摘在生态毒理学受试生物研究上,国内外已经开发了多种受试生物品种,如斑马鱼,大型溞,浮萍,虹鳟,反映水污染现状。 本研究通过Illumina测序技术获取河蚬miRNAs信息,为研究miRNA在环境毒理学上的应用提供了基础。利用RACE技术,克隆典型河蚬肠促胰酶肽(Cholecystokinin),Conopressin神经肽和FF神经肽基因,并进一步选取了具有神经毒性的污染物有机磷酸酯,筛查敏感的神经肽标志物,为神经肽的毒理学研究与应用提供了科学依据。使用转录组测序技术评估TDCPP和TBP对河蚬内脏团的毒理机制,为我国对TDCPP和TBP的风险评估提供依据。本论文的技术路线如图1-1。 图1-1 本论文的技术路线 第二章 基于Solexa技术的河蚬保守和新microRNA的鉴定与特征分析 2.1 引言 河蚬作为我国本土淡水贝类是生态毒理学研究的优势物种,陈辉辉等[142]通过转录制测序发现了一些环境标志物基因,如cyp30, hsp70, GABARAP, TPX1, 和SOD。但是目前还没有河蚬环境相关miRNAs的报道。 因此在本研究中,我们使用Solexa测序技术鉴定了河蚬中的miRNAs。此外还使用荧光定量PCR测定了特定miRNA转录本在不同组织中的表达情况,两种法则被用来预测miRNAs的潜在目标,本研究提供了河蚬miRNAs数据,为以后研究河蚬miRNAs的生物学功能和进化提供了技术。 2.2 材料和方法 2.2.1 河蚬的养殖 河蚬取自洪泽湖,养殖方法见附录1 2.2.2 miRNA的提取与测序 首先使用天根miRcute miRNA提取分离试剂盒对河蚬miRNA进行提取,然后在3’和5’接头加上测序序列,接着进行反转,建库,PCR扩增,使用聚丙烯酰胺凝胶分离纯化145-160nt的小RNA,加接头,最后上机测序。提取与测序流程如图2-1。 图2-1 miRNA库建立与测序 2.2.3 miRNA测序数据生物信息学分析 由Solexa测序产生的单个序列通过FASTX工具进行数据过滤,评估序列质量去除低质量序列和3’接头,5’接头和多A序列,计算小RNA长度分布[143, 144]。余下的干净序列使用blast搜索比对到牡蛎基因组上[145]。接着使用BLASTN将有意义的匹配序列比对到Rfam数据库[17]注释rRNA,tRNA,snRNA和其他ncRNA序列。剩下的小RNA比对到miRBase 21中的后生动物成熟miRNAs库。一样或与参考的成熟miRNAs相关的序列被认为是保守miRNAs。没有匹配到任何数据库的序列被比对到牡蛎基因组用来预测新miRNAs。与牡蛎基因组没有任何差别的序列通过MIPEAP折叠来确定为潜在的新miRNAs。使用了如下法则来确定)用DEPC处理过的水和无水乙醇配制成75%乙醇,按每ml Trizol 液加入至少1ml 的比例加入75% 冰预冷的乙醇,用手轻轻上下翻转约50次,用移液器反复吸吹悬浮的沉淀。 (6)8000 g,4°C下离心5min,尽量弃上清。 (7)室温瞭干,注意不要干燥过分,然后将RNA 溶于无核酸水中。利用DNA 的紫外分光光度计检测提取的RNA样品纯度和浓度。一般OD260/OD280>1.8时,样品纯度符合要求,其余的RNA于-80℃冻存,进行反转录合成。 3.2.3.2. 去除 RNA 中的 DNA (1)用 RNase-free DNase 去除样品中DNA污染。 DNaseⅠ消化处理反应体系(20μL) RNA16μL DNaseⅠ2 μL 10×DNaseⅠ Buffer2μL Total volume 20 μL (2涡旋混匀后,37°C 水浴 30min。 (3)加入RQ1 DNase Stop Solution 1μL,混匀,瞬时离心,65°C 反应 10min。 (4)RNA浓度采用紫外分光光度计测定A260/A280 大于1.8,其余的RNA于-80℃冻存,进行反转录合成。 3.2.3.3. cDNA 第一链的合成 首先使用Multiskan GO酶标仪对提取并去除DNA污染的总RNA进行定量,使用Promeg
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最近,大多数的同仁都很兴奋,因为单位里调来一位新主管,据说是个能人,专门被派来整顿业务的。
可是日子一天天过去,新主管却毫无作为,每天彬彬有礼进办公室,便躲在里面难得出门。
那些本来紧张得要死的坏份子,现在反而更猖獗了。
他哪里是个能人嘛!根本就是个老好人,比以前的主管更容易唬!
四个月过去了,就在真正努力工作的同事为新主管感到失望时,新主管却发威了:
坏份子一律开除,能人则获得晋升。
下手之快,断事之准,与之前表现保守的他,简直像是全然换了个人。
年终聚餐时,新主管在酒过三巡之后致词:
相信大家对我新到任期间的表现,和后来的大刀阔斧,一定感到不解。
现在听我说个故事,各位就明白了。
我有位朋友,买了栋带着大院的房子。
他一搬进去,就将那院子全面整顿,杂草、树一律清除,改种自己新买的花卉。
某日,原先的屋主来访,进门大吃一惊的问:
“那最名贵的牡丹哪里去了?”
我这位朋友才发现,他竟然把牡丹当草给铲了。
后来他又买了一栋房子,虽然院子更是杂乱,他却是按兵不动。
果然——
冬天以为是杂树的植物,春天里开了繁花;
春天以为是野草的,夏天里成了锦蔟;
半年都没有动静的小树,秋天居然红了叶。
直到暮秋,它才真正认清哪些是无用的植物,而大力铲除,并使所有珍贵的草木得以保存。
说到这儿,主管举起杯来:
让我敬在座的每一位!
如果这个办公室是个花园,你们就都是其间的珍木。
珍木不可能一年到头都开花结果,只有经过长期的观察才认得出啊!
别急着对一个人下判断,短暂的相处不能让你了解一个人。一个错误的判断,可能会让你失去一个好帮手、好朋友。
无论您有多忙,请花1秒钟的时间把它放到你的圈子里!可能您的朋友就需要!谢谢!
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