关注“生信与临床”的小伙伴们现在应该已经学习了一定的R语言基础知识，对R应该不陌生了。
课前准备，R语言的安装和配置都OK了吗？生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。小板凳排排坐，飞飞老师要开课~
写在前面 R语言不仅在生物信息数据处理中发挥着重要作用，也是其它主流数据处理人士的首选工具。现在非常多自学生物信息学的小伙伴必须学的就是R，所以写一个R的系统性入门指导是非常有必要的。我作为老一辈的生信工程师，所以喜欢perl一点，排斥python。我也稍微看过一些python的语法，个人认为R和python几乎是一模一样的。R的特点就是内置了大量的函数，基本上你认识的英文单词都可以是一个函数，即使不是，你也可以自定义为函数。搞清楚了函数和变量，就可以看懂大部分的R代码了。 那么多编程语言，有何异同？ 下面
往期的教程里详细为大家做了R语言安装和环境配置的课程，错过的喵咪们，课前赶紧复习一下吧。生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。古语云“字如其人”，现在讲“第一印象”，说的都是形象、气质的重要作用，在科研领域而言，规范的、高质量的图片是发表高水平文章的必备条件。有请我们科研猫特聘作图系列讲师，飞飞老师~
R语言是一门实用的、自由开放的计算机语言。强大的统计绘图能力，唯美的绘图效果使得R语言倍受科研工作者青睐，在生物、医学、生态、农牧、环境、食品等诸多科研领域有着广泛的应用。已有越来越多的科研工作者、数据分析人员使用R语言，分析、挖掘自己的实验大数据，绘制高质量图片，发表高水平文章。要分析（特别是个性化分析）自己的实验数据，需要具备一定的计算机基础，这给“零基础学员”们带了不小的挑战。
技术层面上的问题例如基因究竟在一个细胞中表达与否、数据集之间的批次效应如何消除，等等；生物层面上的问题例如如何定义一个细胞类型或状态、细胞从哪来到哪去、基因或细胞之间是如何协同的，等等。
Matplotlib是Python中最受欢迎的数据可视化软件包之一，它是Python常用的2D绘图库，同时它也提供了一部分3D绘图接口。我们可以使用 pyplot 中的 subplot() 和 subplots() 方法来绘制多个子图。
今天给大家推荐的一个可视化工具为-「ggmice」，一款专门为生物学专业(老鼠相关)的小众且常用的数据可视化工具。
R：为什么选择我？而不是其他高级语言，比如Python，Java，C，C++....那么多编程语言？
R语言的学习途径主要有几个：一个是R语言书籍；一个是R帮助文档；还有就是R视频和一些干货教程了。越来越多的R学习者开始在网上分享自己的学习笔记，有的人会搭建自己的博客平台，有的人会使用现成的平台，其中最常用的就是公众号了。今天的推文我就分享5个我平时会经常看的，分享R语言学习笔记干货的公众号。
GraphPad Prism是一款专业的生物医学科学数据分析和绘图软件，主要用于数据分析、绘图和统计分析等方面。它被广泛应用于生物医学研究、临床试验、药物开发和基础科学研究等领域。GraphPad Prism提供了广泛的分析工具和绘图功能，包括各种统计分析、曲线拟合、回归分析、生存分析、多变量分析等工具，可以帮助用户更好地了解数据的特性和规律。
针对生信领域的零基础爱好者及生信分析中遇到的种种问题，生信领域知名公众号“生信宝典”团队组织了中科院系统项目经验丰富的一线科研人员开展系列培训活动。本期零基础Python编程班，应用Python处理生物信息数据和作图，三天高强度学习你也可以入门编程。
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
现在回过头来看，很多教程已然过时，当然并不是说的知识点过时，其实linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的，哪怕你现在搜索到十几年前的linux教学视频，也不会觉得尴尬。主要是其中一些资源链接，一些小技巧都过时了，比如R语言安装包，需求切换适合的镜像，或者某些配套书籍课程的URL肯定也会成为死链啦，所以非常有必要系统性整理一下，最新生信分析人员如何系统入门R
R 语言是一款统计软件，R 语言也是一门编程语言，R 语言也是一个数据分析平台。R 是一个免费自由且跨平台通用的统计计算与绘图软件，它有 Windows、Mac、Linux 等版本，均可免费下载使用。R 项目(The R Project for Statistical Computing)最早由新西兰奥克兰大学(Auckland University)的 Robert Gentleman(1959-)和 Ross Ihaka(1954-) 开发，故软件取两人名字的首字母命名为 R 。该项目始于 1993 年，2000 年发布了首个官方版本 R 1.0.0 ，后期维护由 R 核心团队(R Core Team)负责。截止 2019 年 4 月，已发布到 3.6 版本。凭借其开源、免费、自由等开放式理念，R 迅速获得流行，目前已成为学术研究和商业应用领域最为常用的数据分析软件之一。随着大数据行业的发展，R 语言变得越来越流行，R 语言发挥了越来越重要的作用。
