今天是生信星球陪你的第73天
你想找辆共享单车,发现满街都是别家车,没有一辆你能骑。
你想学点生信,搜了“初学者教程”,满眼尽是高大上,没有一句能看懂。
终于你跨越茫茫宇宙,来到生信星球,发现了初学者的新大陆!
.Perl中的哈希
哈希数据是没有顺序的;使用键值对,键是唯一的,值可以相同;使用大括号调取键【数组是用中括号,这个区别要注意】;引用哈希变量用【标量变量用,数组变量用 】;哈希中存储的键值对形式:
定义空哈希:
将列表改成哈希:
例如有这么一份表格,表示字母与数字的对应:
对哈希进行遍历:
函数
对哈希进行遍历也可以用
循环中用
检测哈希中某个键是否存在:
生信中的应用~
用哈希进行序列提取:
根据固定的id从另一个文件或者数据库提取出序列
一般处理方式是:将小的数据集存储到一个哈希中,然后再遍历大的数据集,每次判断id在哈希中是否存在,如果存在就输出,不存在继续循环
就想NCBI blast过程,就是根据id去找序列的过程。【那么如果将大的数据集存到哈希中,用小数据集遍历可以不可以实现呢?其实也可以,但是会消耗大量的资源,不值得!就想去blast,如果将大的NCBI nt数据库存到哈希,那么这个数据库有80多个G,是很慢的】
写完脚本可以用 查看脚本是否正确
初学生信,很荣幸带你迈出第一步。
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