由于宏基因组样品中可能包含相似物种，拼接结果中可能会存在一部分冗余序列，导致预测出来的基因包含冗余部分，可以通过聚类进行去冗余。...通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类，需要进行 all by all 的比较，例如 orthoMCL，不过这种方法非常耗时。...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。
很明显，有些信息是冗余的，有些是有效信息可以用来分组，但是表型记录太多，看起来会混淆，所以需要去除那些冗余信息，就是在所有样本里面表型记录都一致的列。...然后我发现， 非常多的学员都无从下手，其实就是数据框取子集，我一直强调了3种方法，坐标、列名和逻辑判断，这个时候很明显应该是逻辑判断，就是看看每一列是否是冗余信息。...我们首先判断第一列非冗余元素的个数，下面的代码 length(unique(pd[,1])) 然后对每一列都使用同样的代码，那就是apply技巧： apply(pd, 2, function(x){...这样虽然是判断了每一列的非冗余元素个数，但并不是逻辑值，没办法去用来对数据框取子集。...需要加上一个判断，就是元素个数大于一才保留； apply(pd, 2, function(x){ length(unique(x)) > 1 }) 现在就是依据每一列返回一个逻辑值，这个逻辑值就可以去原始数据框里面进行取子集操作
很多情况下由于内存限制等原因无法将多个样本混合在一起拼接，这样每个样品单独拼接、预测获得的基因集在合并分析时可能会有很多冗余。...要构建多个样品、多个项目的非冗余基因集，需要根据一定的相似度阈值对不同样品的基因序列进行聚类。常用的软件有CD-HIT、MMseqs、Linclust等。...宏基因组多样品的混合组装 Contigs与genes丰度计算 免组装宏基因组群落分析 GraPhlAn物种谱可视化 宏基因组编码基因预测 宏基因组binning: Metabat 宏基因组bins质量评估 宏基因组基因集去冗余...③基于word filter的方法使得使用每个长度的word能够处理的冗余性水平有限，如使用长度为2的word只能够得到相似性在50%以上的序列，长度为3的word只能够得到相似性在66.7%以上的序列类...，默认为2，也即去冗余后还可能会保留有2%的冗余 -d：聚类信息文件中各个聚类组中序列名的长度，默认为20，设为0则将取完整序列名 -s：序列长度差异阈值，默认为0，如果设置0.9较短序列应该达到代表序列长度的
2 去冗余 因为GO条目的分级特性，其富集结果会有冗余，对结果的分析造成影响，其中一个策略是计算两个GO terms之间的语义相似性，去除冗余。
Tuple类型对于Python自身来说是非常重要的数据类型，比如说函数调用，实际上会将顺序传入的参数先组成一个tuple；多返回值也是靠返回一个tuple来实现的。...对程序员来说如果没有什么美学上的追求的话，tuple最大的便利在于它是一个hashable的类型，而且hash算法与值直接对应，这样在Python里很容易用多个值的组合来做key生成一个dict，比如说我们网络里有...Immutable类型不存在Mutable类型的同步问题； 因为不可变，Immutable类型的内存结构设计就少了很多假设性条件，带来的直接好处就是性能优化； Python里只有Immutable类型是...Tuple的使用场景 List跟Tuple使用场景上的一点主要区别 看到好多Python程序员都喜欢第一时间就用List，不管合不合适（当然有时候是需要可修改的）： [['张三', 35], ['陈八'...此外，其实Python中大量运用Tuple。好比上图代码里，在sorted中指定排序顺序的字段。然后再看看person.items()，其结构类似上面的输出，里面同样藏着Tuple结构。
上一次给大家介绍了如何用R语言进行主成分分析，今天介绍的主角也是PCA的好朋友噢，掌声欢迎我们的第二位小伙伴——冗余分析（RDA）。...1 冗余分析 简介 冗余分析（Redundancy Analysis,RDA），是一种回归分析结合主成分分析的排序方法。...还可以可通过names()查看冗余分析输出的对象列表。...4 结语 冗余分析在生物统计中应用较多，概念比较难懂，本文中也只是对RDA做出了一个简短的解释，想进行更深入的学习可以参考下述资料： R语言实现冗余分析完整代码[2] 数量统计学生态笔记||冗余分析[3.../article/details/106267551 [3] 数量统计学生态笔记||冗余分析: https://www.jianshu.com/p/00f69e8bd5ef
老师让把每一次写东西遇到的问题都记录下来，个人觉得很有用，就以此为第一篇博文吧⁄(⁄ ⁄•⁄ω⁄•⁄ ⁄)⁄ 在写K-Means聚类时，对文本分词处理遇到去标点的问题，之前一直使用的是 .translate
用法：命令行python unique.py -f file.txt 输出：去除重复字符后的output.txt # -*- coding:utf-8 -*- #auther_cclarence_2016
Python版本：3.4.1 >>> import re >>> punc = '[,.!\']' >>> data = 'a,b.c!