“工欲善其事必先利其器”，没有自己的分析平台，想分析大数据，那怎么能行。宏基因组数据量极大，前期原始下机的大数据想在自己本本上处理还是有难度的。好在现阶段一般的高校、科研院所、课题组都有自己的服务器，即使没有服务器，也可以租用国内的阿里云、腾讯云等服务。现在分析条件拥有了，如何把服务器变成宏基因组分析的利器呢，这是一个非常复杂的专业问题，在这里你马上可以学到！
数据分析是相同的，通过一个简单的课程理解其中的原理，就可以推而广之，延伸到其他类型的数据分析，如扩增子，转录组，单细胞分析等
Circos 是可视化基因组相似性和特征的最流行软件之一。不过，它的执行过程比较复杂，需要多个原始配置文件才能实现可视化。此外，Circos 是用 Perl 编写的，这限制了它与其他生物分析软件的整合。
我写公众号的最初目的就是督促自己学习，分享一些教程，和专门搞生信的大佬们比起来，自己也就是菜鸟一枚，公众号更新也比较佛系，也不做推广，你能自行关注到，完全靠缘分。我就是分享一些生信基础的生信分析技能，以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话，大家需要给你自己以定位，自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路，或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信，那也是分档次和研究方向的，如果只是分析别人的数据，比如预后模型这种，属于比较低端的水平。有的做开发，比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具，又或者是建数据库，这些属于开发类。另外，这个也和研究领域有很大关系，植物的，人的，微生物的，是有区别的，当然，很多基础工具都差不多，但需要相关的知识背景。我自己主要是做药，癌症，所以我会的技能主要和自己研究方向相关的，我也不是什么都掌握，因为我觉得，具备基础知识储备后，自己用到什么就去现学现卖，而不是一下子学会很多东西等着以后用，我个人认为这是效率极其低下的。
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年2月14-16日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第七期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
毋庸置疑，R语言的学习国内和国外还是有一定的差异的。想要系统学习R语言，高质量的微信公众号是一种非常有效的方式。今天小编要给大家推荐的 5 个优秀公众号，全是关于R语言方面的，他们的文章干货满满，希望对大家学习有所帮助！
数据可视化是数据科学分析的重要环节，是有效传达数据价值的重要渠道。辛苦整理了一天，我们一睹Python可视化工具的精彩之处。
python100天还在继续，到第三周的时候就显得有点难啃了，笔记中很难进行很好的转述，因此就对原有的python3笔记进行补充。今天的推送主要解决不同方式下的柱形图可视化，当然主要要使用python。R真香。
摘要：人工智能作曲APP Amper Music的简单介绍和测评，以及人工智能和机器学习的小科普
Prism是一款非常实用的绘图设计软件，集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体。本文介绍了Prism软件的基本操作、数据分析方法和在生命科学研究中的应用。结果表明，Prism软件在生命科学领域是一种十分方便、高效的工具。
但不可能人人都有时间和精力系统性学习咱们生物信息学，Hiplot项目为这些无法抽空学习R语言的小伙伴提供了一个解决方案！
毫无疑问，处理数据的首要条件是理解数据从产生，对应到我们这个系列，也就是了解三维基因组的背景知识，如下：
GraphPad Prism是一款功能强大的医学绘图软件。它的基础生物统计学、曲线拟合和科学制图软件的功能，为管理和组织在不同实验中收集的科学数据提供了一个强大的解决方案。
虽然西弗吉尼亚大学的研究人员看到了最新的官方ChatGPT插件——名为“代码解释器”（ Code Interpreter）的教育应用潜力，但他们也发现，对于使用计算方法处理针对癌症和遗传疾病的定向治疗的生物数据的科学家来说，这款插件的使用存在限制。
在现代科技发展下，对于科学研究以及各种数据处理需求显得越来越重要，因此需要一款专业的软件来完成数据的整理、分析和可视化。Prism软件就是这样一款专业的软件，其强大的数据处理和绘图能力广泛应用于生物学、医学等领域，为科研工作提供了强有力的支持。本文将介绍Prism软件的特色功能和使用方法，并结合实例说明软件在实际应用中的具体操作流程。
复杂系统无处不在。无论是连接城市的庞大道路网络，还是社交媒体平台上错综复杂的社交关系网络，网络在塑造我们的世界中发挥着重要作用。在本文中，我们将探讨复杂系统的概念以及网络是如何成为其运行核心的。
现在的计划是以 https://www.cedricscherer.com/2019/08/05/a-ggplot2-tutorial-for-beautiful-plotting-in-r/ 这个链接的内容为基础，介绍R语言ggplot2绘图的基本内容
