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    全长转录组 | 三代全长转录组分析流程(PacBio & ONT )-- IsoQuant

    今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant。2023年1月2日,康奈尔大学医学院Hagen U. Tilgner团队和圣彼得堡国立大学Andrey D. Prjibelski团队合作在Nature Biotechnology(NBT)杂志发表题为 “Accurate isoform discovery with IsoQuant using long reads” 的文章 (图1)。作者开发了 IsoQuant -- 一款使用内含子图(intron graphs)的计算工具,在有参考基因组注释或者无参的情况下能够利用长度长序列准确重构转录本。对于新的转录本发现,IsoQuant 使Oxford Nanopore(ONT)数据在有参或无参模式下的假阳性率分别降低了5倍和2.5倍。IsoQuant 同时也提高了Pacific Biosciences数据的性能。

    01

    全长转录组 | 三代全长转录之circRNA(ONT )-- CIRI-long

    目前研究表明,在生物体内,circRNA主要通过其序列特征,发挥miRNA海绵、RNA-binding proteins (RBPs)海绵以及翻译短肽等生物学功能(1-2)。因此,确定其的全长序列,是进行circRNA功能研究的重要基础。由于目前对于circRNA的研究多采用二代测序的方法,而circRNA的内部序列与线性mRNA分子高度相似,单纯通过算法(识别反向剪切位点)很难区分来自环形RNA和线性RNA分子的读段,以及确定全长circRNA内部组成。近期的研究中利用了长读长测序技术,对circRNA的全长重构进行了尝试(3-4)。因此,目前研究方法对于circRNA结构的识别能力主要被二代测序的读长所限制,对于长度较长(>500bp)的circRNA分子,仍然缺少有效的全长重构手段。

    02

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