今天是一个图表高仿，对象是一财经典的半圆型线条比较图，信息主要是针对2016年天猫全球购物狂欢节的当日总销售额，为了使得比较效果更有针对性，作者使用了几个中小型体量的国家GDP总量来对比，总体来看比较生动形象...但是该图制作比较复杂，之前看到过大神们用Excel来构造半圆的路径数据进行仿制，这里小编使用R来构造曲线数据，大体思路差不多，都是构造曲线的路径数据，链接各点形成整体上的半圆线条，但是R在处理这些数据过程中...这是圆形曲线的方程式，高中学过的哦表忘了（我昨晚是问了我的室友才才确定是这么写的~_~） 曲线方程式： x^2+Y^2=R^2 Y=sqrt((R/2)^2-(X-R/2)^2) id<-rep(LETTERS
用仿写软件的方法来学习编程 我首先仿写了fastqc软件，学会了很多基础知识： 仿写fastqc软件的一些功能-R代码 仿写fastqc软件的部分功能-perl代码 仿写fastqc软件的部分功能（...上） 前面我们介绍了fastqc这个软件的使用方法 http://www.bio-info-trainee.com/?...p=95 ，这是一个java软件，但是有些人服务器没有配置好这个java环境，导致无法使用，这里我贴出几个perl代码，也能实现fastqc的部分功能 统一测试文件是illumina的phred33格式的...这个我将会在下一篇讲诉如何用R画图 仿写fastqc软件的一些功能(下) 文件来自于上面perl代码的输出文件，好像算法有点问题，26G的文件居然处理近一个小时才出数据！ ?...R语言本身自带的画图工具都很丑，懒得说了，可以用ggplot2来重新画一个，不是项目要求没有报酬我就懒得画了，大家面前看看画图原理即可。
setwd("F:/数据可视化/R/R语言学习笔记/可视化/ggplot2/商务图表") library("ggplot2") library("tidyr") library("dplyr") library
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ?...R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。...小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。...【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。...加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio...是免费提供的开源集成开发环境（IDE），RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，方便用户在终端中使用R页面如下各窗口的功能如下：1.控制台（左下窗口）脚本运行和结果展示2.脚本编辑器...（左上窗口）在处理数据时，通常会编写一份脚本文件，即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流，该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行。...boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))iris是一个R语言自带的数据框...面板显示调节设置字体大小tools->global options->apperanceR语言基本操作用Rproject管理工作目录设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()这样的话，只设置了一个工作目录
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。...R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！...R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。...统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。...R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
point加点；axis右边坐标轴，mtext右边坐标轴的名称，text给出本文。
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。...下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
project，自选路径 2、显示路径 dir() getwd() 3、列出工作目录里的文件 list.files() 4、创建脚本 左上角轴承图标 — script — 复制下来 — 保存到一个新的R中或者....txt文件 注意：一般把后缀改为.R，以方便下次直接导入使用 二、 1、加减乘除 > 3+5 [1] 8 > 3-5 [1] -2 > 3*5 [1] 15 > 3/5 [1] 0.6 > 3^5 [
一、R 语言简介 1.1 R 语言历史 R 语言是一款统计软件，R 语言也是一门编程语言，R 语言也是一个数据分析平台。...➢ 一种相当完善、简洁和高效的程序设计语言。 ➢ R 语言是彻底面向对象的统计编程语言。 ➢ R 语言和其它编程语言、数据库之间有很好的接口。...➢ R 语言是自由软件，可以放心大胆地使用，但其功能却不比任何其它同类软件差。 ➢ R 语言具有丰富的网上资源。...2.3 R 语言与 Excel 对比 1、R 语言开源免费，Excel 收费； 2、R 语言支持 Linux 版本，Excel 只支持 windows，macos，ios，Android...2.4 R 语言与 Python 对比 1、R 语言具有更强大的统计学功能； 2、R 语言的 Bioconductor 项目可以处理生物数据，例如基因表达数据，单细胞测序等；
2.2对单个向量进行操作（1）赋值（ <- alt+—，在R里操作）赋值，=随意的写法，是OK的=可以代替赋值号 <- ，反过来不行赋值+输出一起实现图片可用名，不建议使用已经占用的格式，如c，limma...duplicated（x）此为常用使用形式table（X）#重复值统计，看重复几次，没有重复，返回为1，可以统计出现的次数sort（x）排序，默认从小到大，sort（x，decreasing=T)，排序则可改成从大到小R语言的默认思想英文...+函数名帮助文档paste0(rep("student",times=length(a)),seq(2,15,by=2))R语言函数思想：能用函数代替，就不要手动去数，除非代码只用一次2.3对两个向量的操作
工欲善其事必先利其器，学习R语言数据分析，第一步自然是R安转。...单细胞数据分析相关R包安装 一、R的使用 R是一种区分大小写的解释型语言。你可以在命令提示符（>）后每次输入并执行一条命令，或者一次性执行写在脚本文件中的一组命令 。 R语句由函数和赋值构成。...R使用<-，而不是传统的=作为赋值符号。 学习一门语言，一定要学会查看帮助文档。R提供了大量的帮助功能，学会如何使用这些帮助文档可以在相当程度上助力编程工作 。...R语言中的基本数据类型（模式）包括数值型、字符型、逻辑型（TRUE/FALSE）、复数型（虚数）和原生型（字节）。 R拥有许多用于存储数据的对象类型，包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。...类别（名义型）变量和有序类别（有序型）变量在R中称为因子（factor）。类似于编程语言中的枚举类型。
dev.off() #关闭画板，报错也没问题，如果多次运行也不出图就dev.new()
一、入门认知· 命令提示符号 >· 括号前是一个函数· win系统中，快捷ctr+enter 运行· 函数aqrt-开方· 新建project，一步一步规范建立，需要的文件放入建立的文件夹里，R才能识别二...、读懂反馈· R语言，warning 99%废话，1%会恶化，产生意外的结果· 重启分3等级：1.重启电脑；2.重启R语言；3.重启session（严重性减退）· 出现+，提示命令不完整，补全或按ESC...（“”''单引双引可，中文不行）；逻辑型（TRUE—T；FALSE—F;NA缺失值）· 判断数据类型的函数：class（），将要判断的内容卸载括号里· 常见报错：引号、拼写错误、大小写（小写的逻辑值，R语言不认...· is 族函数，判断，返回值为TRUE or FALSE· is . character("4") 是否是字符型 TRUE、FALSE _R语言里，格式大于内容· as族函数，实现数据类型之间的转换...数据类型、结构· 数据结构：向量、数据框、矩阵、列表· 数据框约等于“表格”：1.表格是一个实际存在的文件，而数据框是R的一个内部数据；2.它比常规表格多一个要求，每一列只能有一种数据类型· 数据框单独拿出的一列是向量
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