一、BLAT介绍
Blat,全称 The BLAST-Like Alignment Tool,可以称为"类BLAST 比对工具",由 W.James Kent 于 2002 年开发。
相对于BLAST,BLAT的竞争力源于两个特点,
1、可以将呈多个同源区域连接成单个更大比对结果,而BLAST则只能输出单个匹配结果,更有利定位mRNA、cDNA以及EST等特定序列在参考基因组中的位置。
2、速度快,BLAT建立参考基因组的索引是建在内存中,而BLAST 的索引是建在文件中。
二、下载安装
下载地址:https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip
解压:unzip blatSrc35.zip
查看服务器操作系统:uname -a # 含有x86_64则是64位, 含有i386则是32位
设置服务器类型: export MACHTYPE=x86_64
建立安装目录:mkdir ~/bin/x86_64
进入软件目录安装: cd blatSrc && make
添加环境变量: echo "export PATH=$PATH:~/bin/x86_64" >> ~/.bashrc #添加到随系统启动读取目录下的文件中即可
三、使用
基本命令: blat database query -t=type -q=type [-ooc=11.ooc] output.psl
# database 参考基因组序列,需要fasta格式
# query 输入序列,需要fasta格式
# -t=type -q=type 参考基因组序列类型,常用两种类型,DNA或Protein,其他相对用的少
# -ooc=11.ooc 这个参数一般不用,用了这个效果是速度提升,准确度下降,具体请参考https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1 中的“Using the -ooc flag”小节
# output.psl 输出文件,以制表符分隔,非常清晰的共线性结果,如果有疑问,具体内容请参考 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html
补充:更详细的参数描述,请参考http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html
参考资料:
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat1
http://genome.cse.ucsc.edu/goldenPath/help/blatSpec.html
https://en.wikipedia.org/wiki/BLAT_(bioinformatics)#BLAT_vs._BLAST
https://asia.ensembl.org/info/website/upload/psl.html
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