在[[11-10x数据导入为seurat对象]] 我们介绍了10x 数据导入seurat。但有时候,获得的数据并非是标准的10x 格式,比如raw 矩阵,该如何解决呢?或者,我们希望以sce 对象处理,毕竟单细胞R 中对象处理,并非seurat 一家独大。来探索一下吧。
版权声明:博主原创文章,微信公众号:素质云笔记,转载请注明来源“素质云博客”,谢谢合作!! https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/83029140
NumPy(Numerical Python) 是 Python 语言的一个扩展程序库,支持大量的维度数组与矩阵运算,此外也针对数组运算提供大量的数学函数库。这种扩展库可以用来存储和处理大型多维矩阵,比Python自身的列表结构要高效很多。
dev_ivec = csvread(‘dev_ivector.csv’) ###csv格式其实就内定了结构体
在我们做机器学习模型的研究或者是学习的时候,在完成了训练之后,有时候会希望能够将相应的参数保存下来。否则的话,如果是在Notebook当中,当Notebook关闭的时候,这些值就丢失了。一般的解决方案是将我们需要的值或者是数组“持久化”,通常的做法是存储在磁盘上。
4. save:类似于matlab中的.mat格式,python也可以保存参数数据,除了保存成csv,json,excel等之外,个人觉得matlab的.mat格式真的很强,啥都可以直接保存~~
使用cv2都进来是一个numpy矩阵,像素值介于0~255,可以使用matplotlib进行展示
在前两篇推文中,我们介绍了使用R语言中ggcorplot相关性矩阵热力图绘制和corrplot!花样更多的出版级相关性矩阵热力图绘制。这期推文我们介绍下Python语言中绘制相关性矩阵热力图的工具包-「BioKit」
这里主要说的是PIL, PIL(Python Image Library)是python的第三方图像处理库,但是由于其强大的功能与众多的使用人数,几乎已经被认为是python官方图像处理库了。其官方主页为:PIL。 PIL历史悠久,原来是只支持python2.x的版本的,后来出现了移植到python3的库pillow
numpy对于多维数组的运算在默认情况下并不使用矩阵运算,进行矩阵运算可以通过matrix对象或者矩阵函数来进行;
首先我们谈谈MarkDown编辑器,我感觉些倒是挺方便的,因为用惯了LaTeX,对于MarkDown还是比较容易上手的,但是我发现,MarkDown中有这样几个问题一直没能找到具体的解决方法: 图片大小的问题。在LaTeX中我们可以调整图片的大小,以适应整个文本; 字体,字号大小的设置。在MarkDown里面标题倒是挺大的,但是正文却显得太小,不是很喜欢里面的字体。 主要发现上面两个问题导致编辑出来的文本挺难看。 一、mat文件 mat数据格式是Matlab的数据存储的标准格式。在Ma
先学了R,最近刚刚上手python,所以想着将python和R结合起来互相对比来更好理解python。最好就是一句python,对应写一句R。
首先我们谈谈MarkDown编辑器,我感觉些倒是挺方便的,因为用惯了LaTeX,对于MarkDown还是比较容易上手的,但是我发现,MarkDown中有这样几个问题一直没能找到具体的解决方法:
因为程序是为了实现对纯数值型Excel文档进行导入并生成矩阵,因此有必要对第五列文本值进行删除处理。
今天小编来和大家分享一下Python在图像处理当中的具体应用,那既然是图像处理,那必然要提到opencv模块了,该模块支持与计算机视觉和机器学习相关的众多算法,并且应用领域正在日益扩展,大致有以下几种领域
其中 Gener_mat 函数用于生成一个300*500的矩阵,矩阵大部分值为0,在坐标(20, 20)处有一个40*80的区域,值为1。
版权声明:博主原创文章,微信公众号:素质云笔记,转载请注明来源“素质云博客”,谢谢合作!! https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/52290505
MATLAB一向是理工科学生的必备神器,但随着中美贸易冲突的一再升级,禁售与禁用的阴云也持续笼罩在高等学院的头顶。也许我们都应当考虑更多的途径,来辅助我们的学习和研究工作。 虽然PYTHON和众多模块也属于美国技术的范围,但开源软件的自由度毕竟不是商业软件可比拟的。
在本文中将介绍与我的毕设论文演示案例相关的TensorFlow的一些基础知识,包括张量、计算图、操作、数据类型和维度以及模型的保存,接着在第二部分,本文将介绍演示案例代码中用到的一些TensorFlow 2.0中的高阶API,代码中不会涉及像TensorFlow 1.x版本中的Session等一些较为复杂的东西,所有的代码都是基于高阶API中的tf.keras.models来构建的(具体模型构建使用Sequential按层顺序构建),可以大大的方便读者更好的理解代码。
