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seqtk—抽取随机序列

今天我们就来学习一个具体的需求:从FastQ文件随机抽取一定数量的reads 。...第二部分:是原始序列信息 第三部分:以+开始,后面可再接与第一部分相同的序列标识符或者描述信息。一般都只是一个+ 第四部分:以ASCII字符表示第二行碱基序列的测序质量。...它由 Heng Li(李恒,SAMtools、BWA 等工具的作者)开发,广泛应用于序列数据预处理、格式转换、随机抽样等场景。 如何安装 安装非常简单,从Github下载压缩包,解压,编译即可。...tar.gz tar -xf v1.4.tar.gz cd seqtk-1.4/ make ##方法二: conda activate RNAseq conda install -y seqtk 安装 随机抽样...# 随机抽取 10000 条 reads(设置随机种子 -s 避免重复) seqtk sample -s 123 SRR23698412_1.fastq.gz 10000 > SRR23698412

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    伪随机序列——m序列及MATLAB仿真

    前言 在通信系统中的随机噪声会使模拟信号产生失真和使数字信号出现误码,并且,它还是限制信道容量的一个重要因素。因此人们经常希望消除或减小通信系统中的随机噪声。 另外,有时人们会希望获得随机噪声。...例如,在实验室中对通信设备或系统性能进行测试时,可能要故意加人一定的随机噪声。 伪随机噪声具有类似于随机噪声的某些统计特性,同时又能够重复产生。...由于它具有随机噪声的优点,又避免了随机噪声的缺点,因此获得了日益广泛的实际应用。目前广泛应用的伪随机噪声都是由周期性数字序列经过滤波等处理后得出的。在后面我们将这种周期性数字序列称为伪随机序列。...它有时又称为伪随机信号和伪随机码。 一、m 序列 1、m 序列的产生 m 序列是最长线性反馈移位寄存器序列的简称。它是由带线性反馈的移存器产生的周期最长的序列。现在,我们先给出一个 m 序列的例子。...m 序列的功率谱密度 ⑥、伪噪声特性 由于 m 序列的均衡性、游程分布和自相关特性与随机序列的基本性质极相似所以通常将 m 序列称为伪噪声(PN)序列,或称为伪随机序列。

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    Python random.choice函数教程 - 从序列中随机选择元素 | Python随机数生成指南

    在Python中生成随机数有多种方法,但random.choice()函数特别适合从序列中随机选择一个元素。它比生成随机索引再访问元素更简洁高效。...适用场景包括:随机抽奖、游戏开发、随机测试数据生成、A/B测试分配等。基本语法random.choice(sequence)函数接收一个非空序列作为参数,返回序列中的一个随机元素。...= ["⚀", "⚁", "⚂", "⚃", "⚄", "⚅"] return random.choice(dice_faces)print("骰子结果:", roll_dice())注意事项序列不能为空...,否则会引发IndexError适用于任何序列类型:列表、元组、字符串等随机选择是均匀分布的(每个元素被选中的概率相同)对于唯一随机选择多个元素,使用random.sample()需要先导入random...random.shuffle()随机打乱序列顺序:cards = ["A", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "J", "Q", "K"]random.shuffle

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    基于序列模型的随机采样

    本文回顾了一系列常用的序列模型采样方法,包括基于蒙特卡洛的随机采样和随机束搜索,以及最近提出的基于Gumbel-Top-K的随机束搜索。表1展示了这三种方法各自的优缺点。...在序列模型中,束搜索通常被用来提升模型解码时的性能。默认的贪婪解码总是在每一步挑选一个当前分数最高的词来组成序列。...图4 束搜索最终结果 序列模型中的随机采样 从序列模型中采集多个样本有两种经典的方法:基于蒙特卡洛的随机采样和基于蒙特卡洛的束搜索。...基于蒙特卡洛的随机采样 在序列模型中采样的最简单方法就是在贪婪搜索的基础上,在每一步挑选下一个词的时候不是根据它们相应的得分而是根据模型输出的下一个词分布来随机选取一个,这样重复到固定长度或者挑选到句子结束符时停止...因为每一步都挑选了不同的词,因此最终产生的K个候选序列都不会相同,从而达到了高效采集K个样本的目的。 但是基于蒙特卡洛的随机束搜索也面临着方差的问题。

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    python+faker实现自定义随机数据序列生成

    shigen坚持更新文章的博客写手,擅长Java、python、vue、shell等编程语言和各种应用程序、脚本的开发。记录成长,分享认知,留住感动。...好的,现在进入正题,额,文章的名字略长:《控制台输出任一类型数量随机数据程序》。我们先来抽取一下关键词:控制台,任一类型、数量、随机数据。 肯定又是shigen的定制化程序了。...查看帮助 生成随机的地址 生成随机名单 随机邮箱 其它的效果就不再这里掩饰了,感兴趣的伙伴可以去shigen的github自行查看。 最后,我们分析一下程序吧。...其实最开始shigen准备用python的click库去做的,但是考虑到count是一个公共的参数,在click里实现真的是太复杂了,最后放弃了,关于faker的使用可以参考shigen的这一篇文章:如何用...python优雅地生成模拟数据。

