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单细胞小提琴+

做单细胞数据分析的时候,我们经常会用小提琴来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot,专门用来画小提琴的。...,还有右侧的注。...如果不想要右侧的注,可以使用NoLegend() VlnPlot(scRNA, features = "CD3E")+NoLegend() 如果散点图也不想要,这个时候我们就要去研究一下VlnPlot...是控制点大小的,因此我们可以把点的大小设置成0试试 VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size = 0)+NoLegend() 看样子是work的 可能有些人想同时把也画出来...其实也很容易,VlnPlot这个函数实际上是基于ggplot写的,所以可以通过geom_boxplot()来添加 VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size=

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pyecharts-10-绘制

Pyecharts-10-绘制 本文中介绍的是如何利用pyecharts绘制。由于线图不像柱状、折线图那样简单常见,许多人都对它敬而远之。...两种数据 连续数据 离散数据 介绍 5个统计量 绘图 常见的两种数据 在数值数据中,常见的数据类型有两种:连续数据和离散数据,分别解释为: 连续数据 连续数据:在一定区间内可以任意取值的变量叫连续变量...大多数图表可视化的都是这类数据,比如柱状、折线图等。 什么是 发明者 的发明者John Tukey。Tukey先生1915年出生于美国麻省的新贝德福德。... 线图(Boxplot)也称(Box-whisker Plot),是利用数据中的五个统计量:最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法。...特点 的最大特点就是不受异常值的影响,能够准确稳定地描绘出数据的离散分布情况,同时也利于数据的清洗。 如果数据中存在异常值,会自动识别为异常。

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    qqboxplot--实现Q-Q plot和的整合!

    导语 GUIDE ╲ qqboxplot作为ggplot的扩展,可以实现q-q线图的绘制。 背景介绍 (Box-plot)又称为盒式线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计。...R包安装 BiocManager::install("qqboxplot") library(qqboxplot) 可视化介绍 01 比较线图、q-q和 q-q线图 使用来自一名自闭症患者和一名对照患者的随机基因样本...panel.grid.major = element_line(colour = "grey70"), panel.grid.minor = element_line(colour="grey80")) #常规...rep("t distribution, df=8", 1000), rep("t distribution, df=32", 1000))) 使用模拟数据绘制...element_rect(fill="white"), panel.grid = element_line(colour = "grey70")) 小编总结 qqboxplot在

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    R语言绘制

    简单点数就是像一个箱子的,用于表征数据的分布。 百度定义:(Box-plot)又称为盒须、盒式线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计。因形状如箱子而得名。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义,分为两类,一个单一,一个并列的 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的,就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg",xlab='x')!...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 然后制作一个表示mpg与vs的关系的并列的 boxplot(mpg~vs, data = input2...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 修改每个箱子的标签 boxplot( mpg ~ vs, input2, names = c(

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    python数据可视化之画

    最近接到锅让画几个数据。其实第一反应是用origin来画图,但问了一圈周围没有用Origin画过的,有些问题无法解决又百度不到。...但好在略懂一点python的matplotlib画图,于是决定换个更适合程序员的画图工具。 人生苦短,我用python。 话不多说,为节约搜索画图方法小伙伴的时间先展示一下最终效果。...', '5000', '6500', '10000'] pos = [math.log10(int(x)) for x in text] #调整每个box的位置,因为一组数据中有9个box,而由于的特殊性其...'top'].set_linewidth(2) ax.spines['left'].set_linewidth(2) ax.spines['right'].set_linewidth(2) 此时画出的是这样的...[1:]])+1.2) #由于x轴是手动指定的刻度(并不是真正的表示数值),因此用x轴的长度来调整右侧宽度 ax.set_ylim(1, 20000) #由于y轴是数值的因此直接对应刻度来调整限制范围

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    和小提琴

    (Box-plot) 又称为盒须、盒式线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计,因形状如箱子而得名。它能显示出一组数据的最大值、最小值、中位数、及上下四分位数。...绘制须使用常用的统计量,能提供有关数据位置和分散情况的关键信息,尤其在比较不同的母体数据时更可表现其差异。...的绘制主要包含六个数据节点,需要先将数据从大到小进行排列,然后分别计算出它的上边缘,上四分位数,中位数,下四分位数,下边缘,还有一个异常值。...异常值之外,最靠近上边缘和下边缘的两个值处,画横线,作为线图的触须。...小提琴 小提琴 (Violin Plot)是用来展示多组数据的分布状态以及概率密度。这种图表结合了和密度的特征,主要用来显示数据的分布形状。跟类似,但是在密度层面展示更好。

