本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列提取及过滤。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。...唯一不同的是Fasta Extract or Filter (Quick)中包含了过滤的功能，在这里不做赘述了。...为了便于演示，我虚构了一个名为test.fasta的序列文件，如下： >contings-1 AGCAATTCCACCTTCGTAA >contings-2 AAGTCACCAGGGGATGCAA >contings...GCATGTGCATGACCTTGGCTTCCATAACCAAAAATTGCTATTTTTTTACTTTTAATTAAA TCTACATCTGCATCTTATAAAACATTTTCATTTTT （2）提取Fasta序列文件中的序列区段...在这里我们选择提取test.fasta中contings-1的2-6号碱基、contings-3的4-8号碱基、contings-6的1-3号碱基。
开放并完成 TBtools 插件模式，用户通过 Install Plugin 安装 软件分发相对低效，于是我开发 TBtools 插件商店，Plugin Store 尽管有插件商店，但依赖于我个人的小服务器...Plugin 模式，让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本，简单的配置文件编写，TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具，插件使用人员不需要了解甚至知道 R 语言。...，我更进一步，开发的 R 脚本加密模式，当然，这个后面没有真正用起来 终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日，看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin，多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想：让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。...R Plugin Installation Helper 简单介绍 于是，我还是花了一个中午的时间，开发出来了 R 插件安装助手这一插件。 如果是高速插件商店安装，那么需要重启一下 TBtools。
很久很久以前，我期望通过 插件模式 让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。...Plugin Store 尽管有插件商店，但依赖于我个人的小服务器，带宽太小，于是我做了优化，开发了，Plugin Store at High Speed 从 TBtools 开发起（2015年），我就希望...，所有人都能来做一些贡献，我想过很多很多方案，最终测试了下 R Plugin 模式，让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本，简单的配置文件编写，TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具...，我更进一步，开发的 R 脚本加密模式，当然，这个后面没有真正用起来 终于，我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户，而他们常常会遇到一个问题，那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日，看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin，多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想：让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。
月间，TBtools随着课题组成员课题的开展和用户群体的需求而得到不小的进化。...TBtools如何获得与安装？ 大约是四年前，我开始学Java并开始TBtools的开发。...所有对TBtools感兴趣的用户，均可以加入TBtools使用交流群（群号：562721348），下载到最新公开版本的TBtools。 ?...TBtools的主界面 TBtools的主界面主要分为两大块，菜单栏和功能界面。初始界面为About TBtools，主面板为随机出现的内置英文谚语。...将其应用于TBtools中，我们获得目前多数TBtools的数据可视化功能。 比如Venn图，或者其升级版UpsetPlot ? 如上图，TBtools也有常见的热图工具 ?
写在前面： 非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具，作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义，课程购买地址，讲的很棒，可以试听。...一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1 TBtools...加深理解分子生物学和生物信息学 掌握部分TBtools工具的使用，加速生信下游数据分析 绘制漂亮的图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录的区域（内含子外显子启动子）...常见的数据库Ensemble植物,动物,Phytozome NCBI 其他途径 ---- 1.1蛋白序列结合的整理与提取（TBtools） 1.1.1使用Gtf/Gff3 sequence extractor...用TBtools把xml格式转化为table格式 ? image.png 按Query_def删除重复项，保留的都是第一个hit，也就是最匹配的hit。
