我目前有一个需要使用lambda通配符的snakemake工作流，设置如下：configfile: "config.yaml"rule bwa_index:
浏览 95提问于2020-05-20得票数 2
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在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b']
out_to_in_dict = dict(out_to_in_dict[out_file
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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以下是snakemake教程的高级部分中的一个简短示例：input: lambda wildcards: config[: 8 "bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}"
现在假设我在几个月前写了这条规则，我不记得输出文件名了我的
浏览 1提问于2016-11-11得票数 4
我正在尝试引导一个hmm训练，因此我需要在几个规则中循环几次。我的想法是这样做：
input:
'{run}_traini
浏览 0提问于2017-10-26得票数 0
在下面的示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法在输出部分获得通配符值的基名，这样我就可以使用输入文件的基名来命名输出文件，但把它写到不同的位置？
浏览 5提问于2017-03-08得票数 6
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我正在将Snakemake Shell:移植到中，并且注意到我成功地用于其他包装器的lambda wildcards:对于失败了。trimmomatic/{sample}.2.fastq"]
但是，我更喜欢使用lambda wildcards: getTrims(wildcards.sample)[0]和lambda wildcards: getTrims(wildcards.sample)[1]；类似于trimming规则的输入(如下所示)。(<e
浏览 2提问于2020-09-02得票数 1
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对于一个相当简单的规则，我得到了一个错误。我必须为另一个程序写一个任务文件，期望是一个tsv文件。我从配置文件中读取了一定数量的参数，并使用shell命令将它们写到一个文件中。wc: samples["path"][wc.sample] , ambig/miniconda/envs/snakemake
浏览 17提问于2020-10-12得票数 2
当您使用--restart-times >= 1执行snakemake脚本时，它将尝试重新执行失败的运行。在重新执行时，可以通过"resources“中的lambda函数访问执行尝试的次数。但是，我希望在我的规则之外访问python代码块中的尝试次数。我已经尝试将变量从resources块传递到我的python函数，但无济于事。我的snak
浏览 0提问于2021-06-08得票数 1
当我尝试从Snakemake教程( -np )的步骤1运行第一个命令(snakemake映射_read/A.bam)时，我得到以下错误： rows = list(map(lambda</e
浏览 8提问于2022-10-27得票数 0
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我想在params上使用一个函数。def mitico(x): return resrule create_pt: read="CALL2/{sample}.vcf", out="
浏览 0提问于2018-06-27得票数 0
我正在使用snakemake创建规则和提交工作在我们的高性能计算机与slurm。为了使输出“更漂亮”，我希望能够在资源指令中设置job_name参数，以便将正在使用的通配符集成到作业名中。mem_mb=45000, shell: {input.script} {input.data}我有一个像这样的config.yaml--mem
浏览 5提问于2022-04-06得票数 0
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我正在编写一个snakemake规则，它将处理在单端或成对末端测序数据上执行fastq修剪。如果数据成对结束，则应该有两个输出文件，如果是单端，则应该有一个输出文件。到目前为止，我写的规则是有效的，但是，我不知道修剪的第二对是输出文件。这意味着snakemake不会检查该文件是否存在。它将输出，但不检查，是否有可能有一个可选的输出？wildcards: return_fastq(wildcards.
浏览 18提问于2019-05-30得票数 3
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。据推测，Snakemake将把任
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
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我正在尝试生成一个snakemake工作流来读取所有这些，而我已经在第一条规则上失败了。Snakefile:'sample'$ snakemake -np
Dynamic output is deprecated in favor of checkpoints (see__
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
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我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,snakemake</
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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在运行snakemake文档中的CWL支持示例时：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/modularization.html#common-workflow-language-cwl-support我得到了以下错误输出， (snakemake) pedro@Gen83-ubuntu:~/projects/sandbox/cwl-
浏览 17提问于2021-10-20得票数 0
我正在开发一个使用Genrich运行Snakemake的ATACseq管道。
事实上，Genrich允许在同一步骤中调用来自多个复制的峰值，从而避免了其他步骤(即IDR)。在Snakemake中，我已经找到了同时返回我想要的所有示例(即从一个条件中复制)的方法，但是Genrich要求输入逗号分隔的文件，或者如果引用每个文件时使用空格分隔的文件。理论上，在SnakemakeVersion5.8.0之后
浏览 2提问于2020-10-26得票数 2
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我想使用一个函数来轻松地设置输出日志文件名。log: lambda wildcards: get_xpath(wildcards,"logs",2),'function' object has noattribute 'get_wildcard_names'rule testme:
...log: lambda wildcards, output: output[0].
浏览 1提问于2022-05-28得票数 0
我正在尝试将现有管道中的脚本绑定到我的snakemake管道中。我用奇点设置了码头管道，它可以工作。类似地，当我将完全相同的命令合并到我的Snakefile中时，它也能工作： input:
"file.bam""singularity exec docker://mypipeline some_command.sh {input}
浏览 5提问于2020-05-17得票数 0
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我能用蛇形蛋糕和人在一起吗？
、、、、
我对非常好奇，但我不确定它是否符合我的用例，因为我的循环中有人类。我的过程是这样的：
蛇形蛋糕适合这样吗？或者是循环中的人混淆了可再现性原则？如果我使用snakemake，是否有类似的指示？
浏览 7提问于2022-09-13得票数 1
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