1回答
将DNA字符串分成片段
、、、
set.seed(101) 我需要从上面的序列中创建我试着使用for循环，但是没能弄清楚。请帮帮忙。我是R编程的新手。
基因组由20个基因组成，每个基因的长度为50个碱基。基因组的前50个碱基对应于基因1，后50个碱基对应于基因2，依
浏览 2提问于2015-03-10得票数 1
4回答
我想计数DNA序列中的碱基数，返回序列中每种类型的碱基数，并打印一个两列表，其中第一列是基，第二列是相关联的碱基数。我可以得到返回基计数的函数，但是我不知道如何打印表。我想用基本的python函数来做这个分析，尽管我认为使用某些python模块会更容易。
浏览 0提问于2018-11-24得票数 0
回答已采纳
参数seq是一个字符串，包含DNA序列碱基的信息，并返回该DNA序列的反向补充。反转字符串的一种方法是使用::-1的切片值。reversed_seq = seq::-1所有A都是T的所有C都有G补充DNA序列的一种方法是使用内置的Python函数来替换(另一种补充DNA序列的方法是循环遍历DNA序
浏览 5提问于2022-10-06得票数 0
回答已采纳
2回答
我有一个由4个字母A，U，C，G组成的RNA长度'n‘序列，它作为字符串导入到Python中，可以折叠成一个循环。循环是通过匹配序列中的字母对来实现的，因此A与U，C与G，G与U，因此字符串可以折叠回来。我试着上传一张照片，但我没有足够的名誉点:(
在我引用的期刊中，作者谈到了一种嵌套循环方法，它可以找到所有可能的组合，然后将它们包含在一个组中，以便稍后调用。我的问题是编写嵌套循环，因为我是编程和python的新手。以及以能够识别这些对并可能
浏览 0提问于2012-04-25得票数 1
回答已采纳
10年后，我刚刚重新开始编程，现在我正在学习Python。我正在攻读生物化学学位，我想用编程来分析DNA序列。我需要在一个序列中找到所有的"ga“、" gc”、"gg“和"gt”模式，并复制下游的3个碱基和两个目标碱基(ga、gc等)上游的3个碱基。要做到这一点是相当简单的。我不确定是否应该继续使用这个脚本，或者使用另一个方法作为findall或match，然后使用一个循环(for或while)打印出所有的事件(不仅仅是第一次)。
浏览 3提问于2014-07-21得票数 0
回答已采纳
2回答
对于我的例子：GACCCT被认为与第二个序列中起始位置为4的GGGGGAGGTTTTTT匹配我尝试了python中的Regex包，Levenshtein算法和编辑距离。
浏览 0提问于2013-11-22得票数 1
1回答
我有一个函数，它使用两个字符串来表示DNA (形式"ACGT")，每个字母代表不同的碱基。我想测试一个变成另一个所需要发生的突变的数量。我想考虑的突变类型如下：
我
浏览 0提问于2020-02-05得票数 1
回答已采纳
1回答
我有一个8个碱基的字符串testStr我想把它与绿色的8个碱基字符串greenList的列表进行比较。GGCGCATG ACTGAAAT ATGCCCGT ACTGAGTG
如果testStr在汉明距离1(在<= 1位置有一个差异)的greenList中的任何字符串，我想要一个for循环继续。下面是一个可接受的匹配，因为序列只在一个位置不同。例如，序列GGCGCATG产生以下hamming距离1的变化。，则循环将继续进行。
浏览 7提问于2020-12-11得票数 0
回答已采纳
我想在python中做一个滑动窗口，在120个碱基对的框架中检查DNA序列(长度在2000到4000碱基对之间)。然而，我也想考虑大约20个核苷酸，在120个碱基对框架的上、下游区域。然而，如果滑动窗口移动到一个2000碱基对长DNA序列中的位置14或位置1992，那么显然，上游或下游侧翼区域必须小于20个碱基对长。我的条件树是如何被设置的，还是我如何分割我的原始序列有问题？
浏览 5提问于2017-05-15得票数 1
回答已采纳
3回答
