对入模的定量和定性指标，分别进行连续变量分段（对定量指标进行分段），以便于计算定量指标的WOE和对离散变量进行必要的降维。对连续变量的分段方法通常分为等距分段和最优分段两种方法。...等距分段是指将连续变量分为等距离的若干区间，然后在分别计算每个区间的WOE值。...结束对连续变量的分段及其WOE值的计算，接下来我们需要对离散变量做必要的降维处理及其WOE值得计算。...可见，该步骤在整个模型开发过程中占据非常重要的位置，定量和定性入模指标的筛选及其WOE值的计算，都会对整个信用风险评分卡产生重要的影响。...在模型开发的第五步，我们将使用入模定量指标和入模定性指标的WOE值进行逻辑回归，并详细讲述生成信用风险评级模型标准评分卡的过程。
在微博有位朋友问我可达矩阵的计算，于是发了点时间用R语言写出来了。 问题如下： 计算过程： 注意：是矩阵的乘法。
今天就先来教大家怎样计算GC/AT含量。 ?...首先是安装，代码如下： source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Biostrings") 输入代码后需要耐心地等待几分钟。 ?...Users/dell/Desktop/sequence.fasta"#读取文件（FASTA格式）x<-readDNAStringSet(filepath)chrom<-x[[1]]#每100个碱基为窗口计算...=NA,ylim=c(0.2,0.8))axis(2,at=c(0.2,0.4,0.6,0.8),labels=c("20%","40%","60%","80%"))#纵坐标设置根据summary函数计算结果
tmb值与免疫检查点抑制剂疗效相关，而TCGA数据库中的tmb值可以通过TCGAmutations包来计算 # =============================================
本文系改编的，利用R语言来计算各种距离 MATLAB 版本的 http://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/52101425...两个n维向量a与b间的欧式距离： d=(a−b)T(a−b)−−−−−−−−−−−−√2 d = \sqrt[2]{(a-b)^T(a-b)} 用R语言计算距离主要是dist函数。...两个n维向量a(a1;a2;…;an)与 b(b1;b2;…;bn)间的曼哈顿距离 d=∑k=1n|ak−bk| d = \sum_{k=1}^{n} |a_{k} - b_{k}| R语言计算曼哈顿距离...d=∑k=1n(ak−bkδk)2−−−−−−−−−−−√ d = \sqrt{\sum_{k=1}^{n} (\frac{a_{k} - b_{k}} {\delta_{k}})^{2}} R语言代码...而样本A与B的杰卡德距离表示为： J=pp+q+r J = \frac{p}{p+ q+r} R语言代码： library(proxy) > x <- matrix(sample(c(FALSE, TRUE
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君 R中的统计分析通过使用许多内置函数来执行的，这些函数大部分是R基础包的一部分，并且它们将R向量与参数一起作为输入，并在执行计算后给出结果。...平均值是通过取数值的总和并除以数据序列中的值的数量来计算，函数mean()用于在R中计算平均值，语法如下： mean(x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)...当我们提供trim参数时，向量中的值进行排序，然后从计算平均值中删除所需数量的观察值，例如，当trim = 0.3时，每一端的3个值将从计算中删除以找到均值。...好啦，来综合看下实例： 输出结果为： 数据系列中的中间值被称为中位数，在R中使用median()函数来计算中位数，语法如下： median(x, na.rm = FALSE) 参数描述如下： x...R没有标准的内置函数来计算众数，因此，我们将创建一个用户自定义函数来计算R中的数据集的众数。该函数将向量作为输入，并将众数值作为输出，来分别看下实例： 输出结果为： 好啦，本次记录就到这里了。
作者：张丹(Conan) 来源：http://blog.fens.me/r-matrix/ 前言 R 是作为统计语言，生来就对数学有良好的支持。矩阵计算作为底层的数学工具，有非常广泛的使用场景。...用R语言很好地封装了，矩阵的各种计算方法，一个函数一行代码，就能完成复杂的矩阵分解等操作。让建模人员可以更专注于模型推理和业务逻辑实现，把复杂的矩阵计算交给R语言来完成。...本文总结了 R 语言用于矩阵的各种计算操作。 1....K.matrix(r, c=r) ，返回阶数为 p=r*c 的方阵，对于 r 行 c 列的矩阵 A，计算 A 和 t(A) 的直积。 计算公式： ?...语言，我们实现了对于矩阵的各种计算操作，非常方便！
