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我正在尝试将基于k-means的聚类算法的结果显示为pheatmap。为此，我使用这里建议的过程：我的另一个想法是将cluster-column作为单独的颜色添加到热图中。然而，我需要使用另一种配色方案，而不是热图的其余部分，
浏览 1提问于2012-04-24得票数 2
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在绘制注释时，并不是所有的集群都显示出来(8个集群中只有4个)。我如何解决它，并看到所有的颜色与他们的名字？谢谢!
chosen_k = 4
myannotation =rainbow(chosen_k,alpha =
浏览 6提问于2022-05-11得票数 0
有没有一种方法可以使用heatmaply包中使用的树状图聚类方法，并将其应用于pheatmap包生成的热图？基本上与这里提出的问题相反：Clustering in pheatmap and heatmaply R packages 当我在pheatmap上使用heatmaply时，我通常会看到我的数据集群效果更好对于我来说，heatmaply::ggheatmap函数不能正常工作，因为我有col_side_colors，并且注释妨碍了树状图。它看起来就是很乱。所以我改用pheatmap。
浏览 52提问于2020-07-15得票数 1
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因此，我试图在R中用pheatmap函数创建一个相当热的映射。 annotation <- data.frame(Var1 = factor(cutree(clustering, k = 4))
heat_chem <- pheatmap
浏览 2提问于2015-09-17得票数 0
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我正在使用hclust在266个观察值中寻找集群。所有的变量都是绝对的。我正在尝试创建从daisy函数创建的相异矩阵的热图，以可视化集群内的相似性。我的问题的第二部分是，是否有一种方法可以对热图进行重新排序，使每个集群在热图上清晰地加下划线。
浏览 2提问于2019-09-09得票数 0
我使用存储在单细胞实验分析中的单细胞RNA-seq数据，使用R中的pheatmap对~ 11.3000个表达基因(而不是聚类样本)进行层次聚类，以显示数据的异质性。sessionInfo() R版本3.4.1 (2017-06-30)平台: i386-w64-mingw32/i386 (32位)运行环境: Windows >= 8 x64 (build 9200) pheatmap_1.0.8gpar(lwd = 0.5)
pheatmap(assay(sce.tpm), cellwidth = 10, cel
浏览 5提问于2018-05-22得票数 2
我想从heatmaply为我的交互式热图返回特定数量的集群，就像我可以使用pheatmap和kmeans_k =参数一样。有没有办法用heatmaply做到这一点？library(pheatmap)mat <- as.matrix(mtcars)
mtcars,
border_color = "grey20
浏览 32提问于2021-01-24得票数 1
我已经生成了一个非常整洁的热图，它使用pheatmap包将我的数据分成两组。虽然它不是完全干净的，但根据我的情况，这两个树状图很大程度上将我的样本分为两个不同的组。现在，我想要将这90个集合减少到一个更严格的集合，大约20-30个观察点，但仍然希望保留与pheatmap中所示的相同的聚类顺序。有没有办法做到这一点？pheatmap的代码是
pheatmap(mydata[rownames(df.90),],scale="row",clustering_distance_cols = "corr
浏览 0提问于2017-05-05得票数 2
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我试图用R. i中的库pheatmap绘制一个热图，在默认情况下，分支长度与在这一步合并的集群的“不同”成正比。我想碰碰运气，所以它是一个固定的价值，因为就我的目的，它看起来很奇怪！下面是一个示例代码test = matrix(rnorm(6000), 100, 60)干杯!
浏览 3提问于2020-01-13得票数 0
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Test RData：注释： pheatmap(t(pred.MDSC), fontsize=8)但是，如果我随后尝试向其添加注释(使用文件中的annoDF )：
pheatmap(t(pred.MDSC),fontsize=8,labels_col = rownames(anno), show_colnames = TRUE, annotation_col
浏览 4提问于2020-02-11得票数 0
我使用pheatmap处理大量数据。我的目的是对行和列进行聚类，并分析主聚类。我上传数据表并执行热图，如下所示： data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
pheatmap(data运行pheatmap(data)后，如何获取集群对应的元素？我是否必须以一些特定的方式保存结果，并通过其他R包对其进行分析？
浏览 1提问于2015-01-07得票数 4
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假设我有一个简单的矩阵A现在，我的目标是用A绘制一个热图，这样每个数字都被一个颜色字段所代替。怎么做？我试过了但它产生了三条彩色条纹，而不是9个不同的领域。
浏览 6提问于2016-01-07得票数 3
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我注意到corrplot绘制的相关图与pheatmap绘制的不同。因此，我尝试了pheatmap， mtx %>% pheatmap(clustering_method = 'complete') ? 显然，这两个包的集群是不同的。例如，基因RSPO3
浏览 28提问于2021-07-04得票数 0
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我正在绘制一组15个样本，它们集中在A、B、C三组中，热图对它们进行排序，例如C、A、B (我读到这是因为它在右侧绘制了最相似的集群)。我想对集群进行排序，使集群的叶子被看作是A，B，C(因此重新组织了集群分支的顺序。有什么功能能帮我做到这一点吗？我所用的代码： color = colorRampPalette(c("bluecluster_cols=FAL
浏览 0提问于2019-07-03得票数 3
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我想用这三组来注释这个情节，然后在每个组中对数据进行聚类，以了解它们之间的差异。 scale="none"
浏览 2提问于2020-09-17得票数 1
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我喜欢这个软件，但我想从它中得到与我使用的pheatmap包相同的集群(行和列的排序)。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：pheatmap (scale (mtcars))
有办法这样做吗？提前谢谢。
浏览 6提问于2020-05-21得票数 0
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Pheatmap注释行
、、、、
/e”then call this with pheatmap (annotation_row = df)...png
1
As an example of the above:
I want to add the annotation row labelling to a pheatmapIt appears from the tutorial here: https://towardsdatasci
浏览 12提问于2022-07-16得票数 1
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我可以将折叠变化放在热图中，但希望只用基因家族注释行(在热图的右侧)，同时在整个热图上进行K均值聚类(生成5个聚类)。这在ComplexHeatmap中是可能的吗？
浏览 22提问于2020-09-25得票数 1
1回答
我用{pheatmap}创建了一个基于层次聚类的具有相应树状图的热图。我想改变树叶在树状图中的顺序，手动的，基于我所看到的视觉。第二，任何关于如何改变叶序的建议都将不胜感激！具有虹膜数据的可复制示例：pheatmap(iris[1:4], cutree_cols = 3)
浏览 12提问于2022-09-27得票数 1
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我刚刚开始学习网格和grob，我想我知道问题是什么: pheatmap是一个网格对象，包含grob对象，不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗？我是否需要以某种方式将qplot放在一个网格中，将pheatmap放在一个网格中，然后将这些网格放入一个新的网格？library(grid)library(pheatmap)hmdat=rbind(c(1,2,3),c(3,4,5),hm=pheatmap<
浏览 21提问于2016-09-20得票数 10
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