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LncRNA-长链非编码RNA
(Long non-coding RNA, lncRNA)
是长度大于200个核苷酸的非编码RNA
目前多个lncRNA与多种疾病的关系
已经被逐渐建立
很多机制也在逐渐被揭开
兰娥
目前已知功能的以及明确关联疾病的lncRNA
还是少数派
大量的新的未知功能的lncRNA
等待着被研究
今天的小文
从两方面大致汇总下
(1)
已知功能和与疾病关系的lncRNA
有哪些靠谱的数据库供查询?
(2)
尚未明确功能的lncRNA有哪些算法和软件
用来预测功能以及与疾病的关系?
由于涉及内容较多
每个具体数据库/软件不再展开使用方法
后续文章里会挑选个别的进行展示
内容框架
【1】LncRNA功能相关数据库
LncRNA综合性数据库
LncRNA相关的结构和突变(包含SNP)数据库
LncRNA表达数据库
LncRNA-疾病数据库
LncRNA互作和靶点数据库
【2】LncRNA功能预测算法和软件
基于序列比对的算法
基于基因共表达的算法
基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法
基于lncRNA综合特征的算法
以下为具体list
LncRNA综合性数据库
1. LncRNAdb
lncRNA的综合性参考数据库
2. LncRNome
lncRNA的综合性数据库
3. LncRNA2Function
基于RNA-seq数据的lncRNA
功能综合数据库
4. NONCODE
非编码RNA的综合性数据库
5. LncRBase
zhumur/lncrbase/
lncRNA的综合性数据库
6. lncRNAWiki
可公共编辑的lncRNA数据库
7. GreeNC
植物相关的lncRNA数据库
8. lncRNAMap
lncRNA的综合性数据库
9. Linc2GO
http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/liuke/
Linc2GO/index.html
lncRNA的综合性数据库
10.lncRInter
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRInter/
lncRNA的综合性互作数据库
11.DIANA-LncBase
lncRNA-miRNA互作数据库
12.lncRNAtor
LncRNA相关的结构和突变(包含SNP)数据库
1. LncRNASNP
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/
LncRNA相关多态性位点SNP的数据库
2. SNP@lincTFBS
LncRNA相关多态性位点SNP的数据库
3. LNCipedia
LncRNA序列和结构的数据库
4. LNCediting
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/
LncRNA相关RNA编辑的数据库
5. Lnc2Meth
http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/
LncRNA相关DNA甲基化的数据库
LncRNA表达数据库
1. NRED
LncRNA表达数据库
2. deepBase
http://biocenter.sysu.edu.cn/deepBase/
基于深度测序数据的非编码RNA数据库
3. ChIPBase
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
基于chip-seq数据的非编码RNA数据库
LncRNA-疾病数据库
1. LncRNADisease
已有实验支持的lncRNA-疾病数据库
2. Lnc2Cancer
http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer
已有实验支持的lncRNA-肿瘤数据库
3. MNDR
http://www.rna-society.org/mndr
已有实验支持的非编码RNA-疾病数据库
4. TANRIC
main/TANRIC:Overview
肿瘤相关的lncRNA数据库
LncRNA互作和靶点数据库
1. DIANA-LncBase
miRNA–lncRNA功能互作数据库
2. LncRNA2Target
LncRNA靶点数据库
(LncRNA敲减/过表达后差异基因数据库)
功能预测工具(基于序列比对的算法)
1. 基于比较基因组学的方法
(基于物种之间基因组比对)
参考文献
Khachane AN, Harrison PM. Mining mammalian tran- script data for
functional long non-coding RNAs. PLoS One 2010;5:e10316.
2. ORF-Predictor/BLASTP pipeline
(开放阅读框预测和BLASTP的一套流程)
参考文献
Jia H, Osak M, Bogu GK, et al. Genome-wide computational identification
and manual annotation of human long non- coding RNA genes. RNA 2010;16:1478–87.
功能预测工具(基于基因共表达的算法)
1. 基于CNC模型的预测
(基于编码和非编码RNA的共表达数据)
参考文献
Liao Q, Liu C, Yuan X, et al. Large-scale prediction of long non-coding RNA functions in a coding-non-coding gene co- expression network. Nucleic Acids Res 2011;39:3864–78.
2. Lnc-GFP
(基于基因共表达以及蛋白互作PPI的模型)
参考文献
Guo X, Gao L, Liao Q, et al. Long non-coding RNAs function annotation: a global prediction method based on bi-colored networks. Nucleic Acids Res 2013;41:e35.
3. Co-LncRNA
(一个基于共表达数据的,
兼顾GO和PATHWAY分析,
可直接导出图片的在线预测工具)
参考文献
Zhao Z, Bai J, Wu A, et al. Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data. Database (Oxford) 2015;2015.
4. LnCaNet
(基于表达谱数据的lncRNA-癌症预测模型)
参考文献
Liu Y, Zhao M. lnCaNet: pan-cancer co-expression net- work for human lncRNA and cancer genes. Bioinformatics 2016;32:1595–7.
5. 基于WGCNA的预测模型
(基于共表达谱数据的lncRNA-多种癌症
预测模型)
参考文献
Li S, Li B, Zheng Y, et al. Exploring functions of long noncod- ing RNAs across multiple cancers through co-expression network. Sci Rep 2017;7:754.
功能预测工具
(基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法)
1. KATZLGO
(基于lncRNA和蛋白,各自互作以及
之间互作数据)
参考文献
Zhang Z, Zhang J, Fan C, et al. Large-scale prediction of LncRNA functions by using the KATZ measure based on multiple networks. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform: KATZLGO 2017.
2. NeuraNetL2GO
(基于GO数据和多重神经网络的高级算法)
参考文献
Zhang J, Zhang Z. Wang Z, et al. Bioinformatics: ontologi- cal function annotation of long non-coding RNAs through hierarchical multi-label classification. 2017.
功能预测工具(基于lncRNA综合特征的算法)
1. COME
(基于序列比对和实验数据的综合性算法)
参考文献
Hu L, Xu Z, Hu B, et al. COME: a robust coding potential calculation tool for lncRNA identification and characteri- zation based on multiple features. Nucleic Acids Res 2017; 45:e2.
2. LncRNA Ontology
(在线可用,基于染色质数据和
表达数据的复合算法)
参考文献
Li Y, Chen H, Pan T, et al. LncRNA ontology: inferring lncRNA
functions based on chromatin states and expression pat- 76.
terns. Oncotarget 2015;6:39793–805.
本文参考文献
Computational models for lncRNA function prediction and functional similarity calculation (2018)
Long non-coding RNAs and complex diseases: from experimental results to computational models (2017)
以上的数据库盘点也总结在bio-bio-bio.com
从首页
表观基因组学->非编码RNA
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