我正在尝试编写一个规则，它从不同的目录中获取两个文件，并将规则的输出放到与下面的文件结构相同的目录中： dir1 file2.clean.vcf file1.output.vcf到目前为止，我已经尝试使用}/{name}.clean.vcf", dir=DIR, name=NAME)
outp
浏览 2提问于2018-05-18得票数 2
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我是Python新手，我很想通过下面的Python脚本运行一些文件。
Traceback (most recent call last):File "Filter_Pindel_del_vcf</e
浏览 6提问于2016-05-20得票数 2
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我正在使用vcf python包来解析PyVCF文件。这是读取vcf文件的命令：在下行之前，我想检查一下vcf_reader中是否有数据，即file.vcf中是否有记录对不起，我真的是python的新手，我才刚刚开始，我试着在google上寻找它，但没有成功。
谢谢。
浏览 0提问于2015-04-24得票数 2
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我有一堆带有.vcf后缀的文件，逗号分开，包含“如下所示”
"","CHROM","POS","ID","REF","ALT","QUAL","FILTER","INFO","FORMAT","NORMAL
浏览 0提问于2020-01-18得票数 -1
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Traceback (most recent call last): main() sample_names = extract_sample_names(args.filename)
File "vcf2phylip.py", line73, in extract_sampl
浏览 17提问于2022-10-28得票数 -2
/scratch/groups/xxx/xxx/neand_sQTL/filtered_vcf/merged_filtered_chr1.vcf.gzrule mkdir_vcf: directory("gtex_vcf/"), direc
浏览 0提问于2019-09-06得票数 3
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下面是我的代码：# python -m venv ./venv input: expand("{ncbiFiles("sbatch --wait --export=vcf
浏览 0提问于2019-08-16得票数 2
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/opt/anaconda3/lib/python3.8/argparse.py:1768: in parse_args namespace, args = self./opt/anaconda3/lib&
浏览 18提问于2021-09-14得票数 1
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例如，名为1100006_0.vcf或5100164_12.vcf的文件必须分别创建一个名为1100006.vcf和5100164.vcf的文件。你能为我指出正确的方向吗？
浏览 4提问于2020-12-08得票数 1
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all_supercontigs.updated.list" scaf=get_scontigs_names """python 3.7 scripts/update_genomic_reg.py -len genome/genome_contigs_len_cumsum.txt -vcf我想得到的是：*
python 3.7
浏览 0提问于2018-12-19得票数 0
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我已经有了我的python脚本，通过向它传递5个不同的inputfile来生成我想要的输出文件。每个输入文件都位于不同的文件夹中，每个文件夹中都有更多的文件，它们都以"chr“开头，并以扩展名".vcf.gz”结束。因此，我执行的生成一个输出的命令是：
python myscript.py /folder1/chrX.vcf.gz /folder2/chrX.vcf.gz /folder3/chrX.vcf.
浏览 0提问于2013-12-01得票数 1
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我尝试创建一个字符串的实际命令是： absfile = os.path.abspath(file) &#
浏览 1提问于2017-06-13得票数 0
mutation1f3c 40 TCtld3 60 CGscript, vcf_file = argvvcf_reader = vcf.Reader(open(vcf_file, '
浏览 29提问于2017-01-12得票数 0
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\src\test.py", line 10, in <module> File "C:\Users= self.vcfFile.next() c = self.read(readsize)
File "C:\Python</em
浏览 3提问于2013-01-19得票数 2
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import os
snp_directory = r'/home/dir'
##################USAGE: pythontmp_fi
浏览 9提问于2021-06-17得票数 0
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当我要在一个码头映像和os ubuntu18.04中使用坐列库读取一个VCF文件时，我会收到一个错误。这表明但是在VCF文件中格式很好。filedialogfrom scipy.stats import norm
GenomeVariantsInput = allel.read_vc
浏览 14提问于2021-12-17得票数 0
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在第二条规则中，我想从包含bob、clara和tim的vcf文件中选择，只有roder中字典的第一个基因型(即bob)才能在第二个规则bob.dn.vcf中获得输出。rule somerulename: lambda w: d[w.family] vcf="{family}/{family}.vcf" ""&qu
浏览 9提问于2022-02-03得票数 0
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我有一个.vcf文件column2 = poscolumn4 = referencecolumn6 = qual/usr/bin/env pythonvcf=open('/Users/cmdb/Desktop/Lab6_GWAS/variants.vcf', 'r')
还有
浏览 2提问于2016-03-25得票数 0
is.na(VCF0114), !is.na(VCF0118), !is.na(VCF0140a), !is.na(VCF0146), !is.na(VCF0148), !is.na(VCF0301), !is.na(VCF0302), !is.na(VCF0310), VCF0310!=9, !is.na(VCF0703), !is.na(VCF0742), !is.na(VCF
浏览 688提问于2021-04-16得票数 0
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