告模板及迭代报告功能,提供更多分析应用场景。

*如您有生物信息背景,还可利用pypeta软件包,制作个性化报告模板,充分利用数据库数据满足个性化需求。

2

新增变异查询:精确检索 快捷展示

新增加变异查询功能,满足您在数据统计时需检索单个变异的需求。在分析研究群体数据时,可在Summary页面中的搜索框中输入具体位点,一键查询到该位点的突变频率,结果呈现在Mutated Gene表格中。

该功能目前仅支持单个变异位点的搜索,输入的格式有以下三种:

格式2:基因名称:p.氨基酸突变(例:EGFR:p.T790M);

格式3:基因名称:c.cDNA突变(例:EGFR:c.2369C>T)。

如下图所示,查询某收录数据的非小细胞肺癌患者中特定变异位点EGFR:p.L858R的突变频率。可观察到该变异在该群体中共发生了178次,即有178个样本检测到此变异,该群体突变频率为3.31%(示例数据)。同时页面上部添加了“Search:  EGFR:p.L858R”筛选条件以做记录。

*点击查询后的样本,所有属性实时交互,呈现有EGFR:p.L858R突变的样本的信息。

3

添加密码修改:便捷操作 安全提升

新增了密码修改功能。您在登录页面可通过点击右下角的密码选项功能,进入修改密码的界面。密码修改功能在方便登录同时,更为大家提供一定的安全保障。

4

全新2.0设计:界面优化 体验升级

除了增加新功能、报告功能迭代,我们还对BGI-PETA系统网站做了全新界面设计。在保留原有交互习惯和风格特色的前提下,新版页面进行了图片、色彩、图标、排版等全方面的重新设计,为您呈现更好的视觉效果。

BGI-PETA系统以建设国内更大更全肿瘤组学数据库为发展方向,持续更新高质量数据,不断优化更新功能,为科研工作者提供更加便捷的可视化平台及数据挖掘系统。

  • 发表于:
  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20201225A09TJQ00?refer=cp_1026
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