pybedtools：对bedtools的封装和扩展

欢迎关注”生信修炼手册”!

bedtools是区间操作最常用的软件，pybedtools对其进行了封装，可以在python编程环境中灵活使用bedtools,而且进一步拓展出了很多有用的功能。

在pybedtools中， 核心是以下两个对象

1. BedTool

2. feature

BedTools表示一个区间文件，支持BED, GTF, GFF, BAM等多种格式以及对应的压缩文件，feature表示文件的每一行，包含了染色体，起始，终止位置等相关属性和信息。

1. BedTool

构建BedTool对象的代码如下

bedtools这个软件相关的子命令，都在pybedtools中进行了实现，以取交集为例，对应的用法如下

取交集对应的函数为intersect, 对于bedtools子命令的相关选项，则以函数参数的形式封装在对应的函数中。

进行运算之后，结果可以通过如下两种方式来保存

saveas操作支持添加trackline, 在基因组浏览器中展示，而moveto方法只是简单的保存结果。本质上，pybedtools的运算结果，都以临时文件的形式存在，saveas相当于拷贝临时文件，生成新文件，moveto相当于重命名临时文件，速度更快。

在pybedtools中，大部分函数的返回结果都是BedTools对象，因此可以接受连缀写法，示例如下

与此同时，考虑到区间操作的特性，还进行了运算符重载，比如+号表示并集，-号表示差集，示例如下

2. feature

feature对象是文件中的一行，可以通过下标来访问，示例如下

对于feature中的每一列信息，可以通过数字下标，属性值，key这3种方式来访问，示例如下

feature还拥有fields属性，以列表的形式存储了对应的值，可以用于遍历操作，示例如下

对于feature而言，pybedtools提供了each和filter操作，进一步扩展其功能。filter操作则用于过滤行操作，过滤掉长度小于100feature的代码，示例如下

each操作对每一行进行遍历，主要用于统计一些新的指标；统计每个区间长度的代码，示例如下

以上只是pybedtools的基本用法，更多的用法可以查看官方的API文档。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！生信知识浩瀚如海，在生信学习的道路上，让我们一起并肩作战！

本公众号深耕耘生信领域多年，具有丰富的数据分析经验，致力于提供真正有价值的数据分析服务，擅长个性化分析，欢迎有需要的老师和同学前来咨询。