网上常见的根据通路对样本打分的方法说的就是这个GSVA。 ssGSEA是GSVA的一种特殊类型，二者没有本质上的区别，除了这两种，还有zscore和plage方法，都是通过GSVA包实现的。...下载之后使用clusterProfiler的read.gmt函数直接读取，然后使用split变成GSVA需要的格式。...<- split(genesets$gene, genesets$term) class(genesets4gsva) ## [1] "list" length(genesets4gsva) ## [...GSVA分析 下面就开始进行GSVA分析了，代码其实非常简单： library(GSVA) expr_geneset <- gsva(expr = as.matrix(expr), # 不能是data.frame...gset.idx.list = genesets4gsva, method="gsva",
1 GSVA 什么是GSVA，可以用于分析基因集在不同样本或组中的表达差异情况。...#day10，单样本和多样本都可以 library(Seurat) library(GSVA) library(clusterProfiler) #load("../.....scRNA table(Idents(seu.obj)) #为啥不一样呢，因为我没注释，好的回去注释一下 exp = AverageExpression(seu.obj)[[1]] # 平均值做GSVA...gsva #评价基因集的表达情况用zscoreParam gsvapar <- zscoreParam(exp, h_list) #这个函数更新之后改写法了，和以前不太一样了 ES = gsva(gsvapar...CellChat-master/CellChat-master/",upgrade = F,dependencies = T) #注意看一下路径，要不很容易出问题,报错说什么make的问题的话，重启一下R就行
GSVA单样本和多样本都适用输入数据GSVA可视化rm(list = ls())library(Seurat)library(GSVA)library(clusterProfiler)load(".....AggregateExpression(seu.obj)[[1]]exp = as.matrix(exp)exp = exp[rowSums(exp)>0,] ;exp[1:4,1:4]## GSVA...官网下载gmt文件 并读取h_df = read.gmt("h.all.v2023.2.Hs.symbols.gmt")[,c(2,1)]h_list = unstack(h_df)ES = gsva...(exp, h_list)#ES = gsva(gsvaParam(exp,h_list,maxDiff = T)) #针对R4.4.0ES[1:4,1:4]#可视化library(pheatmap)pheatmap...rowSums(exp)>0,] h_df = read.gmt("h.all.v2023.2.Hs.symbols.gmt")[,c(2,1)]h_list = unstack(h_df)ES = gsva
单细胞数据的GSVA和芯片、bulk转录组的GSVA没有本质区别，就使用AverageExpression获取平均表达量得到新的表达矩阵再计算即可。...1.加载数据和R包 获得每种细胞的平均表达量 rm(list = ls()) library(Seurat) library(GSVA) library(clusterProfiler) load("...0.05426134 0.02747031 Seurat v5 提示建议用AggregateExpression做伪bulk转录组分析，那个是用来求和的，目前查到的文献和教程都是使用平均值，这里就木有改动. 2.做GSVA...GSEA-msigdb官网 h_df = read.gmt("h.all.v2023.2.Hs.symbols.gmt")[,c(2,1)] h_list = unstack(h_df) ES = gsva
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ?...R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。...小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。...【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。...加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
point加点；axis右边坐标轴，mtext右边坐标轴的名称，text给出本文。
3.在“管理本地用户和组”中找到当前用户的用户名，就可以看到用户名是英文还是中文了下载R和Rstudiob站有教程，暂时不需要装R包什么是RR是一种编程语言，也可以统计计算、绘图，它汇集了很多函数RStudio...是免费提供的开源集成开发环境（IDE），RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，方便用户在终端中使用R页面如下各窗口的功能如下：1.控制台（左下窗口）脚本运行和结果展示2.脚本编辑器...（左上窗口）在处理数据时，通常会编写一份脚本文件，即一组命令的集合来表示整个操作过程的逻辑流，该脚本文件可以直接读取并由R引擎执行。...boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))iris是一个R语言自带的数据框...面板显示调节设置字体大小tools->global options->apperanceR语言基本操作用Rproject管理工作目录设置工作目录：setwd()查看工作目录：getwd()这样的话，只设置了一个工作目录
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。...R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！...R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。...统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。...R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。...下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
虽然有ssGSEA这样的单样本的分析，但仍然不够，也有GSVA这样的算法来弥补，这里要介绍的是另外一个包，PGSEA。...使用GSVA方法计算某基因集在各个样本的表现 安装PGSEA这个R包 安装并且查看 PDF教程： ## try http:// if https:// URLs are not supported source...("https://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite
1.设置字体大小 tools→Global Options→Appearence→Editor font size 2.R语言基本操作 2.1用Rproject管理工作目录 每项工作任务要单独新建一个project
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字...
for循环是一种重复控制结构，可以让您有效地编写一个需要执行特定次数的循环。 for (value in vector) { statements } 示...
常用的图形，这里给出案例： barplot 条形图、单向量条形图 > attach(mtcars) The following object is masked...
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