SDF文件（Standard Delay File）提供了延迟信息表示的标准ASCII文件格式，VCS支持版本1.0、1.1、2.0、2.1和3.0。...使用VCS读取SDF文件时，会将延迟值“反向标注（back-annotates）”到设计中，即在源文件中添加或者更改延迟值。 可以使用$sdf_annotate系统任务进行反标，其使用格式如下。..."][,"scale_type"]); 其中： "sdf_file"：指定SDF文件的路径。...下面通过一个振荡环（ring_oscillator）示例sdf文件和$sdf_annotate的用法。...使用Design Compiler读入该设计，然后吐出SDF文件。
import rdkit from rdkit import Chem suppl = Chem.SDMolSupplier('enamine_3d.sdf') count = len(suppl) 2102303...# out_sdf输出为sdf文件 def out_sdf(lig_list,filename): writer = Chem.SDWriter(filename) for i in...lig_list: writer.write(i) writer.close() return # 将SDF分割为10000为单位的小块 cut = 10000 for...try: tmp.append(next(suppl)) except StopIteration: break out_sdf...(tmp,str(i)+'.sdf'）
用VS做开发的时候，VS会在项目文件夹下自动的生成一个ipch的文件夹和(项目名).sdf的文件，这两个文件都是奇大无比。...这些文件是Visual Studio 2010用来保存预编译的头文件 和Intellisense 用的，删除这些文件对于工程的开发完全没有影响。
我们今天给大家介绍一个可以在R语言中对SDF文件进行操作的R包ChemmineR，当然这个包还包含了很多对分子分析的算法，需要通过Bioconductor安装： BiocManager::install...载入数据： a=read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf") 其中获取详细信息的函数如下...5. makeUnique 主要用来检测数据的ID是否重复，也就是可以看一个sdf文件中是否有重复的数据。 6. datablock2ma 将SDF文件转化为矩阵数据。...7. grepSDFset 检索SDF文件。...或者写入新的sdf文件： write.SDF(at[1:4],file="sub.sdf", sig=F) 接下来就是对分子的处理，首先我们看下分子相似性以及聚类分析，直接看实例： apset <- sdf2ap
-negdelay 用于SDF文件中有负延迟，如果省略此选项，VCS将所有负延迟更改为0。...sdf文件反标 方法一 在makefile中调用,使用如下命令： vcs +neg_tchk -negdelay -sdf min|typ|max:instance_name:file.sdf 启用SDF...方法二 $sdf_annotate 使用$sdf_annotate将SDF文件反标到网表中： $sdf_annotate ("sdf_file"[, module_instance] [,"sdf_configfile...sdf_configfile: 指定SDF配置文件。 sdf_logfile: 指定SDF log文件，可以使用+sdfverbose显示所有的sdf反标错误。...scale_type: 指定SDF文件中在缩放前使用的延迟值。
B.4 映射示例 以下是将SDF结构映射到VHDL泛型（generic）和Verilog HDL声明（declaration）的示例。...无变化的建立时间 SDF文件中的NOCHANGE结构将同时映射到VHDL中的tncsetup和tnchold泛型。 D和CK下降沿之间无变化的建立时间： ?...无变化的保持时间 SDF文件中的NOCHANGE结构将同时映射到VHDL中的tncsetup和tnchold泛型。 E和CLKA之间无变化的条件保持时间： ? ? 端口延迟 端口OE的延迟： ?...B.5 完整语法 以下是使用BNF格式显示的SDF的完整语法。终端（terminal）名称是大写的，关键字是粗体的，但是不区分大小写。起始的终端是delay_file： ? ? ? ? ? ? ?
SDF中的数据与工具和语言都无关，且包括了互连走线延迟、器件延迟以及时序检查的规范。 由于SDF是ASCII文件，因此它易于阅读，尽管对于实际设计而言，这些文件往往很大。...经常在进行信息交换时，一个工具可能会在生成SDF文件时产生一个问题，而另一个读取SDF的工具可能无法正确读取SDF。...本章介绍了SDF文件的基础知识，并提供了必要和足够的信息，以帮助理解和调试任何标注问题。 图B-1显示了如何使用SDF文件的典型流程。时序计算工具通常会生成时序信息存储在SDF文件中。...图B-1 一个设计可以具有多个与之关联的SDF文件。可以为一个设计创建一个SDF文件，在分层设计中，也可以为分层中的每个块创建多个SDF文件。...SDF版本号SDFVERSION是必需的，SDF文件的使用者会根据它来确保文件符合指定的SDF版本。首部中可能存在的其它信息（属于常规信息类别）包括日期、程序名称、版本和工作条件。 ?
