一直对linux有种莫名的恐惧感,或许是对于这种不能直接眼见为实的的操作有种害怕的感觉吧。但实际操作起来后,发现和R语言的操作非常类似,并且操作中积极暗示自己这种不可怕,很简单,居然出乎意料的好用。至少,今日的操作中相比很久前自学Linux的感觉截然不同,不得不说,一定要学会Tab键,可以改变心态!
大家好,我是邓飞,数据分析离不开Linux系统,所以,如何在Linux系统中安装R语言,可以有效的避免入门数据分析,劝退力量很大。如果还有没有劝退,那就在Linux系统中安装R语言包……
这个时候,你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦,因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦!
在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png(“aa.png”)可以生成图片。
R语言在数据处理方面很是强大,然而也面临着很多的局限性。比如图像的分析处理,大数据的运算效率问题。今天我们介绍R语言和高效语言结合的一种方法:
R语言和plink软件都是常用的软件,随着对软件的熟悉,就不用自己写代码了,直接改代码了,既然改代码,就在一个环境下运行就行了,不想来回切换R和Bash。问题来了:如何在R语言中运行plink软件。
大家应该很熟悉windows下的R语言,并且也知道如何安装R包。但是呢,如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。那么,作为神一样的R语言简直无所不能,他们开发了Rtool,这个工具不仅是为创建R包用的,同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。
R语言是用于统计分析,图形表示和报告的编程语言和软件环境。 R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建,目前由R语言开发核心团队开发。
毫无疑问,处理数据的首要条件是理解数据从产生,对应到我们这个系列,也就是了解三维基因组的背景知识,如下:
我们知道R语言在作图统计方面很是实用,但是在其他游戏开发、网页制作、人工智能等很多方面相对于python是很局限。今天我们来以weblogo为例展示如何在R语言中调用python。
一般来说, 假如大家有一些R包安装非常困难,或者某个数据分析的流程基于了一系列R包,我们会使用conda来安装R语言及其配套的R包,比如:singlecelltk和singlecellsignalr,很简单的几句话代码,主要是安装适合自己用户的R语言环境及相关的R包:
R语言的工作空间其实就是你当下R语言的工作环境,它包括任何你已经定义了的对象。当一个R进程结束时,用户可以将当前的工作空间保存下来,在下次启动R时就会自动加载,非常方便省事。R语言是一个交互式界面,上翻和下翻键可以用来查看历史指令。这里我建议大家使用RStudio,因为RStudio提供非常强大的R语言高度可视化操作界面,你可以在RStudio里写R代码,也可以写Python代码,同时可以使用Rmarkdown来写自己的文档。
作者:NSS 翻译:杨金鸿 术语校对:韩海畴 全文校对:林亦霖 本文约3000字,建议阅读7分钟。 本文为带大家了解R语言以及分段式的步骤教程! 人们学习R语言时普遍存在缺乏系统学习方法的问题。学习者不知道从哪开始,如何进行,选择什么学习资源。虽然网络上有许多不错的免费学习资源,然而它们多过了头,反而会让人挑花了眼。 为了构建R语言学习方法,我们在Vidhya和DataCamp中选一组综合资源,帮您从头学习R语言。这套学习方法对于数据科学或R语言的初学者会很有用;如果读者是R语言的老用户,则会由本文了解
今天是我们的系统教程《R语言从入门到精通》的第一讲,前面的背景讲解中《从今天开始,每天学点R语言~》,已经深入探讨过R语言的重要性以及学习R语言的必要性,今天我们就按照课表来讲解:如何在自己的PC中安装R语言的运行环境。还没有领取《学习R》书籍教材的同学,赶紧联系文末的客服小姐姐吧~
我们今天给大家介绍一个通过人类肿瘤的进化条件所选择的事件介绍。其只设计了Linux下的版本所以我们如果需要安装在windows下还是需要利用devtools进行编译安装。当然,其依赖的包还是需要我们自己去安装。那么我们看下其流程吧。
下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
但是最近频繁看到粉丝留言表明安装clusterProfiler包失败,这个clusterProfiler是大名鼎鼎的Y叔开发,基本上是每个做生物信息学数据分析的人都会使用它的,做超几何分布检验(富集分析),而且内置了很多数据库,好用的函数。
运行最后library代码,报错提示缺啥就安装啥,安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx'),逐一尝试,没有明显的 ERROR 关键词就不要管。
深感遗憾,我以前的教程还特意选择了他,比如下面的安装最新版R语言: sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
Rstudio我的理解更像是服务器的Xshell端 可以更方便的看懂你的代码以及输出的数据运行情况等
引言: R语言是一种非常强大的分析与展示的统计科学家工具,其也提供了若干关于自然语言的分析处理工具,本文讲展示如何在Linux进行安置。 1. 自然语言处理(NLP) 对于英语体系,基于空格可以直接进行分词,而中文则不同,需要进行分词,然后进行后续处理。NLP是natural language processing的缩写,专指此类的工作。 自然语言处理包: Snowball, RWeka 文本挖掘: tm 分词工具: Rwordseg 2. 所属环境 Linux: c
引言: R语言是一种非常强大的分析与展示的统计科学家工具,其也提供了若干关于自然语言的分析处理工具,本文讲展示如何在Linux进行安置。
🎬 鸽芷咕:个人主页 🔥 个人专栏:《C语言初阶篇》 《C语言进阶篇》
R:为什么选择我?而不是其他高级语言,比如Python,Java,C,C++....那么多编程语言?