NumPy(Numerical Python) 是 Python 语言的一个扩展程序库,支持大量的维度数组与矩阵运算,同时对数组运算提供了大量的数学函数库。 Numpy 是一个运行速度非常快的数学库,内部解除了CPython的GIL,运行效率极好,主要用于数组计算,是大量机器学习框架的基础库,NumPy主要包括如下: (1)强大的N维数组对象 ndarray (2)广播功能函数 (3)整合 C/C++/Fortran 代码的工具 (4)线性代数、傅里叶变换、随机数生成等功能。 NumPy 通常与 SciPy(Scientific Python)和 Matplotlib(绘图库)组合使用,用于替代 MatLab。
在上一篇的结尾提到了神经网络的预测函数predict(),说道predict调用了forward函数并进行了输出的解析,输出我们看起来比较方便的值。 神经网络的预测函数predict() 函数和函数的区别相信很容易从名字看出来,那就是输入一个样本得到一个输出和输出一组样本得到一组输出的区别,显然应该是循环调用实现的。所以我们先看一下的代码: 可以在第二个if语句里面看到最主要的内容就是两行: 分别是前面提到的前向传播和输出解析。 前向传播得到最后一层输出层layerout,然后从layerout中提取最
有一个比较大的数据集需要自己处理,在分出训练集和测试集时,如果靠手动实在太麻烦,于是自己写了一段代码。(其实就是在某一路径下的子文件夹里取出符合要求的图片,放到另一个路径的对应文件夹中)
Python 是一种功能强大的编程语言,具有大量的库和模块。其中一个库是 NumPy,它用于数值计算和处理大型多维数组和矩阵。另一个用于Python图像处理的流行库是Pillow,它是Python Imaging Library(PIL)的一个分支。
tensorflow是谷歌开源的人工智能库,有最完善的生态支持。是进行人工智能领域开发和科研的必备工具。本文在windows10下,借助anacondaAnaconda安装和使用,安装tensorflow2.0。
本文简单介绍NumPy模块的两个基本对象ndarray、ufunc,介绍ndarray对象的几种生成方法及如何存取其元素、如何操作矩阵或多维数组、如何进行数据合并与展平等。最后说明通用函数及广播机制。
和xhmm类似,conifer也是一款利用WES的数据来检测CNV的软件。不同的是,xhmm利用PCA算法达到降噪的目的,而conifer则通过SVD奇异值分解的算法来降噪,对应的文章链接如下
由于 ' 和 " 会引起歧义,因此,我们在它前面插入一个\表示这是一个普通字符,不代表字符串的起始,因此,这个字符串又可以表示为
本文将会整合近几年来比较热门的一些文本匹配模型,并以QA_corpus为测试基准,分别进行测试,代码均采用tensorflow进行实现,每个模型均会有理论讲解与代码实现。
本文实例讲述了Python Excel表格创建乘法表。分享给大家供大家参考,具体如下:
很早之前写过pillow中的滤镜处理,当时主要还是利用滤镜公式实现的,今天用矩阵试一下模糊滤镜。
numpy包(模块)几乎总是用于Python中的数值计算。这个软件包为Python提供了高性能的向量、矩阵、张量数据类型。它是在C和Fortran中创建的,因此当计算被矢量化(用矩阵和矢量表示操作)时,性能很高。
与本文相关的图书推荐:《Python大学实用教程》《跟老齐学Python:轻松入门》
当实现一个神经网络的时候,我们需要知道一些非常重要的技术和技巧。例如有一个包含$m$个样本的训练集,你很可能习惯于用一个for循环来遍历训练集中的每个样本,但是当实现一个神经网络的时候,我们通常不直接使用for循环来遍历整个训练集
上次公众号刚刚讲过使用 python 播放音频与录音的方法,接下来我将介绍一下简单的语音分类处理流程。简单主要是指,第一:数据量比较小,主要是考虑到数据量大,花费的时间太长。作为演示,我只选取了六个单词作为分类目标,大约 350M 的音频。实际上,整个数据集包含 30 个单词的分类目标,大约 2GB 的音频。第二 :使用的神经网络比较简单,主要是因为分类目标只有 6 个。如果读者有兴趣的话,可以使用更加复杂的神经网络,这样就可以处理更加复杂的分类任务。第三:为了计算机能够更快地处理数据,我并没有选择直接把原始数据‘’喂“给神经网络,而是借助于提取 mfcc 系数的方法,只保留音频的关键信息,减小了运算量,却没有牺牲太大的准确性。
学习如何用神经网络的思维模式提出机器学习问题、如何使用向量化加速你的模型。 先介绍一些名词 training set (训练集) feature vector(特征向量) classifier(分类器) calculus(微积分) 循环(loop) 数据集(datasets) vectorization (向量化) matrix(矩阵) vector(向量) 本周用到的一些符号【Notation】 (x,y)表示一个单独的样本 x是xn维的特征向量 标签y值为0/1 训练集由m个训练样本构成 (x^