我处理的是30长度的短字符串(它们是DNA序列)。就我的目的而言，每5个碱基都需要被替换成4个DNA碱基(A，C，T，G)中的任何一个。也就是说，每第五个位置分别被替换为A、C、T或G，以生成一个由所有可能的序列组成的阵列，其中每个第5个位置都是所有可能的DNA碱基。我一直在尝试使用for循环，并且可以编辑每个第5个位置，但不能用组合方法来编辑。我需要一系列的序列，例如，AAAAcAAAAtAAAAa
以及所有其他的组合。希望这会更清楚
浏览 0提问于2021-08-15得票数 1
回答已采纳
1回答
我得到了10个DNA序列，每个序列由18个碱基组成，我被要求编写一个程序来计算所有这些序列中最频繁的序列(共识)。例如，我有"ACTGGA"，"ACCAAT"，"CTTAGG"，"ATGAAG“ 一致的序列将是"A(CT)TA(GA)G“，因为在每个序列"A”的第一个碱基位置存在3/4个times.For，每个序列的第二个碱基<
浏览 16提问于2019-12-29得票数 0
回答已采纳
1回答
enter image description here我已经写了一个函数来模拟一个随机序列，它由四个碱基A，C，G，T组成，长度为10^1，10^2，10^3，10^4或10^5。每个碱基的概率是0,25。我写了另一个函数，它计算给定序列中每个碱基的相对数。现在我想在条形图中说明随机序列的每个长度(10^1，10^2，10^3，10^4，10^5)的每个碱基(A，C，G，T)的相对数量，但我不太确定如何做。
浏览 19提问于2020-06-20得票数 1
我需要根据病毒的DNA序列生成一个随机游走，给定其2k个碱基对的碱基对序列。序列看起来像"ATGCGTCGTAACGT“。路径应该右转为A，左转为T，向上为G，向下为C。
浏览 3提问于2011-04-10得票数 37
回答已采纳
1回答
碱基对序列的分数
、、
给定一个表示碱基对序列(即只包含字母A、G、C和T)的字符串，确定该序列中G和C碱基的分数。(提示:字符串有一个计数方法，返回子字符串出现的次数)
浏览 2提问于2021-04-05得票数 0
2回答
如何在python中编写代码，读取DNA序列链，并返回它描述这三种情况的重复碱基列表:基础(AGTC)，它在链中的位置以及重复了多少次。
浏览 0提问于2021-01-15得票数 0
回答已采纳
假设我有一个DNA序列，它有一个不明确的碱基N，其中N可以代表任何碱基(它是一个柔性位置)。 dna.seq <- 'ATGCN' 我要所有可能的DNA序列的载体。它看起来是这样的： c('ATGCA','ATGCT','ATGCG','ATGCC') 该解决方案还需要考虑具有多个N字符的dna序列，这将创建更多的潜在DNA序列。
浏览 20提问于2019-01-16得票数 2
回答已采纳
2回答
我正在编写一个校准管道来学习神经网络的超参数，以检测DNA序列的属性*。因此，这需要在具有不同超参数的同一数据集上训练大量模型。
*如果你感兴趣，它基于来检测转录因子与DNA的结合位置。
浏览 1提问于2016-02-16得票数 4
我需要计算fasta文件中dna序列的熵，从碱基10000到碱基11000这里是我所知道的，但我需要计算10,000到11,000个碱基之间的序列的熵
def
浏览 1提问于2016-06-20得票数 0
好的，我需要从一个FASTA文件中提取序列的一部分，使用python (biopython，)
我需要从每个序列中获得前10个碱基，并将它们放在一个文件中，保存来自FASTA格式的序列信息。最坏的情况是，如果没有办法保存序列信息，我可以只使用碱基。
浏览 0提问于2012-10-30得票数 4
回答已采纳
我想用iOS应用程序打包一个巨大的DNA序列(大约3000000000个碱基对)。每个碱基对可以有值A、C、T或G。将每个碱基对存储在一个字节中将产生一个3 GB的文件，这太多了。:)有没有更好的文件格式可以有效地在磁盘上存储巨大的碱基对？
浏览 0提问于2011-06-27得票数 11
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
即时通信 IM
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
