遗传病测序数据分析解读科普系列 第1.1期 解读必要数据：变异注释

遗传病测序数据分析解读科普系列

第1.1期解读必要数据:变异注释

好的工具，让复杂遗传病易于被诊断

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背景介绍

解读流程回顾

由于目前通用的变异数据文件vcf通常是无法直接进行遗传病变异分析，因此需要通过变异注释为数据解读提供必要的信息。

注释前

注释后

1

变异注释介绍

变异注释分类

变异注释的主要分三个部分：

基因组功能注释

数据库信息注释

预测软件结果注释

注意，这三个部分不是绝对独立，内容上会有相互交叉，例如OMIM数据库信息注释需要依赖于基因组功能注释。

注释过程示意图：II与III属于基因组功能注释，

I与IV属于数据库信息注释，V属于变异预测软件分析注释

基因组功能注释

这步注释的目的为：

注释变异对基因组功能造成影响的相关信息，如：位于哪个基因，标注对应的refseq编号/外显子编号/cds序列和蛋白序列位置及影响等信息（如NOD2:NM_022162:exon8:c.G2722C:p.G908R）

数据库信息注释

这步注释的目的为：

标注变异相关的知识数据库（如OMIM，HPO等）或统计数据库（如ExAC，dbSNP等）相关的信息，进一步丰富可供数据解读的参考信息。

OMIM数据库中MMACHC基因部分信息

预测软件结果注释

这步注释的目的为：

通过生物信息学相关算法（如SIFT，polyphen2等），对变异进行功能有害性预测，对变异致病性分析提供参考性信息。

注意：有害性预测不等于分析致病性，也不能作为直接证据使用。

Polyphen2，SIFT有害性分析及氨基酸保守性分析

2

注意问题

注意软件及数据库差异的影响

随着NGS技术应用范围的日益增加，每个领域范围内信息更新的速度也会随之加快，因此软件及数据库的种类和版本的变化需要注意，尤其是相同功能软件分析结果之间的差异性。

不同注释软件结果差异性

图片来源：golden helix官网

不同预测软件结果比较

数据库更新

OMIM数据库更新记录

部分数据库更新文章

3

小结

变异注释是获取数据解读变异相关信息的步骤，是解读的依据和证据的来源，因此需要选择适合解读方法的相关信息（注释软件，数据库，预测软件等）。

目前工具及数据库的变化速度比较快，因此要注意相应的更新信息，保持信息的及时性及准确性。

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