生信笔记第七期 PyMol简介

摘要：本文介绍了蛋白质三维结构可视化编辑软件Pymol。

关键词：Pymol、python

pymol前世今生

PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system on an open-source foundation, maintained and distributed by Schrödinger.

PyMol是一个蛋白质三维可视化软件，能够生成专业的蛋白分子图，用于文章的发表，也可以生成动画，用于展示分子结构。目前，这款软件应该是用的最多的有关分子结构的软件了。

从名字可以看出来，这款软件是由python编译的，所以如果你学了点python，现在又不知道用来干什么，不如一起来学习一下这款软件的操作。

这款软件的功能很强大，作为一款集制图、动画和演示于一体，下面分别从三个方面来看一看这款软件的厉害之处：

关于制图。PyMol是Molscript, BobScript, PovScript, 和 Raster3D这些软件的替代品，但是PyMol是具有图形界面的，这是其他软件所不具备的，并且这是目前更新比较友好的软件。

关于动画。PyMol可以生成3D的分子动画，这跟Maya, Blender, Cinema4D, 和3ds Max这些三维软件是类似的。目前，PyMol还支持了跟这些软件进行交互，也许未来可以用PyMol制作分子生物学的动画教程。

关于演示。PyMol可以称的上是3D分子的ppt，可以用来演示分子的变化。

说了以上这些，我想你对于这款软件有了一定的理解了，赶快开启你的学习之旅吧！

优势和不足

优势：

图像质量好。该软件内置光线追踪器，可以为你提供任何你想要的阴影和深度。你也可以外部渲染！

动画。你可以直接加载PDB文件，然后演示，简单如斯!

输出选项。图片可以直接复制黏贴到ppt上，输出可以输出png格式的图片以及mov格式的动画。

原子选择。可以通过选择，集中到具体的原子上。

跨平台。因为是python编译的，自然而然的就可以在任何平台上运行。

不足：

用户界面。用户界面对于新手还不是太过于友好。

用户文档。教程还不是特别完善。

面向对象。有一个单一的，面向命令的编程接口。

免费吗？

因为是开源的，所以是不需要花钱就可以获取，唯一有一点是不花钱无法获得官方的支持，即有问题了只能通过广大网友了。另外windows下的版本是不提供免费的，但是对于学生免费，这个时候就可以显示出来教育邮箱的好处了。