时空转录组FF V1.3 实测：无忧切换，性能显著提升

时空转录组FF V1.3在保持Stereo-seq技术“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的两大优势下，通过优化时空试剂、酶、探针设计以及算法软件完成性能优化与提升。升级后，其捕获效率大幅提升，工作流程更快速简便，用户友好性显著增强，可助力研究人员轻松获得每个细胞内的更多高质量转录本数据，通过华大自主研发的CellBin细胞分割算法精准刻画组织结构空间特征，为各种应用场景下的科学研究提供无与伦比的洞察力。

不同版本数据对比，基因捕获能力显著提升

从表1可以看出，同样在2G reads左右的测序量下，Bin20和CellBin水平分析中，V1.3中MID与Gene的捕获中位数均明显优于V1.2。

表1：时空转录组FF V1.2与V1.3的数据情况对比

对小鼠脑组织的相邻切片，分别使用时空转录组FF V1.2(图1A)和V1.3(图1B)进行转录组捕获，测序量均为2G左右，V1.3的测序饱和度更低(图1C)，且在Bin20水平捕获的基因中位数明显高于V1.2(图1D)。

图1：小鼠脑组织中时空转录组FFV1.2和V1.3捕获结果对比

基因原位捕获，空间特征明晰

通过采用 Moran's I统计方法，对V1.3和V1.2版本产出的基因表达数据进行空间自相关度分析，以识别在各版本中具有显著空间特征的基因。结果表明，两个版本均能有效捕获空间特异性基因。在V1.3和V1.2中，这些基因的空间分布规律一致，并且与原位杂交(ISH)[1]结果吻合。

图2：V1.3与V1.2版本对具有空间特异性的基因捕获一致

版本切换无忧，轻松合并分析

表2展示了同一个小鼠脑样本分别使用V1.3和V1.2版本试剂盒进行实验，在测序量均为1 G reads左右时的数据情况，虽然V1.3的测序饱和度(Saturation)更低，但是在Bin50的分析水平下，其基因和MID捕获中位数均显著高于V1.2。

从空间基因表达热图也可发现V1.3(图3B)产出数据的基因表达丰度明显高于V1.2(图3A)；利用小鼠脑相邻切片的CellBin水平下Total MID Counts的分位数，我们绘制了Q-Q Cross Fit Plot图(图3C)，结果可见，V1.3的捕获能力更强；虽然两个版本的捕获能力存在差异，但是高变基因的检出一致性较好(图3D)；此外，选取了3个高变基因，分析表明，同一高变基因在不同版本中具有一致的空间分布规律(图3E)。

表2：相同小鼠脑样本使用不同版本试剂进行实验的数据产出情况

图3：不同版本试剂产出的数据结果比对

使用小鼠脑组织相邻切片分布进行V1.3和V1.2实验，通过分析结果可以看到，V1.2和V1.3产出的数据在未去批次前(图4A 左图)存在数据差异，通过Stereopy(https:/stereopy.readthedocs.io/)的Harmony去批次算法[2]分析，两个版本的数据即可顺利整合分析(图4A 右图)；其Bin50水平的细胞聚类结果，在V1.2(图4B)和V1.3(图4C)中高度吻合。

图4：两个版本数据的去批次整合情况

时空转录组FF V1.3不仅可应用于人和小鼠，也可对其他物种进行时空全转录组信息挖掘。目前，时空转录组FF V1.3已测试30多种人、小鼠以及其他物种的组织类型。

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参考文献：

[1] Allen Institute for Brain Science (2004). Allen Mouse Brain Atlas [dataset]. Available from https:/mouse.brain-map.org/.

[2] Korsunsky I, Millard N, Fan J, et al. Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony. Nat Methods.2019 Dec;16(12):1289-1296.

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