的单引号变为双引号即可 awk 传入变量： 1 chrI="chr2";awk '/"'$chrI'"/{print $0}' clippointpos.csv #变量用$var表示，变量两边再加上"' R脚本传入变量...： 1 arg <- commandArgs(T) 2 filename=arg[1] 3 outputfile=arg[2] python脚本传入变量： 1.
1、Windows上操作 用notepad++编译器打开脚本，编辑->文档格式转换->转换为UNIX格式，然后保存。 重新上传、运行，问题解决 ?...2、Linux上操作 用vi/vim命令打开脚本文件，输入“：set fileformat=unix”，回车，保存退出。 重新执行脚本，问题不在出现。
问题描述 前几天编写的shell小脚本，测试自动安装MySQL的，今天测试运行，然后出现如下错误 $’\r’:command not found, 问题分析 检查脚本，没有问题，只是有空行。...提示这个错误也不是代码本身错误，怀疑可能是编码格式等错误，：脚本是Linux下编辑完成测试。后期我又做了简单修改，是在在window下修改后完成，然后上传到Linux服务器的。...注意到：win下的换行是回车符+换行符，也就是\r\n,而unix下是换行符\n。 Linux下不识别\r为回车符，如果脚本有\r回车符那么会导致脚本编码执行出现问题。...处理问题 在linux上执行 dos2unix 脚本名，转换后，在执行该脚本。...然后执行脚本 脚本执行完毕，MySQL直接到登录界面。完成。 在学习中尽量慢慢养成好的习惯，在Linux下编码 测试 更新等 结尾 在工作和学习中遇到的问题和大家分享，希望对大家有所帮助。
Linux 运行 sh 脚本时可能报 \r 相关错误，本文记录解决方案。...问题复现 在 Windows 下建立脚本文件 test.sh echo "Hello World" echo "finish" 在 Linux 下运行 ..../test.sh: line 1: $'\r': command not found ./test.sh: line 2: $'\r': command not found Hello World ..../test.sh: line 5: $'\r': command not found finish 会报出 \r 的错误 syntax error near unexpected token '$'do...\r'' 问题原因 Unix体系里，每行结尾只有“”，即“\n”； Windows体系里面，每行结尾是“”，即“\n\r” Unix 执行 Windows 生成的脚本就可能报错
写好的R语言程序一般保存为R脚本，这样在以后完成相似数据处理任务时可以方便地直接调用。...在linux系统命令行，我们可以使用“Rscript”命令来调用运行写好的程序，并添加一些必须的命令行参数；在Windows系统的Rstudio中，可以使用source()函数来调用写好的R脚本。...我们可以直接在R中运行上面程序然后使用这个函数，也可以保存为R脚本然后使用source()函数调用。...系统命令行运行R脚本时，可以使用commandArgs()设置命令行参数来增强脚本的适用性，我们可以通过下面脚本来查看R语言命令行参数设置规则： Args <- commandArgs() cat("Args...在Linux系统命令行运行结果如下所示： 可以发现，前五个为R内置参数，用户输入参数从第6个开始，R脚本中的命令行参数的使用示例如下所示： 如果想忽略R内置参数，则可以如下设置： Args <- commandArgs
一个小技巧分享，假如有人写了很多绘图脚本，比如文献：《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题，就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch，不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功，所以跳过那些运行失败的解决不了问题，反而应该是勇往直前解决问题。...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门...Linux(2019更新版)》 其中，R语言可能更重要一点，我把R的知识点路线图搞定，如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算（计算器） 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子） 多种数据结构（向量，矩阵
循环 ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2 ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2 | while read {i,j};do echo $i,$j;done; # 生成脚本...-1 *.fq.gz | xargs -n 2 | while read {i,j};do echo "spades.py -1 $i -2 $j -o spades";done; # 生成更加完美的脚本...} echo "$PWD/{}" | xargs -n 2 | awk -F "/" '{print $6,$0}' | sed -e 's/_1.fq.gz//1' >reads.list #生成脚本...;else echo "no such file or dirctory";fi; #1 一个简单脚本 #/bin/bash a=$1 b=$2 if [ $a == $b ] then echo
个人整理一下常用的脚本，测速、面板、酸酸乳等 来源于各大博客，如有侵权，请联系本人:smile: 测速脚本 一键测速 wget -qO- bench.sh | bash SpeedTest wget -.../superspeed.sh ---- ZBench 服务器一键测试脚本 / 自带结果导出 wget wget -qO- –no-check-certificate https://raw.githubusercontent.com.../FunctionClub/ZBench/master/ZBench-CN.sh | bash ---- VPS安装脚本 宝塔面板 Centos安装命令： yum install -y wget &&...oneinstack #如果需要修改目录(安装、数据存储、Nginx日志)，请修改options.conf文件 screen -S oneinstack #如果网路出现中断，可以执行命令`screen -R
