一文教你如何掌握基因功能和信号通路分析

大家在进行差异基因表达分析时，会得到一批显著差异基因，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥叫GO功能注释呢？啥是KEGG？

作为小白的我真是有点混淆呢！今天就给大家详细介绍一下GO/KEGG的强大之处！以及我们如何从这批差异基因中如何得知他们参与的功能与通路。

GO（gene ontology）

先说说GO，GO（gene ontology）分别从功能、参与的生物途径、细胞中的定位，对基因产物进行了简单注释。所以通过GO富集分析可粗略的了解基因富集在哪些生物学功能、途径或细胞定位。

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）

再来说说KEGG，大多数听说过KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）的人都会把它当做一个基因通路（Pathway）的数据库，其实它的功能远不止于此。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库。KEGG拥有好多子数据库，而其中有一个数据库叫做KEGG Pathway，专门存储不同物种中基因通路的信息，也是大家用的最多的一个，所以，久而久之，KEGG就被大家当做是一个通路数据库了。

现在问题来了，我们手握这么一批差异基因该如何知道他们参与的功能和通路呢？所以主角闪亮登场，就是今天要给大家介绍的，可以找到差异基因参与的功能与通路的在线分析工具——DAVID与KOBAS。

GO与KEGG富集分析，往往同时出现在不同场合，DAVID其实就可以做GO与KEGG富集分析，但相比之下，KOBAS画出的图更赏心悦目，但KOBAS不支持直接输入gene symbol ，所以我们常常联合DAVID和KOBAS一起进行使用。

话说David到底有多神奇呢？据统计仅DAVID这一个软件就发表了10篇sci文章，其中5分以上7篇，累计影响因子将近85分。其他用DAVID进行分析并发表的文章就更不计其数了。DAVID数据库分为几块，分别是功能分析、ID转换、基因功能分类、基因查找等。DAVID需要用户提供感兴趣的基因列表，在基因背景下，使用提供的分析工具，提取该列表中含有的生物信息。这里说的基因列表和背景文件的选取对结果至关重要。我们得知他们参与的功能和通路后，可根据kegg/go结果来选择自己的研究方向啦。那么集万千优点于一身的“大卫”，该如何操作使用呢？

今天给大家推送的就是关于DAVID&KOBAS的使用方法，希望能够帮助大家在科研工作中少走弯路，都能早早的顺利发表自己文章。以下为课程目录。

DAVID使用教程（自制视频教学&PPT）

DAVID数据库简介

DAVID功能注释

DAVID基因ID转换

KOBAS数据库使用教程（自制视频教学&PPT）

KOBAS数据库简介

KOBAS功能注释

KOBAS基因ID转换