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    时间序列平稳性、白噪声、随机游走

    作者:东哥起飞,来源:Python数据科学 本文开启时间序列系列的相关介绍,从零梳理时序概念、相关技术、和实战案例,欢迎订阅 时间序列专栏 跟踪全部内容。 本篇介绍时间序列的平稳性的相关概念。...)=\sigma^2 Cov(\varepsilon_t,\varepsilon_s)=0,t\neq s 也就是均值为0,方差为 \sigma^2 ,协方差为0(无自相关性)的序列 用Python代码能生成一个白噪声序列...下面用Python生成的两个随机游走图形感受下。...极大降低分析难度 上篇文章 时间序列基本概念、任务、预测方法 提到,时间序列中每个时刻 X_1,X_2,...,X_t 都可以认为是一个随机变量,它们都有自己的分布。...如果现在判断出该时序是满足宽平稳的时间序列,可知该时序均值 \mu 是个常数,即每个时点随机变量均值都为 \mu 。

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    Python 生成随机数_python 随机字符串

    python中生成随机数主要使用random模块和numpy库中的random函数。 前者主要用于生成随机数和实现序列中随机数和随机数列的挑选,后者用来生成a*b维的随机矩阵。...一、random模块 random模块中将近有7个函数都是可以用来生成随机数,列举如下: 1. random.random() 功能:随机生成一个[0, 1)的浮点数 示例: import random...,每step递增,以b为终>这样的一个整数序列中随机选择一个数 5. random.choice(sequence) 功能:从一个已有的sequence中随机选择一个元素 6. random.sample...(sequence,k) 功能:从某一序列中获取指定长度的片段(随机选取K个,没有顺序) import random sequence=['apple','banana','orange'] l=random.sample..., 3, 4, 3, 3, 4], [3, 4, 2, 3, 3, 2, 2], [3, 3, 3, 3, 2, 3, 2]]) 总结: (1)random模块主要用于生成随机数和实现序列中随机数和随机数列的挑选

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    python生成随机数、随机字符、随机字符串

    参考链接: Python中的随机数 python生成随机数、随机字符、随机字符串  本文是基于Windows 10系统环境,实现python生成随机数、随机字符、随机字符串:   Windows 10 ...PyCharm 2018.3.5 for Windows (exe)  python 3.6.8 Windows x86 executable installer   (1) 生成随机数  随机整数 ...(0, 101, 2) # 左闭右开区间 print(num) 随机浮点数  import random num = random.random() # 生成0-1之间的随机浮点数 num2 = random.uniform...(1, 10) # 生成的随机浮点数归一化到区间1-10 print(num) print(num2) (2) 生成随机字符  随机字符  import random alphabet = 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz...@#$%^&*()' char = random.choice(alphabet) print(char) (3) 生成随机字符串  生成指定数量的随机字符串  import random alphabet

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    python实现随机森林

    什么是随机森林? 在机器学习中,随机森林是一个包含多个决策树的分类器, 并且其输出的类别是由个别树输出的类别的众数而定。要想理解好随机森林,就首先要了解决策树。...重复n次,这k个特性经过不同随机组合建立起来n棵决策树(或者是数据的不同随机样本,称为自助法样本)。 3. 对每个决策树都传递随机变量来预测结果。...换句话说,将得到高票数的预测目标作为随机森林算法的最终预测。 针对回归问题,随机森林中的决策树会预测Y的值(输出值)。通过随机森林中所有决策树预测值的平均值计算得出最终预测值。...而针对分类问题,随机森林中的每棵决策树会预测最新数据属于哪个分类。最终,哪一分类被选择最多,就预测这个最新数据属于哪一分类。 随机森林的优点和缺点? 优点: 1....如何理解随机森林的“随机”? 主要体现在两个方面: 1.数据的随机选取:从原始数据中采取有放回的抽样。 2.特征的随机选取:每次随机选取k个特征构造一棵树。

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    用随机游动生成时间序列的合成数据

    来源:DeepHub IMBA 本文约1300字,建议阅读5分钟 本文带你利用一维随机游走为时间序列算法生成数据。 随机游走是随机过程。它们由数学空间中的许多步骤组成。...例如当没有可用信息或没有实时数据可用时,具有随机游走的合成数据可以近似实际数据。 这篇文章利用一维随机游走为时间序列算法生成数据。...生成数据 在创建和测试时间序列模型时,以随机数据为基准测试模型是有益的。随机游走可以模拟库存、产能利用率甚至粒子运动的趋势。 通过每一步概率的调整,行为被添加到随机游走中。...在 Pandas 中使用“date_range”函数快速生成时间序列数据。下面是一个示例,它为 2019 年每天生成一个具有一个随机值的df。...总结 随机游走是一个有趣的随机过程。在很少的起始条件下,生成了许多不同的模式。因此,随机游走可以用作合成时间序列数据并针对您的特定问题实例进行调整。 编辑:黄继彦

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