我正在尝试使用plink将.vcf文件转换为.ped文件。我在网上读过一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。
我希望这里可能有一些专家谁有经验与plink的vcf转换为ped。
浏览 99提问于2016-09-24得票数 4
回答已采纳
我有一个以vcf格式将电话联系人导出到sdcard的应用程序。提前感谢
浏览 4提问于2014-02-19得票数 1
回答已采纳
我尝试创建一个字符串的实际命令是： absfile = os.path.abspath(file) &#
浏览 1提问于2017-06-13得票数 0
我正在尝试使用.vcf列出特定的文件扩展名bash。我遇到的问题是目录中可能有多个.vcf，但是所需的目录中没有_，而只是格式xxx.vcf (name.vcf)。目录文件123_count.txtbash
浏览 9提问于2016-07-05得票数 1
回答已采纳
1回答
我正在使用Bcftools从GVCF文件中提取单个样本VCF。bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz the file is not BGZF compressed
有没有人知道为什么会这样？
浏览 36提问于2021-03-04得票数 0
回答已采纳
3回答
我有一个包含大量vcards的vcf文件。所以我想把他们分开。(它还决定在我家做一个新的/bin dir)
perl：我喜欢它根据联系人的名字创建vcf。
浏览 0提问于2013-05-24得票数 16
回答已采纳
我使用vcfR包读取了一个vcf数据，使用gwasvcf包想将数据转换成TwoSampleMR格式，出现了报错： 不是所有的inherits(vcf, c("ExpandedVCF", "CollapsedVCF"))都是TRUENC1 <- gwasvcf_to_TwoSampleMR(ebi_vcf
浏览 831提问于2023-04-27
我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。已附上此文件的示例。
浏览 6提问于2022-11-01得票数 -1
我的HTML中有下面这一行：当通过它提交文件时，它只允许'.vcf‘的文件，而不允许this格式的文件。
浏览 3提问于2017-07-18得票数 2
回答已采纳
2回答
我正在创建一个联系人备份应用程序，但我不知道如何备份联系人，也不知道我需要在哪个扩展中保存它，因为在安卓系统中，它将保存在.vcf扩展中，有人可以解释这一点。
浏览 5提问于2016-06-02得票数 1
回答已采纳
2回答
我有44个文件(每个染色体2个)分为两种类型：.vcf和.filtered.vcf。我希望在一个循环中为它们每个都创建一个wc -l，并将输出始终附加到同一个文件中。但是，我想在这个文件中有3列: chr1-22、wc -l of .vcf和wc -l of .filtered.vcf。我正在为22对文件尝试这段代码：wc -l file1.filtered.vcf | cut -f 1
浏览 0提问于2019-01-15得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个vcf.gz格式的文件(例如file_name.vcf.gz) --我需要以某种方式阅读它。你能帮帮我吗？
浏览 16提问于2022-06-10得票数 1
1回答
我正在尝试使用spark读取vcf文件。Spark 3.0 spark.read.format("com.databricks.vcf").load("vcfFilePath") 错误： java.lang.ClassNotFoundException: Failed to find data source: com.databricks.vcf.DataFrameReader.scala:214)Caused by: java.lang.ClassNotFoundE
浏览 44提问于2021-01-03得票数 0
回答已采纳
1回答
当我要在一个码头映像和os ubuntu18.04中使用坐列库读取一个VCF文件时，我会收到一个错误。这表明但是在VCF文件中格式很好。filedialogfrom scipy.stats import norm
GenomeVariantsInput = allel.re
浏览 14提问于2021-12-17得票数 0
回答已采纳
我有如下文件：file1.txtConsequenceSYMBOLFeature_type1P1.vcf
ConsequenceIMPACTGeneFeatureConsequenceSYMBOL
浏览 4提问于2021-04-13得票数 1
回答已采纳
我正在尝试添加一个渲染器，以允许我的模型之一响应.vcf格式。我已将以下代码添加到我的vcf_renderer.rb文件中，该文件位于我的initializers目录中：ActionController::Renderers.add :vcf do |object, options|
exit!# Testing to see if this even gets called at all
浏览 3提问于2011-05-06得票数 1
回答已采纳
我会有csv或db格式的联系信息，工具应该根据一些输入生成vcard 2.1或3.0。请提个建议。
问候
浏览 9提问于2014-01-22得票数 2
我在我的PHP网站上有一个功能，用户可以为员工下载vcard文件，但是生成的文件是.php.vcf的，在mobile.How上不支持，我可以将文件格式更改为.vcf，生成vcf的简化PHP代码如下所示。Smith');echo $generated_text;
vcard正在下载，问题出在上面提到的扩展名，即生成的是'.php.vcf‘，而不是'.vcf’
浏览 6提问于2021-09-13得票数 1
我目前有许多VCF文件，我正在将它们转换为plink格式。我使用以下参数从终端运行plink来完成此操作。但是，我需要在大约100个具有不同名称的对象上运行此命令，例如，BH4_F3_F2.g.vcf.gz BH4_F2_F1.g.vcf.gz
有没有一种方法可以做到这一点，而不需要单独执行每一个？
浏览 1提问于2018-09-12得票数 0
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
即时通信 IM活动推荐
腾讯云开发者
