小结
一年了,没想到写了这么多~重要的是这是一个完整的分析流程,非常实用。
(需要服务器)
当你拿到了测序公司的原始数据或者你想从SRA大牛的数据都存在这里下载到有价值的数据用来分析首先你得有台服务器,看下面的教程然后这个教程告诉你省钱的方法当然如果你想要以下教程中所涉及的工具,看这个教程
怎么获得SRA(需要服务器)
自己的数据通过Filezilla3上传就好了如果想要看大牛的数据就得用SRA高速下载方法,看下面然后你需要解压成用于mapping的文件ps 这里之前是限速环节,NCBI出了一个fasterq-dump,速度飞起,命令跟fastq-dump差不多,大家可以去尝试。
现在你可以Mapping(需要服务器)
推荐使用STAR去mapping因为快!省钱!教程在这里
Mapping之后要做的(自己的电脑)
批量处理一下得到的Count文件、ps这个旧教程的代码现在看实在是有点low,以后会更新的也许你需要解决注释的问题
高效批量处理的方法
上面需要使用服务器的部分可以运用shell进行批量处理上面那句翻译成人后就是一口气Mapping一堆数据Talk less,Show Ganhuo
R分析数据部分
Deseq2定量分析Gene表达差异画个热图画个火山图做个GESA分析
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