生信技能树论坛-研究热点版块介绍（二）-肿瘤信息学

【真诚欢迎你】我们很多版块都需要补充和完善，如果你愿意加入我们一起建设论坛，我们非常欢迎，相信这个过程你一定能收获很多，快到碗里来吧，有能力有担当的朋友请与我们联系。:)（2017.12.15）第一节关于TCGA数据下载，我能说的就是这些了迄今最方便的TCGA数据下载、整理及分析工具标准TCGA大文章需要哪些数据？[赠重磅资料]TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据01TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据02TCGA的metadata简介TCGA前期数据处理小总结TCGA数据新的下载方法TCGA数据批量下载与整理如何将TCGA下载的基因表达数据整合到一个文件TCGA documentation翻译TCGA表达批量做生存分析--菜鸟视野分析TCGA的breast cancer的LNC-RAN聚类--需要下载TCGA原始数据的权限从TCGA里面找免疫组库的数据-需要下载TCGA原始数据的权限把TCGA的一个癌种的6种数据做出一个数据库一个很有趣的工具-TCGA2BED-可以从TCGA数据库提取数据成bed格式只研究TCGA里面的chromatin regulatory factors系列基因不是所有的TCGA样本都有药物处理信息第二节一个通过文献注释基因功能的数据库【Gene RIF】癌症变异位点的临床解释数据库大全pan-cancer project 值得关注一款癌症研究试剂盒是如何研发的做一个癌症相关基因检测产品需要什么做一个肿瘤易感基因检测产品需要什么肿瘤研究领域必须知道的词肿瘤及其免疫微环境分析肿瘤信息学系列一：RNA-seq分析基本流程 -未完待续肿瘤突变位点临床解读：Clvic 数据库简单探究只要是按照primary site来定义的肿瘤都是可以进行分子分型找一个乳腺癌里面表达上调的基因，然后看看其它所有基因一个TCGA大计划的流程是怎么样的TCGA包含了美帝的20多个顶尖的研究所，你知道在哪里吗必须要了解的美国国立综合癌症网络NCCN第三节根据PubMed ID批量提取文献摘要画某个基因在GBM的subtype的表达量区别图70个Chromosomal instability (CIN)相关基因的表达作为癌症预后marker除了看gene的表达量，还可以具体看它们的isoform的表达量用CMAP来辅助你做药物研究-探索药物，表达，表型的关系都2017年的还可以继续灌TCGA的signature这样的水文章RNA-seq Normalization方法及DEG分析软件的选择问题区TCGA数据基础下载问题TCGA中miRNA数据的提取TCGA中提取lncRNATCGA提取差异lncRNATCGA基础问题关于TGCA生存时间的问题关于TCGA数据数据库中RNA-seq的问题GDC中下载文件名和临床信息对应关系请教关于TCGA数据的问题不能成功安装RtoolssurvivalROC这个包如何输出其p value和95%置信区间呢还有更多文章，请移步公众号阅读

如果你生信基本技能已经入门，需要提高自己，请关注上面的生信技能树，看我们是如何完善生信技能，成为一个生信全栈工程师。如果你是初学者，请关注下面的生信菜鸟团，了解生信基础名词，概念，扎实的打好基础，争取早日入门。