我最近下载了一堆sra文件。我喜欢将它们转换为fastq成对读取。它的工作原理如下:
./fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra
但我需要一种方法将它们全部转换在一起。
我在试这个
for i in `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra' ; do ./fastq-dump -- split-files $f; done
但肯定是犯了一些愚蠢的错误,因为它不起作用。有谁能帮帮我吗?谢谢你,Suparna
我正在尝试从ENA下载一些fastq文件,并想为我的命令做一个循环。
for (( i = 36; i <= 43; i++ ))
do
wget ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR705/006/SRR70591$i/SRR70591$i_1.fastq.gz ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR705/006/SRR70591$i/SRR70591$i_2.fastq.gz
done
输出是这样
--2018-08-19 22:37:14-- http://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SR
我想从同一列(SRAV.XYZ)下的多个行获取一些数据,并将其与其他col连接起来,因此使用了listagg查询。
SELECT LISTAGG (
REGEXP_SUBSTR (SRAV.XYZ,
'[^:]+$'),
';')
WITHIN GROUP (ORDER BY
REGEXP_SUBSTR (
SRAV.XYZ,
'[^:]+$')) ||';'||SRA.ABC
/*(CASE
WHEN SRA.ABC like 'PROF.TMP' THEN SRA.ABC = &
我需要从学生登记表中选择所有属于A学期和属于不同组的学生,并比较这些结果,并检查他们是否注册了除A学期以外的任何其他学期,以及他们是否有类似的组。如果它们有不同的组,那么我需要显示A项的结果和A以外的结果
> SELECT sra.studentid,sra.StudentName,sra.Term,sra.Group
FROM StudentReg sra
join (select * from
(SELECT sra1.studentid,sra1.StudentName,sra1.Term,sra1.Group
FROM StudentReg sra1
)mq where mq
我正在尝试将一些数据插入到我正在创建的数据库中,但它不会插入。我确实在其他代码上使用了相同的insert方法,而且它似乎仍然有效,但是这个方法拒绝。帮助!
from Bio import Entrez
from sys import exit
Entrez.email = "A.N.Other@example.com" # Always tell NCBI who you are
sranumber = raw_input("Input SRA number here")
sranumber2= raw_input("re-type SRA nu
我编写了一个for循环,用于在python空闲中显示名称,如下所示。
1.SRA-D12-TY2-2017WW22.4.129
2.SRA-D12-TY2-2017WW27.5.168
3.SRA-D12-TY2-2017WW16.5.92
4.SRA-D12-TY2-2017WW20.2.115
5.SRA-D12-TY2-2017WW25.2.149
6.SRA-D12-TY2-2017WW29.5.188
7.SRA-D12-TY2-2017WW36.1.234
8.SRA-D12-TY2-2017WW31.3.201
我为显示上述项目而编写的代码是
for i in data.get(
我用这个脚本下载文件。没有-b,wget逐个下载文件。有了-b,我可以在后台同时下载文件。不幸的是,这个脚本在SLURM中不起作用。它只在Slurm中不使用-b即可工作。
下载文件的Script
#!/bin/bash
mkdir data
cd data
for i in 11 08 15 26 ;
do
wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/0${i}/SRR116802${i}/SRR116802${i}_1.fastq.gz
wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk
我用这个脚本下载文件。没有-b,wget逐个下载文件。有了-b,我可以在后台同时下载文件。不幸的是,这个脚本在SLURM中不起作用。它只在Slurm中不使用-b即可工作。
下载文件的脚本
#!/bin/bash
mkdir data
cd data
for i in 11 08 15 26 ;
do
wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR116/0${i}/SRR116802${i}/SRR116802${i}_1.fastq.gz
wget -c -b -q ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1
我正在尝试使用snakemake从网站下载文件,然后将它们放在一起。
但是,我总是得到错误:Waiting at most 5 seconds for missing files. MissingOutputException in line 24 of /path/to/Snakefile:
为什么snakemake不等待文件下载完成后再继续?将所有读操作放在不同的目录中对我来说很不方便,而且我不想麻烦地创建一个配置文件,因为这是一个一次性的Snakefile。
谢谢!
下面是我的脚本:
import os
rule all:
input:
"ONT/yeas
我已经开始使用behaviour在Python3上定义行为驱动的测试。第一次测试进行得很顺利,但现在我遇到了一个最令人费解的错误。
我已经定义了这个小黄瓜文件sra-to-isatab-batch-conversion.feature
Feature: SRA to ISA-tab Batch conversion
# perform a batch conversion of a set of SRA datasets, retrieved from the European Nucleotide Archive
# to ISA-tab
Scenario: Batch conversio
SQL Server新手
以下查询仅在学科表中存在学生的记录时才按学生和月份返回SRA。我需要一个查询,以返回所有学生和月度总数,即使在学科表中没有学生的记录。任何方向都很感谢
SELECT TOP 100 PERCENT MONTH(dbo.Discipline.DisciplineDate) AS [Month], dbo.Discipline.StuId, dbo.Stu.Lastname + ',' + dbo.Stu.FirstName AS Student,
SUM(CASE WHEN Discipline.SRA = 1 THEN 1 END) AS