基于RDKit的Python脚本：sdf格式转smiles格式 #!...usr/bin/python3 # python sdftosmiles.py molecules.sdf import sys from rdkit import Chem def converter...file_name): mols = [ mol for mol in Chem.SDMolSupplier( file_name ) ] outname = file_name.split(".sdf
SDF 长啥样 ---- SDF 通常包括三部分：表头，门延时，线延时，表头有SDF 的版本信息，当前设计的名称，产生时间，生产工具，工具的版本号，PVT, 时间单位等。 ?...SDF 是不依赖于path 的，所以SDF 只能用GAB 的值。...write_sdf 如何处理负延时 ---- SDF 3.0 的协议规定，不论是否在写SDF 是加了option "-nonegchecks" 都不允许SETUP 跟HOLD 中有负值，所以当写SDF...如何写出Hierarchical 的SDF ---- 如果要写出某个sub block 的SDF, 在写SDF 时用option "-path" 指定要写block 对应的instance 即可。...在写SDF 时可以指定option "-no_variation" 写出一个non-SOCV 的SDF.
在《Windows Mobile上的无线网络接入点扫描》一文中，讲述了用native code来获取WiFi接入点信息（名字、MAC地址、信号强度RSS...
OpenNETCF的Smart Device Framework为开发者提供了许多开发捷径，其SDF1.x系列提供了完全的源代码，即Full Source，从SDF2.x以来，就不一样了。...特别是现在的SDF2.3，已经分为Community Edition、Standard Edition和Professional Edition，对于不同的版本，OpenNETCF对其支持的力度也是不一样的...SDF2.3可以帮助我们方便地实现。
其实，同样是基于大名鼎鼎的神经 SDF（有向距离场）——计算机图形学中，常见的一种隐式曲面表示方法。 不过在这项研究中，大型神经网络的渲染不再必需，这就使得渲染效率提升了2-3个数量级。 ?...这也是首个基于SDF的3D高保真实时渲染方法。 相关论文一经发布，引起了不少来自谷歌、Epic Games等等机构的专家学者的关注。 ? 一起来看详情。...用稀疏体素八叉树进行编码 SDF 可以表示为 f(x,y,z)=d，是一个表示位置的函数，返回值是到物体表面的最近距离。 ? 在进行渲染时，SDF 使用的是球体跟踪算法，该算法会沿射线执行距离查询。...而经典的神经 SDF 往往需要大型神经网络来进行编码，以便用隐式曲面来逼近复杂的形状，这就导致球体跟踪算法的代价很高。 ?...基于八叉树的特征量，可以自适应地拟合具有多个离散细节层次（LOD）的形状，并通过 SDF 插值实现连续 LOD。如此一来，就可以用一个小得多的多层感知机（MLP）实现加速渲染。 ?
0 0 0 0 0 setwd('D:\\SCIwork\\F29\\lianxishuju\\ligand') #循环生成sdf...文件 for (i in 1:iter_num) { m <- parse.smiles(SMILES[i]) ## perform operations on this molecule...file_name <- paste0('molecule', i, '.sdf') write.molecules(m,filename=file_name ) } 用DS2019读取这些sdf文件后...，全部visible，然后保存为sdf格式，即可将所有小分子保存到一个sdf文件中。
作者丨郭浩宇@知乎 原文 | 【CVPR2022 Oral】Manhattan-SDF：从多视角图像做三维场景重建 编辑丨东岸因为@一点人工一点智能 我们介绍一篇2022 CVPR Oral的三维场景重建论文...NeuS [4] 和 VolSDF [5] 使用有SDF（向距离场）建模场景的几何，并实现了基于SDF的体积渲染，可以得到相比于NeRF更加平滑的几何重建结果。...2.2 基于SDF的体积渲染 为了采用体积渲染技术，我们首先将有向距离场转换为体积密度： \beta其中 是一个可学习的参数。
源文件： 文件名structure_links.csv，CSV格式，逗号分割，下载自drugbank 文件名structures.sdf，sdf格式，下载自：drugbank 现在开始实现步骤： In...数据 In [4]: sdf=PandasTools.LoadSDF('..../structures.sdf') In[5]:sdf.columns Out[5]: Index(['ALOGPS_LOGP', 'ALOGPS_LOGS', 'ALOGPS_SOLUBILITY',...In[6]:sdf['MW']=sdf.ROMol.map(Descriptors.MolWt) In[7]:sdf['MW'][1:10] Out[7]: 1 1269.433 2 1811.253...#查看符合query结构的分子 In[10]：sdf[sdf.ROMol >= query] In[10]：len(sdf[sdf.ROMol >= query]) #计算分子骨架，加入到新列Murco