最近在研究excel透视图，想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅，顺便学习分享一下。R自带数据集比较多，今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算（操作）。...group_by和summarise多变量分组计算 2 ddply 2.1 ddply语法 2.2 ddply分组计算示例 3 aggregate 3.1 aggregate语法 3.2 aggregate...分组计算示例 3.3 aggregate分组计算补充（formula形式） 4 splite ---- 正文 首先给大家看一下mtcars数据集的基本情况，data.frame类型，32个观测对象，11......为计算函数，可以是一个也可以是多个，多个的话以逗号分割summarise(data,disp = mean(disp),hp = mean(hp)) summarise计算函数Useful functions...(group, sex)" ...为计算函数，可以是一个也可以是多个， 2.2 ddply分组计算示例 > library(plyr); library(dplyr) > dfx <- data.frame
Polygenic Risk Scores in R 最朴素的理解PRS： GWAS分析结果中，有每个SNP的beta值、se值、P值，因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码，所以这些显著的SNP...0.3 + 0 + -0.1 = 0.2 个体3的多基因评分为：0.6 + 0.4 + -0.1 = 0.9 用数学公式表示： beta是效应值 G是0-1-2的编码 m是m个SNP 实际项目的PRS计算...实际中的项目，考虑的因素比较多，比如： 数据质控 群体结构 LD值（clumping） beta矫正值 通过P值筛选最优组合 相关软件实现PRS分析 plink biqsnpr，一个R包 PRSice
Python作为多线程的编程语言在并行方面相对于R语言有很大的优势，然而作为占据统计分析一席之地的R语言自然不能没有并行计算的助力。...那么我们来看下在R语言中有哪些并行的包：隐式并行：OpenBLAS，Intel MKL，NVIDIA cuBLAS等；显性并行：parallel（主打lapply应用）、foreach（主打for循环）...所谓显式并行也就是基于并行的编程语言编译的程序；隐式并行是基于串行程序编译的并行计算。当然，在R语言核心功能中也是带有了相关的并行的计算基础包parallel。...实例 stopCluster(cl) 以上便是parallel包的全部功能函数，其实并行真正解决的是重复性工作的情况，在P值的计算中应用比较广泛。...然而对于递归计算需要一定的优化才能使用并行计算，不然不一定有单机的效率高。
我们可以使用R包" lme4 "来计算遗传力。...## 安装R包 install.packages("lme4") ## 加载R包 library("lme4") 根据表型数据的收集方式，我们可以将数据分为多点无重复数据、多点有重复数据和多年多点有重复数据...遗传力计算公式为： ? ## 计算遗传力 h <- 0.197/(0.197+0.2866/2) h 结果为0.578901。...遗传方差Vg为0.196543，品种与环境互作方差Vge为0.001014，残差方差Ve为0.286031，重复数R为2，环境个数L为2。 遗传力计算公式为： ?...遗传力计算公式为： ? ## 计算遗传力 h <- 0.19187/(0.19187+0.00949/2+0.01023/2+0.286031/(2*2*2)) h 结果为0.8079285。
我们已经使用R语言和RStudio由浅入深地解释了云计算的相关概念（请参考大数据文章2015年9月21日发布的文章《如何在云计算平台使用R语言编程的快速入门指南》）。...此外，相较于传统的桌面、本地客户机/服务器构架而言，你还将领略到在云端用R语言编程的优势。 云——数据科学的实现平台 云计算在近几年得到了空前的成长和普及。它使组织能快速和便捷地扩展。...PaaS—云服务提供商提供的一个计算平台，包括操作系统、编程语言、执行环境、数据库和Web服务器。...使用R与其它应用软件进行云计算的成本效益权衡 Python同R一样，都是开源的。但是R更胜一筹的主要原因是R程序包中有更全面的统计库。...使用R语言在云端编程指南 你能够在亚马逊云、微软云或是谷歌云建立一个实例（一个你可以远程接入的虚拟机）。只需如同你在本地桌面一样安置R。
虽然是CPU占用100%，8颗核心好像是偷着懒跑的，但是丢给我那台4核心8线程黑苹果，是跑满的，说明ARM在多线程的时候，有点东西下图是计算一个10亿内训练模型时的top：图片2 几个循环2.1 100...paste("奇数和：", odd_sum))print(paste("偶数和：", even_sum))3 多重循环以下仅记录和提供思路，具体情况具体分析，但是有一点思维模式很得益3.1 向量化假设计算两个向量...library(foreach)library(doParallel)# 创建一个1000行，1000列的矩阵m <- matrix(runif(1000000), nrow = 1000)# 初始化并行计算环境...cl <- makeCluster(detectCores())registerDoParallel(cl)# 使用foreach包和%dopar%运算符进行并行计算result <- foreach(...，一步一步计算。
