《中华医学杂志》的一项研究提出了连接 RNA 编辑和血细胞分化的新数据库

通过RNA将DNA转化为蛋白质的过程并不简单。在参与蛋白质合成过程的几种RNA中，有几种可能在中途被编辑。在哺乳动物中，RNA编辑主要涉及通过脱氨将腺苷（A）转化为肌苷（I），这可以产生广泛的影响。例如，A到I转换可以以不同的方式调节基因表达，并改变最终合成的蛋白质。

虽然RNA编辑是一个重要的生物学过程，但它也是包括癌症在内的一些疾病的关键潜在机制。因此，科学家们已经建立了大规模的数据库，记录了各种人体组织中的RNA编辑位点。这些数据库作为从RNA编辑组中识别潜在诊断或治疗靶点的有用平台，RNA编辑组包含给定细胞或组织中所有编辑的RNA分子。不幸的是，目前还没有针对造血细胞的RNA编辑的数据库。造血细胞的独特之处在于，它们可以发育成包括红细胞、白细胞和血小板在内的所有类型的血细胞。

在《中国医学杂志》最近发表的一项研究中，由中国医学科学院马燕妮博士领导的一组研究人员着手解决这个问题。他们建立了一个名为“REDH”的新数据库，可以方便地访问健康和恶性造血细胞的RNA编辑组。

图片信息：RNA编辑是生命的一个重要过程，但关于它如何影响血细胞的形成和发育以及它与白血病等血液疾病的关系的数据库很少。为了解决这个问题，一个研究小组创建了REDH，这是一个记录RNA编辑位点和事件及其在血细胞分化和血癌中的可能相关性的数据库。

该小组表明，在肿瘤微环境中补充谷氨酰胺严重降低了肿瘤的生长，因为树突状细胞能够更好地激活抗癌T细胞。肿瘤微环境是由癌细胞周围的化学物质和细胞组成的。臭名昭著的是，癌细胞会分泌许多信号来“关闭”这一区域的免疫反应，尤其是威胁到它们毁灭的T细胞。圣犹达大学的研究小组首次发现，在当地环境中，一种营养物质是癌细胞和树突状细胞之间的主要信号。

为了构建数据库，研究人员下载并分析了来自29名白血病患者和19名健康献血者的rna测序（RNA-seq）数据。他们还包括来自12个小鼠造血细胞群体的RNA-seq数据。使用一种称为序列比对的技术，他们准确地识别了造血细胞中超过3万个a -to- i编辑位点，以及造血癌症中涉及的近50万个编辑事件。

该数据库由四个主要模块组成：辩证、疾病、充实和知识模块。“每个模块都支持用户定义的过滤器，根据用户定义的设置动态生成表格，结果可供下载，”马博士强调说。分化模块包含有关小鼠细胞群中A-to-I编辑的详细信息，目的是帮助科学家阐明RNA编辑与造血发育之间的相关性。另一方面，疾病模块表征了来自两种不同类型白血病的约50个样本中的40多万个A-to-I RNA编辑位点。它还结合了来自每个样本的临床和基因表达信息，允许在个体患者或队列中灵活地探索RNA编辑事件。

富集模块可用于探索超过9,000个RNA编辑位点的功能目的。它将这些位点分类为“染色质组织”“DNA代谢过程的调节”和“染色体组织的调节”。这个模块可以帮助研究人员将观察到的特征或症状与任何相关的RNA编辑事件联系起来。最后，知识模块包含经过实验验证的RNA编辑事件，这些事件已知会影响造血和造血癌症。

REDH数据库将成为指导和加速RNA编辑及其与血细胞分化关系研究的有用工具。它可以让我们更深入地了解血癌，并为更好的治疗铺平道路。随着新发现的出现，该团队计划维护和更新REDH，正如马博士评论的那样，“为了使数据库与RNA编辑领域的发展保持同步，我们将继续监测新发表的文献，并扩大数据库中包含的血液疾病类型。”展望未来，马博士总结道：“我们希望我们的数据库将成为探索造血分化分子机制的宝贵资源，并确定白血病和造血恶性肿瘤的潜在治疗靶点。”

祝愿他们在REDH项目上好运，也希望他们能找到关于血癌的见解和治疗方法。

期刊：中华医学杂志DOI：10.1097/CM9.0000000000002782 文章发表日期：2023年6月30日