Weizhong Li团队开发的CD-HIT工具（Cluster Database at High Identity with Tolerance）正是解决这一问题的“神器”，它能以超高的效率完成序列聚类、去冗余和跨数据库比较...cd-hit & cd-hit-est：序列去冗余主力军 • cd-hit：：专攻蛋白质序列聚类（FASTA格式），通过设定相似性阈值（如90%），将高度相似的序列聚类为一组，仅保留代表序列。...例如对RNA-seq数据中的转录本进行去冗余时，它能将同一基因的不同剪接变体合并，显著降低后续差异表达分析的复杂度。 • 特点：速度快、内存占用低，支持多线程和大规模数据集。...• 基因组去冗余：构建非冗余基因组数据库，减少重复序列干扰。...• 低相似度（<40%）聚类需配合PSI-CD-HIT进行多轮迭代 • 处理宏基因组数据时先做质量过滤 • 比较新旧数据库时务必使用*-2d版本 总结 CD-HIT凭借其高效、灵活的特点，成为生物序列去冗余和对比分析的
冗余分析(Redundancy analysis)被广泛应用于物种与环境的关联。该分析假设响应变量在整个梯度上具有相同的连续的线性趋势，但通常真实情况并非如此。...为了克服这一问题，提出了分段冗余分析(piecewise redundancy analysis,pwRDA)。 pwRDA允许将响应和解释变量之间的关系分解为多个部分。
从表面上看，似乎没有看出数据背后可能存在的问题，那接下来就将其读入到Python中，并通过探索的方式发现数据中的问题。 ?...如果发现数据类型不对，如何借助于Python工具实现数据类型的转换呢？可参照如下代码的实现。...需要注意的是，Python中的函数有两种表现形式，一种是常规理解下的函数（语法为func(parameters)，如to_datetime函数），另一种则是“方法”（语法为obj.func(parameters...冗余数据的判断和处理 如上过程是对数据中各变量类型的判断和转换，除此还需要监控表中是否存在“脏”数据，如冗余的重复观测和缺失值等。可以通过duplicated“方法”进行 “脏”数据的识别和处理。...假如读者利用如上的代码在数据集中发现了重复观测，可以使用drop_duplicates“方法”将冗余信息删除。
输入一个图，该图由一个有着N个节点 (节点值不重复1, 2, ..., N) 的树及一条附加的边构成。附加的边的两个顶点包含在1到N中间，这条附加的边不属于树中...
V站笔记 什么是冗余字段？ 在设计数据库时，某一字段属于一个表，但它又同时出现在另一个或多个表，且完全等同于它在其本来所属表的意义表示，那么这个字段就是一个冗余字段。...――以上是我自己给出的定义 冗余字段的存在到底是好还是坏呢？这是一个不好说的问题。可能在有人看来，这是一个很蹩脚的数据库设计。...当然，有利就有弊，这样做的弊端就是，当你尝试更新用户信息时，你必须记得用户信息表里当前被更新的字段中，有哪些是冗余字段，分别属于哪些表，找到他们，然后加入到你的更新程序段中来。...所以，目前要创建一个关系型数据库设计，我们有两种选择： 尽量遵循范式理论的规约，尽可能少的冗余字段，让数据库设计看起来精致、优雅、让人心醉。...合理的加入冗余字段这个润滑剂，减少join，让数据库执行性能更高更快。 选择哪一种呢？如果你是一个美学狂人，并且财大气粗，非要使用第一种方案，也没关系，这种方案的短板并非不可救药的。
高可用设计的核心思想是冗余和故障转移，具体分析下业界比较流行的高可用中间件框架的高可用实现思想。
set可以去重list里的元素为int、float、str、tuple如下,但是不能去重list、set、dict如下： >>> a=[(1,2),(1,2)] >>> set(a) set([(1,
解法一： Python的内置特性 利用python set数据结构的不重复行，转换为set，然后再转为list，一行代码搞定 def uniqList01(data=None): return ...list(set(data)) 解法二： 遍历搜索去重添加 创建一个新列表，遍历旧的列表，先把第一个塞进新列表中，然后判断每一个元素在新列表中是否存在，不存在就塞进去。
基于Python实现视频去重 基本原理 一款基于Python语言的视频去重复程序，它可以根据视频的特征参数，将重复的视频剔除，以减少视频的存储空间。...它的基本原理是：首先利用Python语言对视频文件进行解析，提取视频的特征参数，如帧率、码率等；然后根据特征参数，生成视频的哈希值；最后，将每个视频的哈希值进行对比，如果哈希值相同，则表示视频内容相同，...实现方法 基于Python实现视频去重小工具，需要使用Python语言的一些第三方库，如OpenCV、PIL等。...则表示视频内容相同 if hash_value == other_hash_value: # 剔除重复视频 pass # 释放视频文件 cap.release() 其它视频去重...= os.path.split(i) logger.error(name) def main(): path = popup_get_folder('请选择[视频去重
在之前的一篇文章中，我们介绍了容错系统的八个支柱，今天我们将讨论第一个支柱，即冗余。 冗余是分布式系统中的常用术语。它是指对组件或系统进行复制，以提高整个系统的可靠性和可用性。...因此，必须有适当的冗余，以确保系统即使在一个或多个组件发生故障时也能继续运行。这篇文章深入探讨了这个概念的常见实施策略。 应用冗余 应用程序冗余对于确保分布式系统的高可用性和容错能力至关重要。...网络冗余可以通过各种技术来实现，包括额外的交换机和布线、重复的硬件、多个负载均衡器以及使用多个互联网服务提供商。 地理冗余 地理冗余是分布式系统中冗余原则的重要延伸。...硬件冗余 硬件冗余是分布式系统中冗余的另一个重要方面。...管理复杂性：管理冗余组件需要专门的技能和专业知识。冗余系统的配置、监控和维护需要对细节的一丝不苟和对底层基础设施的深入了解。 测试限制：在实时环境中测试冗余可能具有挑战性。
None: cv2.imwrite(output_filename, dst) return dst 注意 上面的代码要加上这两句 才能显示 原来水印的位置 去水印代码如下
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