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python中的K-medoids (Pyclustering)

K-medoids是一种聚类算法,用于将相似的数据点分组成簇。它是K-means算法的一种变体,不同之处在于K-medoids选择每个簇的代表点时,是从数据集中选择实际存在的点作为中心,而不是简单地计算簇的均值。

K-medoids算法的主要步骤如下:

  1. 初始化:随机选择K个数据点作为初始的簇中心。
  2. 分配:将每个数据点分配给距离其最近的簇中心。
  3. 更新:对于每个簇,计算所有数据点到其中心的总距离,并选择具有最小总距离的数据点作为新的簇中心。
  4. 重复步骤2和步骤3,直到簇中心不再改变或达到预定的迭代次数。

K-medoids算法的优势在于它能够处理噪声和离群点,并且对于非凸形状的簇也能够较好地进行聚类。它适用于各种领域的数据分析和模式识别任务。

对于使用Python的开发工程师来说,可以使用Pyclustering库来实现K-medoids算法。Pyclustering是一个开源的聚类分析和数据挖掘库,提供了多种聚类算法的实现,包括K-medoids。

以下是Pyclustering库中实现K-medoids的相关链接和示例代码:

  1. Pyclustering官方网站:https://pyclustering.github.io/
  2. K-medoids在Pyclustering中的文档:https://pyclustering.github.io/docs/0.10.1/html/d7/d0d/classpyclustering_1_1cluster_1_1kmedoids_1_1kmedoids.html

以下是使用Pyclustering库实现K-medoids算法的示例代码:

代码语言:txt
复制
from pyclustering.cluster.kmedoids import kmedoids
from pyclustering.cluster import cluster_visualizer
from pyclustering.utils import read_sample

# 加载数据样本
data = read_sample("data.csv")

# 创建K-medoids算法实例,其中K为簇的个数
kmedoids_instance = kmedoids(data, [3, 10, 15])

# 运行K-medoids算法
kmedoids_instance.process()

# 获取结果簇及其对应的中心点
clusters = kmedoids_instance.get_clusters()
medoids = kmedoids_instance.get_medoids()

# 可视化聚类结果
visualizer = cluster_visualizer()
visualizer.append_clusters(clusters, data)
visualizer.show()

上述示例代码中,首先从"data.csv"文件中加载数据样本,然后创建K-medoids算法实例,并设置簇的个数为3,10和15。接下来运行算法,获取结果簇及其对应的中心点。最后,使用可视化工具展示聚类结果。

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