如果是想通过培训掌握生物信息学,那么可以参考:彻底入门生物信息学,可能需要12天! 推文介绍的。
见Y叔的网络在线书籍《clusterProfiler: universal enrichment tool for functional and comparative study》的 Chapter 12 Visualization of Functional Enrichment Result , 自己简单搜索就可以直达这个在线书籍的链接:
写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这一步就遇到了困难, 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然,你不一定现在就会遇到,但是如果你遇到了,请记住
R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域,教
-bash: zip: command not found 是因为liunx服务器上没有安装zip命令,需要安装一下即可 linux安装zip命令: apt-get install zip 或yum install zip linux安装unzip命令: apt-get install unzip 或yum install unzip ——-本目录下的所有文件(含子目录)压缩为osafuzhuang.zip zip -r osafuzhuang.zip ./*
安装是可以的,但是安全的安装是值的推荐的,所谓安全的安装,就是不和系统已有的R语言和R包有冲突,不能把现有的系统搞崩了……
然后下一步,选择自定义安装,打钩核心组件,vix,默认配置,https端口443,取消启动时检查产品更新
不满意Jupyter Notebook只有Python 2环境,还打算让它支持Python 3与R?没问题,本文一步步帮助你实现这个愿望。
最近开始学习R语言,把学习笔记和小伙伴们分享一下吧,欢迎一起交流 R 起源: R是S语言的一种实现。S语言是由 AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析、作图的解释型语言。最初S语言的实
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。简单来说,R是一门统计计算语言,是一套开源的数据分析解决方案。
在使用archlinux启动盘之前需要用dd命令将U盘刻为启动盘,这样就导致整个U盘分区被dd修改,最明显的是第一个装有安装环境的分区被分配了一个iso9960标志并且使用cfdisk打开该设备是会有提示使用写命令是会丢失丢失该标志从而导致标签异常使得启动异常,而安装环境仅有600+M,白白浪费了该启动盘的其他空间,因为不可以新建分区。
编译|王婧 校对|丁一 前言 云计算正逐步成为适用于超出笔记本或台式机处理能力的问题或数据的一种自然延伸。然而,对于完全没有基础的初学者来说,学习使用云计算平台会显得比实际更难。 在本文中,我们用信息图的方式向大家介绍云计算的概念,它的重要性以及使用R语言和R studio的基本设置等几部分内容。由于本文只是一篇快速学习攻略,你可能会遗漏一些概念方面的详细解释。但是不用担心,你还可以参考另外一篇完整版攻略“如何在云端进行R语言编程?”(http://www.analyticsvidhya.com/blog/
Linux的安装包比较常用的主要就是Centos、Redhat和Oracle Linux三个版本,平时工作中也陆陆续续的有收集整理,但是一直不完整,正好最近整理了Oracle安装包合集,于是就顺便整理了一版 Linux安装包合集,分享给大家。
我们知道Python的英文表达是蟒蛇,有意思的是anaconda也是蟒蛇的意思,准确是是水莽,莽中之王,更大、更重、更长。
Rstudio Server 是Rstudio开发的基于R语言的网页版(只能在Linux),你在手机上都可以运行R,还是挺方便的。就是配置起来有点麻烦。 官方下载链接:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
R语言是比较常用的统计分析和绘图语言,拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库,是学习生物信息分析的必备语言之一。 Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一,支持纯R
2.服务器可以配置自己的Rstudio,供大家远程登陆,用浏览器打开后面加上:8787就可以登录,但是阿里云并没有自带,用自己电脑完全可以。
当我们使用服务器分析数据,我们使用miniconda,如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程,也可以在淘宝上买个安装服务(至少节省一上午时间)。
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好吧,我承认,最近都没好好学习了,事情比较多,好几天晚上我都会写下标题,然后就没有然后了,今天再不能忍了,决定来一发。但是,我觉得还是推文的质量要比数量更加重要,不然一个是浪费自己的时间,也是浪费大家的时间。所以虽然很忙,但是我还是会尽力做到解释的完美一点~.~。 今天要给大家讲讲R语言,主要是入门基础及简单的统计分析入门。 R语言其实算是我正式接触编程语言的第一门语言,大学学的C++,matlab简直是水到家了。所以刚开始学R语言的时候,我很痛苦,你知道吗。大约经历了1个月的磨合期,逐渐对R有了点认识,知
忽略提示。先从第一行开始,一行行run,每run一行观察左下角窗口的输出信息,没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
前面整理了100多套R代码,因为时间跨度有点长,而且公众号写作后没办法修改,所以安排实习生进行代码审查,看看是不是确实复制粘贴就可以运行。
在写一些学术演示文档时,经常有可能用到Beamer——一种Latex的学术风PPT模板,比如下图所示的这种:
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