曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。...曼哈顿图优点 大数据中，即展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。...曼哈顿图绘制工具 散点图，自然还是R语言，ggplot2可以画的非常漂亮。这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1....环形曼哈顿图 (1).全基因组关联研究（Genome-wide association study(GWAS)） >CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste
QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。 首先准备输入文件： ?...## 安装R包 install.packages("CMplot") ## 加载R包 library("CMplot") ## 导入数据 gwas <- read.table("input.txt",sep...简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！ 参考资料： https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
如何让GWAS的结果可视化，我们就用到了曼哈顿图来展示其结果。那么在R语言中当然也有研究者开发了相关的R包“qqman”。...还有未出现的参数main，为图提供标题。 以上就是曼哈顿函数的主要参数。 具体的实现过程，我们以官方的样例进行展示： ? manhattan(gwasResults)#绘制曼哈顿图 ?
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...image.png 读取数据 library(tidyverse) library(readxl) library(ggrastr) gwas.results<-read_delim("D:/R_...at_gwas01.txt", delim = "\t") gwas.results %>% dim() chr.len<-read_excel("D:/R_
本文作者蒋刘一琦 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是曼哈顿图 曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。...GWAS中常见的曼哈顿图 在图中每个点代表一个SNP，纵轴为每个SNP计算出来的Pvalue取-log10，横轴为SNP所在的染色体。...好久没看过文章） 怎么做曼哈顿图 用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制，如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。
6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的Figure4中的一个小图
导语 GUIDE ╲ 曼哈顿、QQ 和火山图是用于可视化高维数据分析结果的流行图形方法 。...背景介绍 对于一些研究领域，如GWAS、EWAS研究，常常会用到曼哈顿图可视化基因组中与表型相关的潜在感兴趣区域、QQ图表示观察到的检验统计量的分布假设、火山图是针对其效应大小、优势比或对数倍数变化绘制的...今天小编给大家介绍的这个R包manhattanly，整合了这几种常用的绘图方式，可以方便的进行分析可视化！...R包安装 #CARN install.packages("manhattanly") #github(development version) if (!...require("pacman")) install.packages("pacman") pacman::p_load_gh("sahirbhatnagar/manhattanly") 可视化展示 01 曼哈顿图
对于GWAS分析的结果，最常见的可视化手段就是曼哈顿图了。一个典型的曼哈顿图示例如下 ? 图中的每个点代表一个SNP位点，横坐标是SNP位点在染色体上的位置，纵坐标是关联分析计算出的p值。...曼哈顿图本质上就是一个散点图，绘制方法比较简单，有很多的R包可以直接出图，本篇主要介绍haploview软件。 这个软件可以直接读取plink关联分析的结果，然后绘制曼哈顿图。...设置好之后，点击OK就可以出图了。示例如下 ? 由于测试数据的SNP位点比较少，最后的效果图并不是特别美观。
曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图，R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式 ?...image.png 第一列是SNP对应的一个名字 第二列是染色体编号 第三列是SNP在染色体的位置 第四列是特征对应的一个P值 如果有多个特征依次往后排就可以了 曼哈顿图可以理解成一个x对应多个y的散点图...使用ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot(pig60K,aes(x=Chromosome,y=trait1))+ geom_jitter() ?...image.png 曼哈顿图通常是对特征的p值取-log10 ggplot(df,aes(x=Chromosome,y=-log10(trait1)))+ geom_jitter(aes(color...image.png 今天内容的视频版 也欢迎大家到B站关注我 同名 小明的数据分析笔记本，会时不时的更新一些R语言做数据处理和数据可视化的视频，点击阅读原文直达。
GWAS分析，QQ图和曼哈顿图是标配，可是这两个图具体是什么意思？怎么判断好坏，且听我一一道来。 QQ图和曼哈顿图是嘛意思？...常见的图是QQ图和曼哈顿图。比如： 什么是QQ图 QQ图，全称quantile-quantile plot，又称为「分位图」它是判断模型假阳性、假阴性的重要指标。...所以，好的GWAS分析，有结果的QQ图，都是前期在直线上，后面上翘。有点翘的QQ图才是好的QQ图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」...GWAS分析中，原理就是SNP位点和控制性状的基因存在LD状态，即SNP的分型可以代表基因的不同分型，所以，真实的显著位点应该是在基因两侧分布的，有一个上升和下降的趋势，比如这样的图： 「坏的曼哈顿图
Circos图加拿大的生物信息科学家 Martin Krzywinski 开发的，最初主要用于基因组序列相关数据的可视化。现在越来越多的领域把Circos图引入其中。...今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。 首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....我们看下R包中可以实现的功能函数列表。...circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels
在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图 当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...连续性变量的森林图 分析指标是连续变量，也称数值变量，可选择加权均数差(WMD)或标准化均数差(SMD)为合并统计量。...以上就是森林图的理论知识。接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。 首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。 下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?...Graph.pos主要是定位森林图所在的位置。通过数字来确定为第几列。 hrzl_lines以list形式设置表中线的类型以及长度。
箱图 简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。 百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 然后制作一个表示mpg与vs的关系的并列的箱图 boxplot(mpg~vs, data = input2...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 箱图修改每个箱子的标签 boxplot( mpg ~ vs, input2, names = c(
加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) devtools::install_github("norment/normentR") library(normentR
基因表达差异火山图 提到差异火山图，相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山（喷发），所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中，在基因表达层面，用于展示两组间表达量上调和下调的基因。...如下图示例，癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。...作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式，差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件，作图就可以了。
马赛克图是《R语言实战》书籍开篇中的彩图，偶然遇到了学习分享一下~ ?...01 — mosaicplot {graphics} mosaicplot是R语言graphics图形系统中自带的马赛克图绘图函数，用法如下： ## （默认方法：直接以数据集输入）Default S3...data: # 图2 mosaicplot(~ Sex + Age + Survived, data = Titanic, main = "Survival on the Titanic - 图2",...## 图3 mosaic(df, main = "图3") # 图3 ## 图4 公式模式: ## df <- xtabs(~ cyl + gear + vs, data = mtcars) mosaic...(~ cyl + gear + vs, data = mtcars, main = "<em>图</em>4", shade = TRUE, legend = TRUE) ## 图5 data("PreSex
除了曼哈顿图，还有QQ图，它主要是从模型的角度看一下显著位点是否是假阳性。 显著性的位点，怎么能缺少LDblock（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图），倒三角缺不了的！...有时候还会绘制LD衰减图（LD衰减图绘制--PopLDdecay）。 做完GWAS只给出显著性位点和注释基因的汇总统计表格，没有几个绚丽的图就不好意思出来见人，如何绘制曼哈顿图和QQ图？...（颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的），还可以将多个性状或者多个环境的曼哈顿图合并（多性状GWAS结果如何合并做曼哈顿图！） 图好做，但是怎么看？怎么解读？...QQ图和曼哈顿图是嘛意思？ GWAS分析中，会有一个结果，每个SNP的P值，可以根据这个值，以及SNP的染色体和物理位置，进行作图。 常见的图是QQ图和曼哈顿图。...什么是曼哈顿图 首先，曼哈顿是一个地名，是这样的： 因为建筑高低错落有致，我们将GWAS中不同染色体表示不同的位置，将不同SNP的P值比作不同的建筑，就会有种曼哈顿夜景的感觉： 「好的曼哈顿图：」
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。 下次将介绍如何对条形图着色、调整条形图的宽度和间距、添加数据标签等内容。...1绘制基本条形图 演示数据 以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...我们可以通过fill参数改变填充色，colour为条形图添加边框线。这里我将填充色更改为亮黄色，边框线为黑色。注意，颜色要用""引起来哦！...此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。 position='dodge'以使得两组条形在水平方向上错开排列，否则，系统会输出堆积条形图。...输出图片 3 绘制堆积条形图 演示数据 同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。
火山图 火山图用于展示基因表达差异的分布，横轴为Log2 Fold Change，越偏离中心差异倍数越大；纵轴为(-1)*Log10 P_adjust，值越大差异越显著。...一步绘制火山图 输入数据格式 火山图需要的数据格式如下 (本文用到的数据文件名为volcano.txt，文末有下载链接，此处截取一部分作为例子，也可用来画图，只是数据少，效果不明显) id: 不是必须的...这个图看上去还可以，没有太大的问题。但有部分点与最顶端的线重合了，这些点的pvalue为0，取负对数后为负无穷。...另外在一些情况下，会存在部分基因的pvalue极小，使得整张图呈现一个压缩的趋势，大部分点偏安于图的下方，中间大段空白，最上面零星几个点。...今天先到这，前天提到的富集分析图，今天的火山图都是散点图的一种，后续介绍散点图时再对用到的R代码进行解读。 需要绘图脚本的，还是请帮助转发下，谢谢。
大家应该熟悉网络调控在基因关系之间的重要性，今天我们为大家展示在R语言中如何实现网络图的绘制。绘制的包有很多，我们今天不一一介绍从我个人角度推荐igrapgh。...数据的前期准备就此结束，接下看如何绘制网络图。 3. plot函数绘制网络图。 ?...layout指的网络图的布局。...main绘制的网络图的标题。 其他的参数类似R语言自带的plot函数。...更加美化的网络图还需要根据每个人的审美去绘制。
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