本方法依赖于王秦虎写的R包aid,网址为https://github.com/wangqinhu/aid
首次使用需要做的一些准备工作,第二次用的时候不再需要重复操作:
首先电脑需要安装最新版的R及Rstudio软件,下载地址是:
R: http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
Rstudio:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
默认设置安装就好。
安装成功后,我们需要安装本分析用的R语言包aid包
首先在Rstudio命令行输入界面中,输入install.packages(“devtools”)
待安装完成后,输入:library(devtools),回车;
然后再输入install_github(repo ="wangqinhu/aid"),回车。
至此,所有准备工作完成。
注意:命令行请不要复制粘贴,请在英文输入法的情况下键盘手动敲入
首先将自己的数据整理成如下格式:
最左上角为一个空格,最左边一列是不同株系的名称,最上面一行为不同的发病等级,数值与数值之间用tab间隔开,也可在excel中做成上面的格式,直接粘贴到txt文本文件中,默认为tab键隔开。将整理好的文本保存到D盘根目录下,保存文字为1.txt。文本路径为“D:/1.txt”
注意:第一行一定要是对照,即你所有的植株跟谁比就把谁放到第一行。
2. 打开Rstudio,输入命令行library(aid),按回车键,然后输入命令行aid("D:/ 1.txt",type = "grade", alternative="two.sided", paired=FALSE),然后就会得到下图:
命令行中的alternative=“two.sided”可以根据需要修改为“greater”或者“less”,two.sided是双边检验,“less”和“greater”是单边检验,大家可以根据自己的实验需要进行修改。
上面的第二行代表差异显著性,有星号的表示有显著性差异,一个星号是p-value
3 然后点击右边的export按钮
三个选项均可选择,保存为图片中可以设置图片的保存格式及大小,自己可以根据需要设置图片的保存格式及长宽比例。
由于该脚本不能设置文字的大小,有可能保存的图片并不能符合发表需要,这就需要用Adobe illustrator软件对其进行局部修改。
注意:假如病害等级大于四级后,就会出现如下情况:
就是最右边的图例显示不完全。
这种情况就需要将自己的图片导出为pdf格式的文件,然后用Adobe illustrator进行局部修改。
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