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作，包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。...为了更直观展的示结果，以下操作将用到我虚构的名为test.fasta的文件（如下图），大家在实际操作时换成自己需要的Fasta文件即可。...： ①Total_Len（序列总长） ②Total_Seq_Num（染色体数） ③Total_N _Counts（未测通的碱基数） ④Total_LowCase_Counts（重复序列的标志） ⑤Total_GC_content...LowerCase（小写） 其他可选项： Only IDs（只显示序列ID） Only Seqs（只显示序列信息） Seq in one Line（序列显示在一行） Bases per Line（每一行的碱基数
本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。...进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。...首先是Fasta Get Representative，该功能可以帮助我们在一个有多条序列的Fasta文件中提取出最长的代表性序列，用于下游分析。...ID分组，即：用正则表达式将ID的相同部分表示出来，具有相同部分的归为一组。...http://tool.chinaz.com/regex 接下来介绍的是Sequence Pattern Locate，该功能可以在一个基因组文件中找到你需要的一段序列并定位其位置。
output_file,"w") as fw: for a,b in protein_coding.items(): fw.write(">%s\n%s\n"%(a,b)) 使用方法...python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta 第二步：使用diamond将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对，获得TBtools...-o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步：使用TBtools进行GO注释 需要准备的文件 idmapping.tb.gz 文件比较大 这里推荐一个下载器 https...第二步获得文件 Bhagwa_gene2Go.txt.Level3.count.xls TBtools做GO注释如何具体操作大家可以关注TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程。...这样GO注释就做好了，TBtools也会对应有可视化工具，这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示 library(ggplot2) df<-read.csv("Bhagwa_cp_protein_coding.csv
做长链非编码RNA（lncRNA）的数据分析，有一个部分是比较mRNA和lncRNA在染色上的分布密度，做完Hisat2——stringtie流程能够分别拿到mRNA和lncRNA的gtf格式注释文件，...那如何根据这两个文件按指定的步长计算基因密度呢？...经过搜索找到了非常方便的工具是tbtools 参考推文 TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片 ?...1 是输入的gtf文件 2 是步长 3 Defined Feature Tag 这个是什么意思暂时没有搞明白 默认的是Guess,如果采用默认我这边会遇到报错，改成exon就可以了 输出文件的路径 最终部分结果...这里遇到一个问题是不是从小到大依次排列下来的，这个可以后续改 也可以先把自己的gtf文件里的顺序更改一下，使用到的工具是 Tbtools里的 GXF Fix 这里参考 完美 | GXF Fix 修复 /
这个解决办法，其实随处可见，比如操作系统的文件检索，搜索引擎的网页检索，那么TBtools不也可以搞个功能检索？我之前为什么没想到？ 都没时间想，怎么会想到？...正如一个朋友说的，他修学位时根本没有想不开，因为没时间想啊。 于是，既然睡不着，干脆实现了。 TBtools的功能搜索姿势 虽然我自认为，这个功能无需演示。...但为了方便其他人复制或学习 TBtools 的种种特性，还是写详细一点，这样他们即使不打开TBtools，也可以看推文来 Copy and Paste。...首先，更新你的 TBtools 到最新版本，随后打开 TBtools。 ? 可以发现，相比于以前的版本，在右上角有一个明显的搜索框。注意，放大镜图标我是直接从代码画两个圆再画几根线组成的，略丑萌。...于是，以前的打开方式 ? 现在的打开方式 ? 是的，实时出结果。甚至，你不知道 TBtools 是否有某个功能，你可以这样操作， ? 写在最后 每个人都会有很多想法，或聪明或愚蠢。