/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin source /etc/profile [ $(id -u) -gt 0 ] && echo "请用root用户执行此脚本...SNMP OK report_NTP="" #NTP ok report_JDK="" #JDK版本 ok function version(){ echo "" echo "" echo "系统巡检脚本...-z $r ];then echo $r USEREmptyPassword="$USEREmptyPassword,"$r fi done done echo "" echo "相同ID的用户" echo...$r," done #报表信息 report_USERs="$USERs" #用户 report_USEREmptyPassword=$(echo $USEREmptyPassword | sed '..."active" else r="inactive" fi else r="unknown" fi else #CentOS 7+ r="$(systemctl is-active $1 2>&1)"
tee生成文件 Linux tee命令用于读取标准输入的数据，并将其内容输出成文件。 tee指令会从标准输入设备读取数据，将其内容输出到标准输出设备，同时保存成文件。...generic-kuberouter-all-features.yaml sed -i "s;%CLUSTERCIDR%;$CLUSTERCIDR;g" generic-kuberouter-all-features.yaml 参考:Linux...ip1PRODUCTION_GO_IP=$(kubectl get pods -n production -o wide | grep Running | grep service-go | awk '{print $6}') 获取脚本的绝对路径...DIR1="`dirname $BASH_SOURCE`" MYDIR=`readlink -f "$DIR1"` 这样，无论在哪里执行该脚本，都可以获得该脚本的绝对路径 参考:linux awk命令详解
今天，我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码，见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ，我们发现其共包含19个R脚本...然后，我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包，下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错，没有解决掉这个问题。...所以，我们把包含这两个包的5个脚本剔除，把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了，也欢迎分享以下方法！...[1] "Figure_3.R" [1] "Figure_3_new.R" [1] "Figure_4A.R" i SHA-1 hash of file is "015fc0457e61e3e93a903e69a24d96d2dac7b9fb
Shell脚本基础 1.1 脚本编写的基础： 指令的执行时从上而下，从左往右的执行 指令的下达时，指令，选项与参数之间的多个空白都会被忽略掉 空白行业会被忽略，多个[tab]的空白同样视为空格键 读取到一个...指定这个脚本使用的shell名称：本例和大部分情况下使用的是/bin/bash。...参数 2.1 默认参数 #0：代表执行的脚本文件名 #1，#2，#3……：代表第n个参数 $#：代表后接的参数数量 $@：代表所有参数，各参数是独立的（用"包住"） $*：代表素有参数，各参数不独立，用...判断文件类型与属性 test -f ${filename} && filetype="regulare file" test -d ${filename} && filetype="directory" test -r...可以使用Linux内建机制处理，例如seq命令和...： for i in $(seq 1 100) for i in $(seq a...g) 6.
/压缩 a.c文件为test.tar.gz tar -zxvf是解压的命令 #11回顾 rm -rf * 删除所有无权限文件 touch 1.txt 创建文件 mkdir demo 创建目录 rm -r.../bin/bash #15尝试写遍历一个目录下的文件名的脚本 cleanDir=/home/uplooking/save cleanDay=`date -d"7 days ago " +%Y%m%d `...脚本自动执行去掉交互 sudo ......<<EOF your-password EOF bash教程 <https://www.runoob.com/linux/linux-shell-basic-operators.html
这一部分内容和软件安装有部分重叠（关于变量和环境变量）1 Linux系统环境文件系统结构：一切皆文件/ 虚拟目录的根目录，通常不会在这里存储文件/bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具/home...主目录，Linux在这里创建用户目录/lib 库目录，存放系统和应用程序的库文件/media 媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点Linux系统一般有4个主要部分：内核、shell、文件系统、应用程序查看...*的相对位置练习题一个> 重定向 会把里面的内容清空两个>> 表示追加第2题先把结尾的.sra删除再加上.fastq完成替换4 shell 脚本编程env调用当前环境下激活的编译器shell脚本：修改shell...脚本的文件权限后，可以直接通过路径调用（充当command的作用）file1.sh变成可执行文件，可以当作一个命令直接执行这个命令是否在环境变量中？...不在环境变量中可通过路径来调用复习之前的421shell脚本：参数传递通过位置参数可以重复利用脚本fq2fa.sh脚本完成格式转换shell脚本提交1：标准输出流2：标准误输出流报错也和1一起输出重点：
