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    分子对接—蛋白分子和小分子配体

    分子对接—蛋白分子和小分子配体记录下蛋白分子和小分子配体之间的分子对接,以HSP90AA1蛋白和川陈皮素为例1 蛋白结构下载Uniprot数据库中检索HSP90AA1蛋白(物种:人类)。...挑选最佳构象AF-P07900-F1(AlphaFold预测),下载其PDB格式文件;pubchem数据库中搜索川陈皮素(Nobiletin),获得其小分子结构的sdf格式文件。...pymol对 HSP90AA1蛋白结构进行删除水分子、删除无关配体或小分子等操作,重新输出文件为rep.pdbqt(一般下载的是AlphaFold预测的结构的话,不需要这个步骤,这里也做下);使用pymol...记得保存口袋盒子的坐标,输出为grid.gpf格式sup/rep.pdbsup/lig.mol2sup/rep.pdbqtsup/lig.pdbqtsup/grid.gpf3 分子对接使用AutoDock...Vina对上述文件进行分子对接。

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    【科普向】纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行:从π的355113近似说起

    本文提供了python计算最接近π的分数的程序与说明,阅读仅需5min。 直接正文 提起中国古代的数学成就,都会想起南北朝时期的祖冲之。...很明显,因为这个分母过大,且不容易记住。 355/113这个分数的分母足够小,且记起来非常简单,113355,从中间切开,一半放在分母,一半放在分子就行了。...我们知道,如果给定了一个数字作为分母,那么它一定会有一个最接近于π的分子,比如分母是7,那么以7为分母的一系列分数中,我们可以找到最接近于π的那一个。...因为π首先介于3和4之间,所以分子的大小范围控制在3*7和4*7之间,略微减少不必要的计算: 以下开始用python代码进行计算 首先,我们需要获取比较准确的π近似值,这里导入math函数: import...估计是用python算的吧。这是至今仍困惑着数学家的一个谜。

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    Python计算电场中两点间的电势差

    参考代码: 前天有奖答题内容: 1000道Python题库系列分享14(1道代码阅读题) 参考答案: 该问题功能为求解在n个物品中任选i个物品有多少种选法,也就是组合数C(n,i)。...根据组合数定义,需要计算3个数的阶乘,在很多编程语言中都很难直接使用整型变量表示大数的阶乘结果,虽然Python并不存在这个问题,但是计算大数的阶乘仍需要相当多的时间。...文中代码提供了另一种计算方法,也就是通过展开组合数定义然后进行约分来减少计算量:以Cni(8,3)为例,按定义式展开如下,对于(5,8]区间的数,分子上出现一次而分母上没出现;(3,5]区间的数在分子、...分母上各出现一次;[1,3]区间的数分子上出现一次而分母上出现两次。

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    用python求圆周率

    1 问题 如何用python代码求圆周率。 2 方法 让所用公式等式右边分子都为1,分母为递增数列,从第一项开始,奇数项符号为正,偶数项符号为负。...等式右边的分母越大,越小,圆周率π计算的值越精确 代码清单 1 from math import fabs           from time import perf_counter   def Bar...= eval(input('计算Pi精确到小数点后几位数:')) print('\n{:=^70}'.format('计算开始')) a,b,pi,tmp = 1,1,0,1 i = 0 ''' a 分子... |  b 分母  |  pi 圆周率 tmp 存储a/b的值    |  i  执行进度 ''' perf_counter()       while (fabs(tmp) >= pow(10,-level...        print('\n{:=^70}'.format('计算完成')) print('\nPi的计算值为:{}'.format(round(pi*4,level)) 3 结语 针对如何利用python

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    机器学习(15)之支持向量机原理(一)线性支持向量机

    回顾感知机模型 在(机器学习(7)之感知机python实现)中,讲到了感知机的分类原理,感知机的模型就是尝试找到一条直线,能够把二元数据隔离开。...当和w和b成比例的增加,比如,当分子的和w和b扩大N倍时,分母的L2范数也会扩大N倍。也就是说,分子和分母有固定的倍数关系。...那么我们可以固定分子或者分母为1,然后求另一个即分子自己或者分母的倒数的最小化作为损失函数,这样可以简化我们的损失函数。...在感知机模型中,我们采用的是保留分子,固定分母||w||2=1,即最终感知机模型的损失函数为: ? 如果我们不是固定分母,改为固定分子,作为分类模型有没有改进呢?...可以看出,这个感知机的优化方式不同,感知机是固定分母优化分子,而SVM是固定分子优化分母,同时加上了支持向量的限制。由于1||w||2的最大化等同于12||w||22的最小化。