包括 基因成员的序列特征分析（分子量等电点等） 基于motif分析成员序列保守特征与可视化（蛋白与核酸，可用于挖掘未知，尤其是核酸水平-非编码水平的保守） 基于domain分析成员结构域的保守型与可视化...（往往已知） 基因结构分析（包括内含子模式） 基因染色体分布情况可视化 新建个文件夹命名基础分析 1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/ 用tbtools转换格式...image.png 打开TBtools ? image.png ? image.png 也可以用 ? image.png ?...image.png domain不怎好看，可以修改hit文件 缺失的序列补回来 另外，可以用下面方式手动修改更好的展示 4 基因结构分析（包含内含子,UTR） TBtools ?...image.png 关注不同，分析不同，形成思考和可能的结论
①reads：就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。...②contig：中文叫做重叠群，就是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig。...③scaffold:是比contig还要长的序列，获得contig之后还需要构建paired-end或者mate-pair库，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系...N50：比如一个基因组大小是1M，然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50％，也就是500k的时候，那一条 contig 或者scaffold 的长度就叫做...这个数值越大说明组装的质量越好。 即：从最长的开始倒数，数到长度为总长度一半的片段，最后一个被数到的片段越长，说明长的片段越多，最后组装的质量越好。
TBtools 中多种热图可视化方式 TBtools中，我们提供过数种热图的展示方式， 第一种，常规的热图，适用于 少基因X少样品 的数据 这种热图，四四方方，其实在TBtools里面，可以有不少变化，...无论怎么可视化，这类热图能展示的表达矩阵，仍然很少。所以在基因数达到数十或者上百之后，TBtools中有提供了掰弯的热图或者说，环形热图。...目前市面上，我自认为暂时就TBtools一个工具，也是第一个，是以热图工具为中心开发的环形热图，如果说之前已经有，那么那些都是以进化树注释为中心开发的。...进化树注释功能，TBtools也有，对应的也有简单版本的热图Track【注：功能明显有限】。如果说，还有其他工具可以做了，那么他们都只是追随者。...突然想起来，TBtools 的 Logo，其实就像一个热图。 既然有了CubicHeatMap, 那么我们完全可以做一组数据，就画 TBtools 的 Logo ?
新建文件夹进化分析1 包括 1多序列比对与可视化 Mega（Muscle）进行序列比对，JalView进行多序列比对结果的可视化 2进化树构建与可视化 氨基酸替代模型的选择，构建ML进化树（注意比对结果修剪参数...image.png 2进化树构建与可视化 2.1氨基酸替代模型的选择 2.2构建ML进化树 用最大似然法构建进化树 先建立模型， ? image.png ? 用时会比较长，会不断计算模型 ?...同一个分支上的motif模式应该很相似，如果不是，考虑是否序列不完整，没注释好可以补正后再进行重新分析。 暴力的方法是直接删除可疑成员，不建议！...下面这张图是视频课中的拟南芥的图，可以看出motif非常整齐，每个分支更加整齐。 ? image.png 4从进化水平分析domain ? 结果如下： ?...image.png 另外，TBtools支持环形展示 ? image.png 5从进化水平分析基因结构变化 ? image.png 也可以环形展示 ? image.png 6合并分析以上三者 ?
基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出，勉强应付得了林林总总的成员使用问题。...当然，前几天去跑去学校西园吃饭的时候，一个人也没事干，稍微刷了下历史消息，总结： 最近新手太多 问题绝大多数为新手问题，而且他们基本没看过《生信札记》推文 总的来说，绝大多数 TBtools 功能，我实现之后...举个例子 问，为什么我用 TBtools 计算 KaKs，有不少值是NaN 答，翻公众号历史推文.... 多少找找，可以找到 [1240] 当然，这个回答是对的。但是多少略显麻烦。...我的有趣想法 对于这类实现简单，但是想法有趣的经历，在TBtools开发上，我有过至少三次： 插件实现模式 - 目前不少人在用的 TBtools-Plugins，在此基础上，也才有现在的 RNAseq...“功能检索”的功能，没错，就在 TBtools 主界面的右上角，有个放大标签，输入某个字符串，比如 Heatmap，就会有下滑功能菜单项，可以点击直接进入，不用翻菜单。 于是，现在新的这个是第四个。
写在写在前面的前面 写推文，我从来就不是纯粹地炫技，因为一旦有了TBtools，所有人都能轻易掌握并做得出来我推出来的所有图。...部分TBtools掰弯的图形展示 首先是类似使用Circos绘制的某个图片，这个图片跟我之前参与发表的一个菠萝WRKY基因家族文章中的图片很像。 ? 然后我有优化了下 ? 使用起来也很简单 ?...基本上，我开放的每一个工具，都力求所有人都能用或者会用，只要你稍微看下输入文件的格式；就会发现，这些文件也极其容易准备（尤其是有了TBtools） 好的，其实看起来像Circos的图，他本身只是一个笛卡尔坐标系下的图形转为极坐标下的图形...既然JIGplot的Polar功能实现了，那么就可以把所有TBtools下，不少相关的图片都玩一边。...所有人都能玩 一个人的想象力是有限的，索性我就开放这个Polar的功能，作为JIGplot所有SubPanel级别的交互功能。 那么TBtools的进化树就可以自由的Polar了 ? ?
