R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库，是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一，支持纯R
Rstudio Server 是Rstudio开发的基于R语言的网页版（只能在Linux），你在手机上都可以运行R，还是挺方便的。就是配置起来有点麻烦。 官方下载链接：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
RStudio Server是网页版的RStudio，部署在服务器上后，能够在从Web浏览器访问的Linux服务器上运行RStudio,可随时随地完成R语言的工作,并且能很方便的完成R项目的部署调试。使将RStudio IDE的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中。
RStudio Server 使你能够在 Linux 服务器上运行你所熟悉和喜爱的 RStudio IDE，并通过 Web 浏览器进行访问，从而将 RStudio IDE 的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中。
RStudio是一款功能强大的自由和开源编程语言和环境，提供了大量的图形和统计方法统计计算和图形。RStudio支持多系统MOX OS X，Linux和Windows系统，软件可以对代码进行整理，方便您的观看。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R[1]
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。
很多小伙伴手头有生信数据分析，但苦于没有服务器，没法完成自己需要的数据分析，特别是处于学习阶段的同学。这里，向大家推荐一下使用腾讯云CVM服务器，按量计费进行数据分析。一般认为，除了公司，普通人难以负担高性能的服务器价格。但是现在无处不在的云服务，让我们可以享受随开随用的便利，在使用时间短的情况下，可以节约成本和时间，特别是如果有些数据库的文件在国外的情况下，由于出境带宽有限，使用一台物理位置在香港的腾讯云服务器可以节约大量的数据下载和软件安装步署时间，更加专注于数据分析。下面我以自己的qiime2分析微生物16S数据分析经历，介绍一下相关使用经验。
现如今，R语言是统计领域广泛使用的工具，是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，是用于统计计算和统计绘图的优秀工具。而RStudio是R的集成开发环境，用它进行R编程的学习和实践会更加轻松和方便。下面就教大家如何下载并安装R和RStudio，比较简单。R的维护工作由一个国际化的开发者团队负责。R软件的官方下载页面叫作The Comprehensive R Archive Network，即CRAN。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R
现如今，R语言是统计领域广泛使用的工具，是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，是用于统计计算和统计绘图的优秀工具。而RStudio是R的集成开发环境，用它进行R编程的学习和实践会更加轻松和方便。下面就教大家如何下载并安装R和RStudio，比较简单。R的维护工作由一个国际化的开发者团队负责。R软件的官方下载页面叫作The Comprehensive R Archive Network，即CRAN。 一、官网下载R安装包 下载地址为：https://cran.r-project.org
连续两次求贤令：曾经我给你带来了十万用户，但现在祝你倒闭，以及 生信技能树知识整理实习生招募，让我走大运结识了几位优秀小伙伴！大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战，其中几个小伙伴让我非常惊喜，不需要怎么沟通和指导，就默默的完成了一个实战！
运行最后library代码，报错提示缺啥就安装啥，安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx')，逐一尝试，没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
（如果下面的博客没有能解决你的问题或者你还有其他关于计算机方面的问题需要咨询可以加博主QQ：1732501467）
下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
安装R和Rstuido软件 R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！
打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…”
本文介绍对 R 的安装与配置，以 Windows 系统为对象进行操作，其他操作系统过程类似。本文算是一个老司机的经验之谈，初学者按照操作配置可以减少以后不必要的麻烦，对于其他读者，希望也有所启发。
R是包含了数据可视化功能的用于统计分析的编程语言。该语言通过Comprehensive R Archive Network（CRAN）拥有高度的可扩展性，该网络托管了10,000多个R包，用于生成出版数据，专用计算工具等。
可重复的生信分析一直是未来的趋势。如果实现可重复的生信分析，关键在于分析软件版本的控制，一致的环境设置还有良好的分析流程的记录。最近发现一篇关于这方面很好的教程。改教程主要分三个方面:Docker的介绍,Conda的介绍还有Workflowr的教程。通过使用这几个不同的工具实现上面提到的要素，进而进行可重复的生信分析。今天先讲第一部分 Docker的介绍。
作者 | Ajay Ohri 翻译 | 丁雪 校对 | ValaWong 如今，几乎所有领域或业务活动正在通过SMAC进行数据转换。SMAC指的是社交（Socia）、移动（Mobile）、分析（Analytics）和云服务（Cloud）。这个改变的影响已经涉及到包括组织、人员与产品在内的范围。在本文中，我们将通过使用云计算让你提高数据分析能力。 我们已经使用R语言和RStudio由浅入深地解释了云计算的相关概念（请参考大数据文章2015年9月21日发布的文章《如何在云计算平台使用R语言编程的快速入门指南