作者：Anmol Anmol翻译：王闯（Chuck）校对：赵茹萱本文约2000字，建议阅读5分钟本文主要介绍Python中用来替代Matplotlib和Seaborn的可视化工具plotly，并结合实例讲解了plotly的优点和用法，满足了可视化绘图的交互需求。 是时候升级你的可视化游戏了。 图片源: Unsplash，由Isaac Smith上传 数据可视化是人脑有效理解各种信息的最舒适、最直观的方式。对于需要处理数据的人来说，能够创建漂亮、直观的可视化绘图是一项非常重要的技能，这能够有效地传达数据洞
现在越来越习惯使用在线工具，拿来即用，用完即走。只要有网，在哪都可以用。比如我们推出的在线绘图 (http://www.ehbio.com/ImageGP)已经成为非批量作图的首选，可以绘制常见生物信息图形。
本系列为交流群一周问题汇总。目前群人数比较多，如果你想加群，加我微信回复进群，我拉你进来。
有些同学在写论文的时候光注意文字的阐述，忽略掉了一个重要因素——图表。插入的图表不仅无意义，有时候甚至造成图表影响了文章内容表达。
chemdraw20的全称为ChemDraw Professional 20是ChemBiooffice核心工具之一，是一套完整易用的专业的化学结构绘制工具。它提供常见的通路元素（膜、DNA、酶、受体等）以及导入其他实体生物途径绘图功能，能够绘制生物通路图、绘制化学结构、反应式等生物化学构造。同时它还可以编辑和建立分子式、立体图形、实验装置、结构式、方程式等生物化学构造，辅助专业学科工作者及相关科技人员的交流活动和研究开发工作。chemdraw20是绘制化学结构最快速、最精确的工具，是款非常受欢迎的化学绘图软件！
因为一些网络素材引用不规范，我们的这个笔记被网络吞掉了一次。很多朋友在公众号后台催更，还好鲍志炜抽空抢救回来了，不负大家的等待。
MestReNova (MNova) 是一种强大的核磁共振数据处理软件。它可以用于处理、分析和可视化化学样品的核磁共振谱图，具有非常高的计算精度和较快的计算速度。在化学、生物、医药等领域中，其被广泛应用于研究和开发新药物、分子和材料的结构与性质等。本文将探讨 MNova 的独特竞争力以及使用方法，并且通过实际案例加以说明。
GraphPad Prism是一款专业的医学绘图软件，他基于生物统计，曲线拟合和科学绘图于一体，非常的强大。实用程序，用于生物统计学，曲线拟合，科学绘图。是基础生物统计学(biostatistics)，曲线拟合和科学制图软件，用来管理和组织在不同的实验中收集的科学数据的功能强大的软件解决方案。供了必要的工具，用于创建科学的图表，可以生成相关统计数据等等。GraphPad Prism软件最新版本为GraphPad Prism 9.3.0，其功能强大，简单易学，能够适合绝大部分医学科研绘图的实现。相对于其他统计绘图软件（例如R语言），它的绝对优势是可以直接输入原始数据，自动进行基本的生物统计，同时产生高质量的科学图表。
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。 这个数据库应该是生物信息入门学习挖掘的数据库，发文量每年估计有数千篇吧，GEO上面的测序文件非常丰富，肿瘤，非肿瘤的等等几乎都有，并且可以免费挖掘。关于这个数据库的介绍网上非常多，我就不赘述了。有兴趣的可以取生信技能树上面看看。
在前面我们介绍过Evoked的数据结构以及如何创建Evoked对象《Python-EEG工具库MNE中文教程(4)-MNE中数据结构Evoked及其对象创建》以及上文介绍了Evoked的数据可视化《Python-可视化Evoked数据》。
今天是我们的系统教程《R语言从入门到精通》的第一讲，前面的背景讲解中《从今天开始，每天学点R语言~》，已经深入探讨过R语言的重要性以及学习R语言的必要性，今天我们就按照课表来讲解：如何在自己的PC中安装R语言的运行环境。还没有领取《学习R》书籍教材的同学，赶紧联系文末的客服小姐姐吧~
Hiplot 项目发起于 2019 年，是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统（生物医学为主）。截至目前，该网站已提供超过 230+余个在线可视化分析功能，涵盖了基础科研绘图、组学可视化和部分临床模型可视化功能。总的注册用户已超过 2 万 5 千人，总访问量超过 300 万次，每日任务数已超 4000 余次。
随着科学技术的进步，对于科学数据的分析和可视化呈现需求越来越高。而Origin软件是一款功能强大、易于操作的科学数据分析与绘图软件。本文旨在探讨Origin软件的基本功能、特点及其在科学研究中的应用，以期为相关领域的工作者提供参考和借鉴。
如果是想通过培训掌握生物信息学，那么可以参考：彻底入门生物信息学，可能需要12天！ 推文介绍的。
人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装。如今做科研不仅只需要会做实验，如何将成果美美地展示出来也是一门需要培养的技能。科研海报、项目PPT、论文插图、通路图……这些直接刺激人感官的展示都可以帮助升华我们的科研内容。
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