-negdelay：用于SDF文件中有负延迟，如果省略此选项，VCS将所有负延迟更改为0。...sdf_annotate反标 使用$sdf_annotate将SDF文件反标到网表中： $sdf_annotate ("sdf_file"[, module_instance] [,"sdf_configfile..."][,"sdf_logfile"][,"mtm_spec"] [,"scale_factors"][,"scale_type"]); 在tb中加载sdf文件，指定反标模块: `ifdef GLS_SIM...initial begin $sdf_annotate("../...../netlist_sim/sdf/TOP.sdf",tb.U_TOP,,"sdf.log","TYPICAL"); end `endif 修改makefie脚本运行仿真： LIB_NET_FILE指定的是基本的工艺库单元
我们知道，分子文件的格式很多，比如mol，sdf等，但AutoDock这个软件不识别sdf这样的格式文件，而我们通常下载的文件就是sdf这个格式的文件。...然后点击图片，下载的就是mol2格式的分子文件。 ? 还有一个数据库能下载mol2格式的文件。.../pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载sdf文件，然后进行转换，这也是我这里要介绍的。...首先在PubChem数据库检索你的化合物，进入相应的页面，3D Conformer处点击下载，会有sdf格式文件的下载选项。 ?...打开软件，左侧选择我们的输入文件，是什么格式的就选择什么格式的，右侧输入文件，要什么格式选择什么格式，最后点击中间的CONVERT,就会在输出路径的下产生相应的输出文件。
# mkfs.btrfs -L btr1 /dev/sdf /dev/sdg //把/dev/sdf,sdg格式化成btrfs系统并打上btr1的标签 -d [type] raid0,1,5,6,10...subvolume list /btrfs # mount -o subvol=logs(可以换成卷ID) /dev/sdf /mnt //把/dev/sdf中的子卷logs挂载到/mnt目录下...# 支持单文件快照 # cp --reflink /btr1/passwd /btr1/passwd_snapshot 3.example 环境 # lsblk sdf.../dev/sdg //把/dev/sdf,sdg格式化成btrfs系统并打上btr1的标签 # btrfs filesystem show //查看btrfs文件系统的块设备...# btrfs filesystem resize -10G /dev/sdf //把挂载在/btr1目录的btrfs文件系统块设备缩减10G空间 Resize '/btr1' of '-
不过这个服务比之前的服务控制要强大的多，可以做更多的控制，本节将来介绍下关于 Ceph的 osd 磁盘挂载的问题 很多人部署以后，发现在Centos7下用Jewel的时候没有去写fstab也没有写配置文件...，重启服务器一样能够挂载起来了，关于这个有另外一篇文章：「ceph在centos7下一个不容易发现的改变」 还有一些人发现自己的却启动不起来，需要写配置文件或者fstab 本篇就是来解决这个疑惑的，以及在不改变原配置方法的情况下如何加入这种自启动...-s /dev/sdf print Model: SEAGATE ST3300657SS (scsi) Disk /dev/sdf: 300GB Sector size (logical/physical...ceph-deploy osd activate lab8106:/dev/sdf1 可以看到prepare的时候是对着分区去做的 这种方法journal是以文件的方式在数据目录生成的,可以看到两个目录的...df 看到的就是不一样的，多的那个是 journal 文件的大小 /dev/sde1 279G 34M 279G 1% /var/lib/ceph/osd/ceph-6 /dev
之后便在Design Compiler中进行综合生成后端和门级仿真的文件，我们在此关心VCS门级仿真所需要的文件。SDF文件包括设计中的时序信息，.v文件是以工艺库单元例化形成的verilog文件。...图3 sdf文件示例(部分) 图4 网表形式的verilog文件(部分) 由上图我们可以看到网表形式的verilog文件，由门电路和触发器例化组成。...文件，包含各个单元。.../Top.sdf", Top,,, "TYPICAL", "1:1:1", "FROM_MTM"); `endif end 在testbench中添加上面的代码块，使用sdf_annotate...()系统函数将sdf文件“反标”到设计中，第一个参数指定sdf文件，第二个参数指定反标到哪一层的module上，这里我们选择顶层文件。
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