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    Python大数据正态分布之图上下限值计算

    distribution),也称高斯分布(Gaussian distribution),具体详细的介绍可自行网上查阅资料; 其次,如下图中所示的:分位数、中位数、众数等; 再者,就是今天要重点介绍的...,如下图所示 待会要分享的Python程序就是对图中上下边缘值的计算实现。...图上下限取值为什么要使用 IQR = Q3 -Q1 上边缘 = Q3(上四分位数) + 1.5IQR 下边缘 = Q1(下四分位数) - 1.5IQR 原因在于Q3(上四分位数) + 1.5IQR与...Q1(下四分位数) - 1.5IQR比较接近于正负3sigma的界限值,如下截图所示: 二、上面简单介绍了下正态分布及的知识,接下来就看如何用Python来实现大数据量的数据中上下边缘值的计算吧...在贴代码之前简单说下需求背景,即:公司网页上某个指标数据需要每天check下展示给用户看到的数据是否正常,且这个数据每天都会随实际的线下营业情况而不同,所以不能简单判断是否为一固定值,经过分析可以采用的上下边缘值来做判断

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    听说你只会画

    为体现组间差异,可能大部分人都会第一个想到(boxplot)来展示;但是当审稿人看到满屏Figure都是的时候,肯定会觉得作者团队数据可视化能力还有待提高,如何给审稿人美好的第一印象,科研数据的可视化非常重要...,相同的数据,除了,我们还可以使用小提琴或者密度分布来展示结果,而且尽量让一些统计学结果体现在图里。...group, y=weight, fill=group)) + geom_boxplot()+ scale_fill_brewer(palette="Dark2") bp 下面使用密度分布来展示结果...= group)) + scale_fill_brewer(palette="Dark2")+ geom_density(alpha=0.56) dp 接着我们试图将一些统计学参数加上,增加可视化和信息量...grp.median), linetype="dashed",color = "grey") 说到统计学指标,这里墙裂推荐ggstatsplot;不用吹,看图就知道多强大了;出的时候还顺带帮你把统计学比较做完了

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    python pyecharts数据可视化 折线图

    ——《月亮与六便士》 文章目录 一、数据获取 二、折线图 三、 一、数据获取 数据来源:http://www.tianqihoubao.com/aqi/chengdu-201901.html...from pyecharts.globals import CurrentConfig CurrentConfig.ONLINE_HOST = 'D:/python/pyecharts-assets-master...按月统计).html') 运行效果如下: [4l4j77nd9w.gif] 三、 (Box-plot)又称为盒须、盒式线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计。...boxplot.prepare_data(y_data)) boxplot.set_global_opts( title_opts=opts.TitleOpts( title='2019年成都季度AQI指数...opts.AxisOpts(name='季度'), yaxis_opts=opts.AxisOpts(name='AQI指数') ) boxplot.render('2019年成都季度AQI指数

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    独特的图版式,你学会了吗?

    导语 GUIDE ╲ ggeconodist是开发者受Economist杂志独特风格的启发,开发的一款与普通绘制的不同风格的R包。...今天要给大家介绍的是一种的个性画法,功能由ggeconodist包提供,开发者受一款杂志Economist中绘图风格的启发,从而开发了这样一款绘图美观的绘图包。...首先让我们来看一下正常用geom_boxplot()绘制的和geom_econodist()绘制的有什么区别,上面是普通的,下方是改变后的图片,相比之下确实美观了很多呀!...p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy)) + theme_ipsum_rc() ##将geom_boxplot改为geom_econodist即可用ggeconodist绘制...~color) 06 Economist中原图绘制 最后让我们一起来看开发者是怎么绘制Economist杂志中给予他灵感来源的的!

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    Python Matplotlib数据可视化 绘制、散点图和直方图

    文章目录 Python中可以通过matplotlib模块的pyplot子库来完成绘图。Matplotlib可用于创建高质量的图表和图形,也可以用于绘制和可视化结果。...本文用python对一批运动员数据进行操作,读取数据、数据预处理、matplotlib数据可视化,熟悉用python进行数据分析和可视化的基本方法,并绘制、散点图和直方图。...绘制 线图,又称 (boxplot) 或盒式,不同于一般的折线图、柱状或饼等传统图表,只是数据大小、占比、趋势等等的呈现,其包含一些统计学的均值、分位数、极值等等统计量,因此,该信息量较大...使用展示出不同技术等级 (Skill_Moves) 的运动员的评分 (Rating) 分布情况,即横轴为运动员的技术等级,纵轴为评分。...median.set(color='black', linewidth=3) plt.xlabel('技术等级') plt.ylabel('评分') plt.title('不同技术等级的运动员评分分布

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    Python数据处理从零开始----第四章(可视化)(17)一文解决box plot

    (7)设置box plot的大小size import seaborn as sns df = sns.load_dataset('iris') # Change width sns.boxplot...(8)修改颜色:基于corlorplatte # library & dataset import seaborn as sns df = sns.load_dataset('iris') #...(11)设置box plot颜色:高亮突出某一个分组 # Highlight a group import seaborn as sns df = sns.load_dataset('iris')...(12)设置亚型分组box plot 当我们同时有一个numerical variable,许多个 groups, 还有一个subgroups, 我们这个时候就需要分组小提琴,也就是 grouped...但是,请注意,可以隐藏单个数据的值。因此,强烈建议在线图中显示所有观察结果值。而如果有许多观察结果,小提琴可能是一个有趣的选择。

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