细胞外囊泡miRNA数据库使用简介

前几天小编介绍了华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库（点击直达）。华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库。一个好的数据库在前期可以帮助确定要深入研究的基因，从而使后期的功能和机制研究更顺利。但目前细胞外囊泡相关的数据库较少，很多时候只能基于自己的芯片或者测序结果选择深入研究的基因。近日华中科技大学的老师们推出的细胞外囊泡miRNA数据库为大家提供了一个进一步验证自己数据的平台。

这一数据库收录的数据比较广泛，样本量也比较大，利用这一数据库可以查询特定组织细胞来源细胞外囊泡的miRNA表达情况，也可以通过搜索特定的miRNA查询其在不同组织细胞的表达情况。我们邀请数据库的开发者对该数据库做了一个简单的介绍，希望能够帮助大家更好地了解和使用这一数据库。（在此感谢文章的作者刘腾博士的悉心讲解）

细胞外囊泡（Extracellular Vesicles，EV）作为细胞间通讯的重要媒介，其内含物为各种疾病提供了潜在标志物，是液体活检的热门方向之一。近日华中科技大学的郭安源教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表论文EVmiRNA: TheExtracellular VesiclesmiRNA Database(Liu, Zhang etal. 2018)（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA），揭示17种器官或疾病来源的外泌体或微泡的miRNA表达谱，鉴定了每种细胞外囊泡的特异表达miRNA，提供了miRNA在各种细胞外囊泡和癌症中的表达谱，miRNA的靶基因，调控通路和功能等注释信息，为细胞外囊泡的miRNA研究提供重要资源。

下面从4个方面介绍EVmiRNA使用方法：

1）外囊泡的来源浏览，

2）外囊泡表达的miRNA浏览，

3）外囊泡特异表达的miRNA浏览，

4）搜索

1）外囊泡的来源浏览

用户可进入sample页面浏览（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/browse），如下图，点击感兴趣的来源，进入详细结果页面。也可在首页的sample search中查找。

比如，我们点击B cell，得到下图，包含Bcell EV表达量下载，样本总体概况，高表达miRNA表达热图，以及reference和EV提取方法等。

2）外囊泡表达miRNA浏览和查询

用户如想浏览某个miRNA在不同细胞外囊泡中的情况，可进入miRNA页面（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/mirnalist），如下图，该页面列出了所有外囊泡中表达的miRNA和对应基本信息，如果想概览某个miRNA在各种囊泡中表达，可点击对应的Detail。然后点击感兴趣的miRNA id会进入该miRNA的详细信息页面。

如上图，点击has-let-7a-5p，进入对应的详细信息页面，如下图，用户可以浏览对应miRNA的基本信息，表达谱，靶基因，调控pathway，功能和对应文献等。

3）外囊泡特异miRNA浏览

如果用户，想查看某种细胞外囊泡的特异miRNA，可以进入Specific miRNA页面（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/special），如下图，

左侧点击自己感兴趣的EV或着cancer type，右侧会显示对应的特异miRNA和对应的样本参考文献。

4）搜索

用户可以在首页进行miRNA id的搜索，以及各种外泌体来源的搜索，如下图。

在Search（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA/#!/search）页面进行miRNA ID以及各种来源外囊泡miRNA表达量的联合搜索。

另外所有的数据都自由下载，提供学术使用，在docment的download部分（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/document），提供了每种来源外泌体的表达量以及isoform比对的文件下载。

希望这个简单的介绍可以帮助大家更好的使用这一数据库。

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