大家好，又见面了，我是全栈君 编译最近的协同过滤算法皮尔逊相似度计算。下顺便研究R简单使用的语言。概率统计知识。...能够使用R语言中函数mean()。...数理统计中经常使用样本方差，R语言的var()函数计算的也是样本方差。 详细原因是样本方差是无偏的（Unbiased），想刨根问底能够Google一下。...R语言中函数为sd()。 4）协方差（Covariance） ， 也分成整体协方差和样本协方差，差别同上。 R语言中函数为cov()。...3）修正余弦类似度（Adjusted Cosine-based Similiarity） 三、R语言入门简单介绍 ---- Windows下的R语言安装包地址为： http://cran.r-project.org
学习药化的同志们应该都了解化合物分子的特征描述有很多计算软件，今天我们来给大家展示下在R语言中如何实现分子特征描述的计算。主要以MACCS分子指纹的实现作为案例。...我们需要对应的R包有：rJava，rcdklibs，rcdk（主包）。 我们看下rcdk包的函数构成。...R语言安装参见：R语言在Linux的安装。然后就是对应的依次安装rJava，rcdk。 数据的导入格式 a. load.molecules()。 ?...MACCS指纹的计算及基础的分子描述。 a. get.smiles() 获取分子的SMILE结构 b. get.atom.count() 获取组成分子的原子数目 c....只要把所有的指纹数据导出就可以进行我们下一步的计算了。
问题 如何使用R软件计算下列统计量：均值、中位数、标准差、方差、协方差和相关系数。...解决方案 采用如下函数进行计算，其中x、y均为向量： mean(x) median(x) sd(x) var(x) cor(x, y) cov(x, y) 讨论 我初次阅读R软件帮助文件是为了寻找“标准差的计算过程...R软件中，用简单的函数便能完成标准差和其他基本统计量的计算。...对于R软件返回的结果你应该慎重地考虑：数据中的缺失值是否会严重影响统计结果？...如果是，那么R软件返回错误结果是正确的；如果不是，则可以通过设置参数na.rm=TRUE, 告知R软件忽略缺失值： > x <- c(0,1,1,2,3,NA) > mean(x, na.rm=TRUE
蒙特卡洛法的基本思想是：为了求解问题，首先建立一个概率模型或随机过程，使它的参数或数字特征等于问题的解：然后通过对模型或过程的观察或抽样试验来计算这些参数或数字特征，最后给出所求解的近似值。
编写程序求和 S=a+aa+aaa+aaaa+…,其中a 是1-9 中的一个数字。n 为一正整数， a 和n均从键盘输入。（例如输入n 为4,a 为2，S=2+...
使用到的R包 doubletrouble，这个R包 对应的论文 Doubletrouble: Identification and Classification of Duplicated Genes...https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.27.582236v1.abstract 可以用来鉴定基因组中的重复基因 这个论文里还提到一个R包syntenet.../inst/doc/MSA2dist.html 今天推文的主要内容是已经有cds序列，计算kaks值。...msad041/7140562 Beginner's Guide on the Use of PAML to Detect Positive Selection 这个论文有时间要看看，介绍的是PAML这个软件计算...readDNAStringSet("data1_unaln.fasta") 生成序列id的两两组合 gene_pairs<-as.data.frame(t(combn(names(dna),2))) 计算
前言 R是作为统计语言，生来就对数学有良好的支持，一个函数就能实现一种数学计算，所以用R语言做数学计算题特别方便。如果计算器中能嵌入R的计算函数，那么绝对是一种高科技产品。...本文总结了R语言用于初等数学中的各种计算。 目录 1. 基本计算 2. 三角函数计算 3. 复数计算 4....方程计算是数学计算的一种基本形式，R语言也可以很方便地帮助我们解方程，下面将介绍一元多次的方程，和二元一次方程的解法。...4.4 二元一次方程组 R语言还可以解二次的方程组，当然计算方法，其实是利用于矩阵计算。 假设方程组：是以x1,x2两个变量组成的方程组，求x1,x2的值 ? 以矩阵形式，构建方程组 ?...通过R语言，我们实现了对于初等数学的各种计算，真的是非常方便！
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