NumPy 最重要的一个特点是其 N 维数组对象 ndarray,它是一系列同类型数据的集合,以 0 下标为开始进行集合中元素的索引。
PyTorch 的构建者表明,Pytorch 的哲学是解决当务之急,也就是说即时构建和运行我们的计算图。这恰好适合 Python 的编程理念,一边定义就可以在 Jupyter Notebook 一边运行,因此,PyTorch 的工作流程非常接近于 Python 的科学计算库 NumPy。
NumPy(Numerical Python)是一个开源的 Python 库,几乎在每个科学和工程领域中都被使用。它是 Python 中处理数值数据的通用标准,在科学 Python 和 PyData 生态系统的核心地位不可撼动。NumPy 的用户包括从初学者程序员到经验丰富的从事最前沿的科学和工业研究与开发的研究人员。NumPy API 在 Pandas、SciPy、Matplotlib、scikit-learn、scikit-image 和大多数其他数据科学和科学 Python 软件包中得到广泛应用。
总篇链接:https://laoshifu.blog.csdn.net/article/details/134906408
想做的是这么一个东西:识别视频(或者摄像头获得的实时视频)中的人脸,并判断是谁(因为数据采集的原因,找了身边的5个朋友采集了一些数据),如果不是这几个人,标记为其他人。 功能上其实比较简单,主要是想体会一下这整个过程,做下来还是有很多值得注意的地方的。大致框架也比较简单:
西顾博客 NumPy 是 Python 在科学计算领域取得成功的关键之一,如果你想通过 Python 学习数据科学或者机器学习,就必须学习 NumPy。我认为 NumPy 的功能很强大,而且入门也不难。 数组基础 创建数组 NumPy 的核心是数组(arrays)。具体来说是多维数组(ndarrays),但是我们不用管这些。通过这些数组,我们能以闪电般的速度使用像向量和数学矩阵之类的功能。赶紧捡起你的线性代数吧!(只是开玩笑,其实并不需要很多复杂的数学知识) #!/usr/bin/env python# -
主成分分析(principal component analysis,简称PCA)是一种经典且简单的机器学习算法,其主要目的是用较少的变量去解释原来资料中的大部分变异,期望能将现有的众多相关性很高的变量转化为彼此互相独立的变量,并从中选取少于原始变量数目且能解释大部分资料变异情况的若干新变量,达到降维的目的,下面我们先对PCA算法的思想和原理进行推导: 主成分即为我们通过原始变量的线性组合得到的新变量,这里假设xi(i=1,2,...,p)为原始变量,yi(i=1,2,...,p)为主成分,他们之间的关系
NumPy 是 Python 在科学计算领域取得成功的关键之一,如果你想通过 Python 学习数据科学或者机器学习,就必须学习 NumPy。我认为 NumPy 的功能很强大,而且入门也不难。 数组基础 创建数组 NumPy 的核心是数组(arrays)。具体来说是多维数组(ndarrays),但是我们不用管这些。通过这些数组,我们能以闪电般的速度使用像向量和数学矩阵之类的功能。赶紧捡起你的线性代数吧!(只是开玩笑,其实并不需要很多复杂的数学知识) #!/usr/bin/env python # -*- c
主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)是最常用的一种降维方法,通常用于高维数据集的探索与可视化,还可以用作数据压缩和预处理等。矩阵的主成分就是其协方差矩阵对应的特征向量,按照对应的特征值大小进行排序,最大的特征值就是第一主成分,其次是第二主成分,以此类推。
平常写程序,很多代码一直重用,尤其是各种转换,文字到图片,图片到视频,视频到图片,读取文件,保存图片,json 到 word,json 到 excel ,json到 db...总之你想的基本上都有。
这道题是用等概率的 Rand7()([1, 7])产生等概率的 Rand10()([1, 10])。
这里结合上一篇博文的数据来讲怎么方便的载入.txt文件到一个数组,数据如下所示:
Python 是一种功能强大、灵活且易于学习的编程语言。它是许多专业人士、爱好者和科学家的首选编程语言。Python 的强大之处来自其庞大的软件包生态系统和友好的社区,以及其与编译扩展模块无缝通信的能力。这意味着 Python 非常适合解决各种问题,特别是数学问题。
PIL(Python Imaging Library,图像处理库)提供了通用的图像处理功能,以及大量有用的基本图像操作。PIL库已经集成在Anaconda库中,推荐使用Anaconda,简单方便,常用库都已经集成。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云