每隔1分钟检查一下系统负载,当系统的负载大于10的时候,发一封邮件(监控脚本) 最小单元是任务计划 cron
seq(Sequence) 用于按照指定步长产生从起始数到结束数之间的所有整数。起始数和步长可使用默认值 1,结束数必须指定。
Linux 的 seq 命令可以以闪电般的速度生成数字列表,而且它也易于使用而且灵活。
以我作为管理员的经验,在网络连接中经常遇到十分难以排查的故障问题。对于这类情况, tcpdump 便能派上用场。
G2P(Grapheme-to-Phoneme),英文意思是字素到音素,使用循环神经网络(recurrent neural network,RNN) 和LSTM( long short-termmemory units),来实现从英文单词到音素的转化。LSTM序列到序列模型(LSTM sequence-to-sequencemodel)已经被成功地应用到许多项目中,这些应用包括机器翻译,字素转因素等等。
tcpdump 是一个命令行应用程序,可让你捕获和分析通过系统的网络流量。它通常用于帮助解决网络问题以及安全工具。 tcpdump 是一个强大且多功能的工具,包括许多选项和过滤器,可用于各种情况。由于它是一个命令行工具,因此非常适合在没有 GUI 的远程服务器或设备中运行,以收集可以稍后分析的数据。它也可以在后台启动或使用 cron 等工具作为预定作业启动。 1. 在 Linux 上安装 Tcpdump 包含在多个 Linux 发行版中,因此你可能已经安装了它。使用以下命令检查你的系统上是否安装了 tcpd
在做MHA测试的时候,有一个重要的环节就是测试MHA Manager节点和Master节点的网络情况,如果产生了抖动,那么MHA本身提供了一个参数secondary_check来保证,但是如果你的部署环境中是一主一从的话,这个参数就不会起作用了,因为latest slave和oldest slave是同一个库,简单来说,连不上就是连不上了,至于切还是不切,这个还不好说。我们测试的场景下,有时候切,有时候不切。所以我们原本测试的MHA0.57版本就降级为了0.56,仔细测试发现,其实也存在这样的问题,综合再三
seq(Sequence) 命令用于按照指定步长产生从起始数到结束数之间的所有整数。起始数和步长可使用默认值 1,结束数必须指定。
某些场景下我们需要删除目录下指定类型,后缀的文件。这时候就需要一些小技巧。 首先我们先要了解一下模式匹配。在Linux中,shell模式是由以下特殊字符组成的字符串,称为wildcards或者meta
周末的时候,有位读者疑惑为什么 Linux man 手册中关于 netstat 命令中的 tcp listen 状态下的 Recv-Q 和 Send-Q 这两个信息的描述跟我的图解网络写的不一样?
本文描述如何在一台机器上但在不同的命名空间中运行两个vpp的实例。命名空间之间的通信通过linux-cp插件及memif接口来完成。
在前文中讲述了Linux服务端TCP的某个链路变成CLOSE_WAIT状态,然后由于客户端已经关闭了(发送了RST标志的报文),那么服务端如果继续向这个链路中写入数据的话就会收到SIGPIPE信号而终止,这篇文章主要通过客户端进入CLOSE_WAIT后由于收到服务端产生的RST标志报文进入死循环的情况。注:RST表示复位,用来关闭异常的连接。
2.看样子是 64 位的,然后去找miniconda for Linux 64的最新版本,顺利下载到了 biosoft 目录下
意思是-f指定格式,%后面指定3位数,默认是%g,%3g不够位数的地方都是空格填补
如何在 Linux 上安装 tcpping 测量到远程主机的网络延迟的一种常用方法是使用ping应用程序。该ping工具依赖 ICMP ECHO 请求和回复数据包来测量远程主机的往返延迟。但是,在某些情况下,ICMP 流量可能会被防火墙阻止,这使得该ping应用程序对于受限制的防火墙后面的主机毫无用处。在这种情况下,你将需要依赖使用 TCP/UDP 数据包的第 3 层测量工具,因为这些第 3 层数据包更有可能绕过常见的防火墙规则。 一种这样的第 3 层测量工具是tcpping. 为了测量延迟,tcpping
在Linux系统中,有许多常用的网络命令可以用来进行网络配置和故障排除。这些命令可以帮助我们了解网络的状态和性能,并且可以快速诊断和解决网络问题。在本文中,我们将介绍一些常用的Linux网络命令,并提供一些案例来帮助您更好地理解它们的用法。
之前一直使用NAT模式,测试时android端远程访问虚拟机的mysql时发现无法连接,但是访问同学拷过来的虚拟机Linux的mysql却成功了,想了下原因是他设置的桥接模式。关于两种模式的区别,网上可以搜到一大堆文章,通俗点讲,NAT模式下,虚拟机从属于主机,也就是访问外部网络必须通过主机来访问,因此虚拟机的IP只有主机才能识别。而桥接模式下,虚拟机和主机是平行关系,共享一张网卡(使用网卡的多个接口),可以直接访问外部网络。
三次握手: syn seq=x syn seq=y ack=x+1 ack=y+1 四次挥手: seq=x+2 ack=y+1 ack=x+3 seq=y+1 ack=y+2
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最近项目遇到了一个非常神奇的问题,细节不过多描述了,问题大概跟下图中的拓扑类似,就是路由器将数据包发给了服务器的eth1口,但是服务器的路由是从eth2出去,导致了此服务器不响应外部任何的业务请求。
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告,就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前,对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK,除了速度慢以外,没有其他明显缺点(可以通过部署Spark提高速度;当然,如果有钱,可以购买Sentieon,快了15-20倍)。
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
rush 是一个类似于 GNU-parallel 的工具,提供了并行化命令的处理方案。官方地址是:https://github.com/shenwei356/rush,该工具由人称爪哥的生信同行用 Golang 编写而成(强!)。他开发的其他几个工具也比较有名,如 seqkit[1]、csvtk[2]。感兴趣的朋友可以访问他的博客[3]。
找后缀.sh的点击并复制下载链接(一定要.sh而不是.exe,sh是脚本脚本的意思,我因为搞了个.exe一直错 笑哭)
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了10讲,你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。
在Linux TCP通信的调试中,tcpdump应该算是很好的一个工具。这篇文章主要使用Windows作为客户端,向作为服务端的Linux中的一个socket监听端口发送报文信息,然后在Linux中用TCPDUMP工具进行抓包。通过这个实例,可以较为完整的了解TCP通信中的“三次握手”等过程。