中文脚本 wget -N --no-check-certificate https://raw.githubusercontent.com/FunctionClub/ZBench/master/ZBench-CN.sh...&& bash ZBench-CN.sh 英文脚本： wget -N --no-check-certificate https://raw.githubusercontent.com/FunctionClub.../ZBench/master/ZBench.sh && bash ZBench.sh 这个脚本也不错，可以试试 wget -qO- git.io/superbench.sh | bash 我的博客即将同步至腾讯云
一、背景 对登录一个系统，快速查看其系统信息，检查系统各项指标及参数，编写系统快速检查脚本，输出系统信息到脚本运行的logs目录下。 二、脚本 git地址 #!...get_systatus_info() { sys_os=$(uname -o) sys_release=$(cat /etc/redhat-release) sys_kernel=$(uname -r)...cpu_top10=$(top b -n1 | head -17 | tail -10) mem_top10=$(top -b n1|head -17|tail -10|sort -k10 -r)...330 512K 1% /boot ------------------------------------------------- 系统信息: 系统: GNU/Linux...发行版本: CentOS Linux release 7.3.1611 (Core) 系统内核: 3.10.0-514.el7
脚本没有完善,现在只有上半部分的基础环境搭建 【准备条件】 1.三个节点的防火墙关闭 2.原有mysql卸载删除 3.文件夹名字: mgr 所有的源码包都放在mgr的文件夹下... 4.文件位置: /root/mgr 脚本文件 #!...etc/rc.d/init.d/mysqld chmod +x /etc/rc.d/init.d/mysqld uuid和mysql随机密码后面会用到 修改密码 好久没写了,今天看了看以前写的脚本.../bin/bash source /etc/keystone/admin-openrc.sh source /etc/xiandian/openrc.sh #读取脚本后面的参数名 $0是脚本本身名字 file.../bin/bash source /etc/keystone/admin-openrc.sh source /etc/xiandian/openrc.sh #读取脚本后面的参数名 $0是脚本本身名字 file
linux 系统环境图片lscpu #查看服务器信息 pic1图片free -h #查看内存 pic2图片df -h #查看硬盘信息 pic3图片du -h -d 1 pic4Mar402 15:45:...4.0G /trainee/Mar402图片top # 查看系统进程与任务 pic5 （q退出）htop #是top的高级版 自己的服务区用conda安装 pic6图片图片ps -ef #pic7图片Linux...、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号• 环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 • 状态变量:用于记录命令的运行结果• 位置参数变量:用于向命令或程序脚本中传递信息...• 自定义变量:由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等自定义变量自定义变量:由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等(注:= 前后不要有空格)Mar402...sbin/usr/local/bin/usr/sbin/usr/bin/sbin/bin/usr/games/usr/local/games/snap/bin-----满足上面三个条件才可调用（全局调用脚本
收集各种有用脚本，有部分脚本是网上找的，脚本的代码我都看过了，功能我也测试过，完全没什么问题，支持centos6，ubuntu12，debian7以上，kvm，vmware，hyper-v架构的linux...天宇网络-综合Linux系统脚本 wget -N https://tx.hk47.cn/linux.sh && chmod +x linux.sh && bash linux.sh 现在！...我来介绍一下脚本里面的功能吧！本脚本无加密！不信自己看！ ?...2.Linux系统实用功能 为linux系统运维小白们写的，实用的linux系统工具脚本，其他功能后面在慢慢添加！ ?...安装BBR-TCP加速脚本 BBR是Google 提出的一种新型拥塞控制算法，可以使Linux服务器显著地提高吞吐量和减少TCP连接的延迟，Google已经开源了该算法，并提交到了Linux内核
vim编辑器 复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片 shebang扩展:如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异...(R4) Mar402 21:05:39 ~ $ ll -thr file1.sh -rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 31 Apr 4 21:05 file1.sh (R4) Mar402...shell 参数传递 pic3 图片 脚本传递 pic3 上部分 脚本输出 pic3 下部分 (R4) Mar402 21:15:54 ~ $ bash ~/bin/file1.sh 1>test.log...2>&1 保存输出脚本输出（log）实例 pic4 建议第四种 第四种对的运行和错的运行都保存了，而且有上下文 图片 任务提交（重点）pic5 图片 图片 其他编程课看ppt 超牛学习链接 https...://wangdoc.com/bash/ https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/104.html ----来自生信技能树
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