Anaconda：https://www.anaconda.com/（此处请留意安装路径）
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
有些时候会存在需要安装特定版本 R 软件的需求，比如为了满足特定软件包的安装使用要求或减少不同平台迁移成本。但是，不同于 Windows 平台拥有便捷的 R 版本切换功能，MacOS 和 Linux 平台都存在着不同程度的安装和切换困难。因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。首先我们看下包的安装：
这是专门为具有 R 和 RStudio 知识的朋友设计的 Docker 教程。该介绍旨在帮助需要 Docker 进行项目的人们。我们首先解释 Docker 是什么以及为什么有用。然后，我们将详细介绍如何将其用于可复制的分析项目。
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不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。
2.服务器可以配置自己的Rstudio，供大家远程登陆，用浏览器打开后面加上：8787就可以登录，但是阿里云并没有自带，用自己电脑完全可以。
shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上，主要有两种方式，第一种是将shiny应用发布在shinyapps上，第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上，前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的，而后者虽然麻烦，但更为自由，且从0开始自己动手的过程又何尝不是一种极大的乐趣呢，本文就将针对在ubuntu 16.04服务器上部署shiny server的流程进行详细的说明；
近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游分析，开始使用R开始遇到了各种问题。
Rstudio我的理解更像是服务器的Xshell端 可以更方便的看懂你的代码以及输出的数据运行情况等
现在因为疫情，就不去实验室了，小命要紧，居家办公，笔记本就不够看了。一遍操练下来，发现光看不练完全没用。。。学了不操练，等于没学。买服务器这一步我就不写了，直接进入正题。
不可以语音连线，可以打字提问。文字能梳理提问的思路，必要时还需要辅助图文并茂参考文献这样的话我们才能更好的回答学术问题
在浏览器中，打开您的CVM的公共IP地址并加上3838端口 （例如example.com:3838）。您应该看到Shiny Server欢迎页面：
Shiny是一个R包，允许用户将R代码转换为交互式网页。Shiny server是RStudio提供的服务器，可用于托管和管理Web上的Shiny应用程序。除了托管Shiny应用程序，Shiny Server还可以托管交互式R降价文档。Shiny Server既有免费的开源版本，也有付费专业版，包含更多功能。
Cloudera Impala支持Hadoop数据集上的低延迟交互式查询，这些数据集可以存储在Hadoop分布式文件系统（HDFS）或Hadoop的分布式NoSQL数据库HBase中。Impala的想法是使用Hadoop作为存储引擎，但远离MapReduce算法。相反，Impala使用分布式查询，这是一种从大规模并行处理数据库继承而来的概念。因此，Impala支持类SQL语言的查询（与Apache Hive相同），但可以比Hive更快地执行查询，将它们转换为MapReduce。您可以在之前的文章中找到有关Impala的更多详细信息。
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了，R包本来就是免费的，你只是不会下载而已，所以重新发下这篇优秀的文章，教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包，一定要在写文章的时候引用，尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包，很多人在这一步就遇到了困难， 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然，你不一定现在就会遇到，但是如果你遇到了，请记住
你现在能构建一个实用的shiny app，但是如何分享给别人呢？此篇将展示几个分享app的方法
有一些基础R包是不能清除的。想重新安装，把我们给学员准备工作的代码从第一行开始运行即可。
第一步：安装R语言及Rstudio 首先根据操作系统来安装R语言软件 最好是安装最新版 Download R for Windows from CRAN Download R for macOS from CRAN Download R for Linux from CRAN Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it. 这个很容易，就跟下载QQ
一直以来我们学习、测试python都会提到 Pycharm，不仅好用，还支持使用 R 语言。
Shiny是R编程语言的库，允许您在本机R中创建交互式Web应用程序，而无需使用HTML，CSS或JavaScript等Web技术。将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。
安装 R 现在最新版的 R 语言是 3.6.2 版本 (2019 年 12 月 12 日发布)，该发行版的名字是 Dark and Stormy Night (漆黑暴风夜 ??)，事实上只要用 3.0
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