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    Python使用贪心算法分解古埃及分数

    ============== 版权声明:由于公众号后台规则问题,本文暂时无法设置原创标记,但仍属原创内容,微信公众号“Python小屋”坚持只发原创技术文章。...============= 问题描述: 传说古埃及人只使用整数和分子为1的真分数,需要表示其他分数时就使用整数和若干分子为1的分数之和。...同一个真分数有多种等价的表示形式,要求得到的分数最少,也就是每个分数的分母尽可能小。 假设分数为a/b,其中a<b且a和b的最大公约数为1,则有 b=a*c+d 其中c=b//a和d=b%a分子和分母,首先对分数a/b进行约分,然后按照上面描述的算法进行分解,分解过程中进行必要的约分。最终返回分解结果字符串。

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    python模拟狙击手射击恐怖分子

    场景需求 闹市中,有一个恐怖分子手持菜刀劫持了一个人质,狙击手接到命令,必须将恐怖分子击毙,这整个流程用python模拟实现,且必须用面向对象的方式来写。...分解需求 假设将狙击手击毙恐怖分子流程分解为:狙击手将子弹装入弹夹,将弹夹装入狙击枪,拿枪对准恐怖分子,扣动扳机,恐怖分子玩完。...用面向对象的思维来提取这个流程中的对象,分别为: 狙击手 恐怖分子 枪 弹夹 子弹 当然,你也可以将人质,恐怖分子持的菜刀这些作为对象,不过作为模拟示例,粒度没必要过细 ?...if __name__ == '__main__': main() 执行结果为: 弹夹能装15颗子弹,当前有6颗子弹 枪的信息为:狙击步枪, 弹夹能装15颗子弹,当前有6颗子弹 狙击手拿起枪 python...:狙击手发起射击,弹夹弹出最上面的一颗子弹,子弹射向恐怖分子,恐怖分子玩完 整个射击的动作将所有类都调动起来了 #_*_coding:utf8_*_ class Person(object):

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    机器学习与统计学:R方代表什么?和P值的关系是什么?

    上图中分母和分子的左侧从数字上,可以理解为样本点到均值线的差平方和。分子的右侧代表预测结果与样本均值差的平方和。...根据图像,我们其实可以将: 分子理解成: 样本标签本身的var - 将模型结果纳入考量后的var 分母理解成: 不考虑预测结果,样本标签本身的var 如果我们的拟合曲线与模型均值相同,那么我们的 =0...从上面的式子也看得出,这是一个分子大分母就小,分子小分母就大的式子,我甚至觉得长得有点像odds.... 那么这个式子又怎么得到我们的P值呢?...我们可以古典查表法,当然实务肯定也是用Python模块计算 import numpy as np from scipy.stats import chi2_contingency, fisher_exact

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    力扣刷题之分数加减运算(每日一题727)

    输入和输出分数格式均为 ±分子/分母。如果输入的第一个分数或者输出的分数是正数,则 ‘+’ 会被省略掉。 输入只包含合法的最简分数,每个分数的分子与分母的范围是 [1,10]。...分子与分母的范围需要注意是[1,10]。 输出要求最简,并且如果是负数的话要给出符号,反之不给。 这里面需要注意一些细节。 今天的一种解题方法,思路就是去分别计算每个分数的分子和分母。...我们可以去初始化分子分母,那就是分子为0,分母为1。后面我们会获取输入的字符串的分子和分母,然后利用公式去计算。 每次获取下一个分数后,我们就想办法把其加到我们的当然分数上,一次。...新的分子的计算就是两分子分别乘以分母最小公倍数,然后再除以各自的分母所得的值相加,自己可以列个数学式子比划一下就明白了。 然后这样所得的值作为当前得分子和分母,继续遍历相加。一样的道理。...这次是求分母和分子的最大公约数,这里要注意分子的符号,我们这里是不要符号的,符号的最终我们用之前的符号的标记变量。

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