很明显，TBtools就是这样一个体现。而他的开发，却被一部分人误解（我其实甚至不知道误解我个人出发点的那部分人是否有自己对生物信息的认知）。...TBtools的存在，名义上是为了湿实验工作者开发，实际上则是为了在是实验室工作的干实验工作者开发。每一个课题组，每个人都有擅长的事情；通力合作，各取所长，才是整体前行的最大助力。...于是，我小修了MEME和MAST的源码，并编译，随后打包到了TBtools。 于是，所有人都可以自己跑了，即是你在windows下。...；如果是windows用户，直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白（注意，核酸序列也可以），运行时间大体是2min，序列越多，时间则指数型增长。...ua3ooabd3k.png] 其中meme.txt文件，直接用文本编辑器打开，即可看到类似MEME suite网页版运行结果的纯文字版本； 而meme.xml文件可以直接用于TBtools做可视化 [
transform的含义是：改变，使…变形；转换 在排版当中去合理的使用transform会使我们的排版看起来高大上那么一点。 接下来给大家介绍一下这个神奇的小东西都有什么属性会有什么效果。...1.旋转rotate rotate：通过指定的角度参数对原元素指定一个效果。 如果设置的值为正数表示顺时针旋转，如果设置的值为负数，则表示逆时针旋转。...3.缩放scale 缩放scale和移动translate是有点相似的，也是有三种情况：下面我们具体来看看这三种情况具体使用方法： 注意：默认值是1，它的值放大是比1大，缩小比1小。...等操作都是以元素自己中心位置进行变化的。...下面我们主要来看看其使用规则： transform-origin(X,Y):用来设置元素的运动的基点（参照点）。默认点是元素的中心点。
最大的问题之一，就是异步操作过多的时候，代码内会充斥着众多回调函数，乃至形成回调金字塔。...这时p1的状态就会传递给p2，也就是说，p1的状态决定了p2的状态。...如果p1的状态是pending，那么p2的回调函数就会等待p1的状态改变；如果p1的状态已经是resolved或者rejected，那么p2的回调函数将会立刻执行。...在使用promise的过程中需要注意的有以下几点： 调用resolve或reject并不会终结 Promise 的参数函数的执行。...需要注意的是，立即resolve的 Promise 对象，是在本轮“事件循环”（event loop）的结束时，而不是在下一轮“事件循环”的开始时。
Debug （学完Debug之后要求能够使用Debug查看程序的执行流程） 1.1Debug概述 Debug：是供程序员使用的程序调试工具，它可以用于查看程序的执行流程，也可也用于追踪程序执行过程来调试程序...Debug操作流程： 如何加断电 如何运行加了断点的程序 看哪里 点哪里 如何删除断点 1.2.1如何加断点 设置要设置断点的代码行，在行号的区域后面单击鼠标左键即可。...1.2.2如何运行加了断点的程序 1.2.3看哪里 看Debug窗口 还要看一个Console窗口 1.2.4点哪里 点Step into（F7）这个箭头，也可也直接按F7 点Stop结束 1.2.5...如何删除断点 选择要删除的断点，单击鼠标左键即可 如果是多个断点，可以每一个再点击依次，也可也全部一次性删除 代码中演示： 1.4Debug使用练习 查看方法调用的执行流程 代码演示： Debug...执行流程： 然后进入方法调用： 然后判断为false那么c接收到的值就是30.2 然后在控制台就输出了c的值30.2： 注意事项： 如果过数据来自于键盘录入，一定要记住输入数据，否则就不能再往下看了
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