常用生物数据文件格式处理大全

从计算机的角度来说，生物的序列属于一种字符串，也是一种文本，因此生物信息分析属于文本处理范畴。文本存储为固定格式文件，生物信息的工作就是各种文本文件之间格式的转换，例如通过序列拼接将fastq转换为fasta，通过短序列比对将fastq与fasta合并为bam，通过变异检测将bam中突变位点提取出来转换为vcf。因此，我们可以通过总结每一种生物数据文件格式的处理方法来学习生物信息，这样当拿到固定格式的文件之后，就知道该如何来处理了。

fastq格式

fasta格式

bam格式

vcf格式

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