有感而发,这里简单的整理了一下我们《生信技能树》团队七八年的资源的十分之一推荐给大家。
之后会出现more,是还有更多,让enter翻页的意思,持续按enter,第一个enter下来是空白行,不要担心继续往下按,直到出现
腾讯视频链接:https://v.qq.com/x/page/x3230xgj0x6.html
Ftrace是Linux进行代码级实践分析最有效的工具之一,比如我们进行一个系统调用,出来的时间过长,我们想知道时间花哪里去了,利用Ftrace就可以追踪到一级级的时间分布。
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写在前面:《一篇文章学会ChIP-seq分析(上)》《一篇文章学会ChIP-seq分析(下)》为生信菜鸟团博客相关文章合集,共九讲内容。带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始,通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习,最后还会介绍相关可视化工具。 第一讲:文献选择与解读 文献;CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and
有时候某个端口被占用,导致我们想要的软件运行不了。这时候就要找出是什么软件占用,及如何杀死后台对应程序。
flannel是CoreOS提供用于解决Dokcer集群跨主机通讯的覆盖网络工具。它的主要思路是:预先留出一个网段,每个主机使用其中一部分,然后每个容器被分配不同的ip;让所有的容器认为大家在同一个直连的网络,底层通过UDP/VxLAN等进行报文的封装和转发。
Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,主要用于Python程序,但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行,支持多种操作系统,如Linux、OS X和Windows。Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系,可以在不同环境中轻松切换,使得软件包的安装和管理更加方便。
在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后,我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解,并知道了它们的用法,于是便做了第二次的RNA-seq,然后想做一个总结笔记 1.原始数据下载软件Aspera Aspera用于下载sra原始数据 将Aspera connect安装在Linux上 代码如下
不必太纠结于当下,也不必太忧虑未来,当你经历过一些事情的时候,眼前的风景已经和从前不一样了。——村上春树
我之所以注意到它,主要是他们做了芯片加上测序再结合qPCR,非常的保险。胞外囊泡的芯片分析共发现了85种差异circRNA分子,癌与癌旁组织的高通量测序分析发现了140种显著差异的circRNA分子。两种分析的结果中发现了3个circRNA变化趋势一致,最后又使用QPCR分析,如下所示:
这里面的MeDIP-seq指的是DNA,那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序,恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师在分享全套MeRIP-seq文章图表复现代码,我借花献佛整理一下分享给大家:
不管在windows平台,还是在linux平台,ping都是非常常用的网络命令;ping命令通过ICMP(Internet控制消息协议)工作;ping可以用来测试本机与目标主机是否联通、联通速度如何、稳定性如何。
在之前创建的object的时候,使用的是kobject_create_and_add函数。而此函数中创建的object使用的是默认的ktype(dynamic_kobj_ktype), 如果想指定ktype的话就需要使用kobject_init_and_add函数来创建object。那ktype是具体的作用是什么? ktype其实就是kobject的属性的操作集合,因为某些模块的操作集合相同,所以就将ktype单独抽象出来,这样就实现了代码复用。
原文 https://mp.weixin.qq.com/s/8A_y1dlZrUvpaJfbQrVK3w
全部bioconductor流程链接在;http://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___GeneExpressionWorkflow
使用用法 tcpdump -i any host ip地址(例192.168.1.1) -n 请先确保安装了tcpdump 安装命令 yum install tcpdump -y 输出结果 tcpdump: verbose output suppressed, use -v or -vv for full protocol decode listening on any, link-type LINUX_SLL (Linux cooked), capture size 262144 bytes 12:
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 开发板:友善之臂smart210 操作系统:Ubuntu 12,04 交叉编译器:arm-none-linux-gnueabi gcc version 4.3.2 WIFI 模组:TP-LINK TL-WN725N 2.0
因为图片比较大,压缩的比较厉害,所以很多细节都看不清了,我单独传了一份到github上,想要原版图片的,可以点击下方的链接,来访问github:
日常在给客户做稳定性治理时,像实例级别的不可用、主从切换、重启、性能等维度的场景做的比较多,随着治理的深入,大家慢慢把目光专项应用程序更不可控的场景:网络数据包异常。
我们都知道PING可以验证主机是否能够通过网络与另一台计算机或网络设备进行通信。使用 Ping 命令,我们可以向目标主机发送 ICMP Echo 请求,并测试目标主机是否存活。我们可以在 LAN 和 WAN 中 ping 系统。 下面给出了 ping 命令的典型用法。 要ping IP 地址 $ ping 8.8.8.8 PING 8.8.8.8 (8.8.8.8): 56 data bytes 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=0 ttl=114 time=53.666
网络编程几乎是每一门编程语言都会涉及的内容,虽然各种语言调用的方式可能不一样,但它们背后的原理支持都是一样的。因此本文将从TCP的连接的建立说起。在此之前,假设你已经对计算机网络有了最基本的认识。
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