TCGA临床数据和各种组学数据自动批量下载和处理教程

TCGA转录组RNAseq数据下载  

参数含义详细介绍

func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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TCGA临床数据下载  

参数含义解释

func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

给定参数的默认值

func_data__type: clinical ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir: 是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果  

提交

已给定的参数的默认值

func_data__type: mutation ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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Maf突变文件内容

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func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称  

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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TCGA RPPA蛋白芯片数据下载  

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func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: 数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir: 是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_data__type: protein ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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TCGA mirna测序数据下载  

参数解释

func_tcga__project__strs：要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type：要下载的TCGA数据类型

nested_function：是否嵌套函数

run_file_path：数据要下载到的目录

run_read_file：是否要读取文件

run_add__res__dir：是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix：是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir：是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name：是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交  

已给定的参数默认值

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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TCGA甲基化数据下载  

分析参数详细解释

func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定的参数的默认值

func_data__type: methylation ;

nested_function: TRUE ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

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