PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具,通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图,甚至还可以进行富集分析。
软件的官网如下
https://www.pathvisio.org/
下载和安装
这款软件是java语言开发i的GUI 图形界面工具,官网提供了两种下载方式:
选择 进行下载,由于该软件用java 程序开发,必须保证在电脑上安装了java 运行环境 (JRE), 下载之后解压缩,然后双击 pathvisio.bat 文件 就可以启动该软件。
初始界面如下:
编辑通路图
我们从wikipathway 下载的gpml 通路文件,可以直接导入这个软件中。以 这个通路为例
https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP554
从上面的链接下载该通路的gpml 文件,然后依次点击 -> , 导入该文件,导入成功后,就可以看到通路图了。图中的每个元素,都是可以编辑的。
对于元素之间的连线,鼠标单击可以拖动;对于方框中的元素,单击选中之后,可以改变其大小,并移动其位置,双击会弹出编辑框,编辑节点上标注的label 信息。
不仅可以编辑原有的元素,还可以通过如下所示的工具栏中的选项,插入新的元素,具体的用法就不展开了。
对于编辑好的通路图,可以选择 -> 进行导出,可以导出为图片,支持PDF, PNG,SVG, TIFF 4 种格式,也可以另存为gpml 等文件格式。
检索基因相关的通路信息
在右侧的面板上,有个 功能,可以查询基因对应的通路信息
首先需要一个用于检索的数据库,就是一个文件夹,这个文件夹下是所有pathway的gpml文件,可以从wikipathway 的官网得到。然后输入需要检索的基因名称,提供了Symbol 和 ID 两种格式。通过 功能,可以方便的查询基因相关的通路信息。
这个软件还可以安装插件,使其功能更加强大。
总结
是一款针对wiki pathway通路的可视化工具。通过这个软件,我们不仅可以从文件得到对应的通路图,还可以对通路图进行编辑和修改;
通过功能,可以方便的查询基因相关的通路信息;
这个软件还有很多插件,将功能扩展的更加强大,值得我们去探索;
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