我有一个简单的数据库，有三种节点(t:转录本，f:蛋白质家族和g:基因)。关系有两种类型：PFAM_MRNA (T)->(F)和Parent (t)-p->(g)。{ID:'PF0752'})<-[r:PFAM_MRNA]-(t:transcript{Name:'t1'})
(f:PFAM{ID:'PF0752'})<-[r:PFAM_MRNA]-(t:transcript{Name:'t2'}
浏览 3提问于2015-06-03得票数 1
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我有一个表，看起来是这样的：和我想删除在相同的蛋白质添加代码下同时具有'Pfam‘和'SMART’分析的行。同时，我想保存只包含“Pfam”分析而不包含“SMART”的条目。if (df_filtered['analysis']=='Pfam')&(df_filtered['analysis']=='SMART'):
df_filtered.drop(index=df_filtered[df_filtered['an
浏览 0提问于2022-09-29得票数 0
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我有一个包含16列的数据库。在第16栏中，我有以下案文：res = sqldf("
SELECT SUBSTRING(v16, CHARINDEX("Pfam_domain:",v16)+1, 10000), C
浏览 3提问于2015-03-05得票数 0
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tcsh$ hmmscan --domtblout FILEOUTPUT Pfam-A.hmm query.fastaHow我能把FILEOUTPUT我已经尝试过这样的东西(最终导致错误或创建了文件)：tcsh$ hmmscan --domtblout >(mypipe) Pfam-A.h
浏览 0提问于2018-10-22得票数 5
当我在以下数据库()上尝试此语句时， SET uniprot.auto_architecture = uniprot_architecture.auto_architectureINNER JOIN我得到了与INNER JOIN相关的错误，应该是WHERE。
浏览 0提问于2017-11-19得票数 12
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在第一栏中，第2至第5栏中有多个注释： aly15270X1 Pfam PF13923aly1603X45 Pfam PF01509 IPR002501 GO:0006396 Tni22G01870 Pfam PF02779 IPR005475
浏览 0提问于2021-09-16得票数 1
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如下所示： ['CAA46951&Homeodomain-like&165:252&S&#CD5B45&NULL&SCOP&Y&433&'],
['5330400P12&WD domain, G-beta repeat&131:168&
浏览 0提问于2012-05-22得票数 1
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u'acetylation': [], u'end': 764, u'start': 279},
{u'e-val': 0.0012,u&#
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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/PFAM2GO.txt > ${i}_PFAM+GO.txt问题是，很明显，最后的文件名也包含原始文件扩展名，即GO_*.txt_PFAM+GO.txt。现在，我只想要GO_*_PFAM+GO.txt。是否有一种方法可以修改${i}以取消.txt，而不必在之后执行rename或mv？
注意：-- *部件具有可变长度。
浏览 4提问于2016-05-31得票数 1
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fileAddress,'rb') as f: for lcn in root.xpath("/protein/match[@dbname='PFAM']/lcn"):#find dbname =PFAM
start = int(lcn.get("start"))#if it is PFAM then look for startva
浏览 1提问于2012-07-13得票数 3
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我正在使用HMMER 3.0 (具体地说是hmmalign)将整个人类蛋白质组与Pfam文件进行比对。我获得了蛋白质组和Pfam文件，并使用以下命令下载了文件Pfam-A.hmm.gz：Error: HMM file Pfam-A.hmm does not contain just one HMM
浏览 2提问于2018-02-01得票数 0
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我的文件中的文本由多行组成，如下所示： AC_peg_0001__lcl_|CP000251.1_prot_ABC79779.1_1_[locus_tag=Adeh_0001]_[db_xref=InterPro:IPR001957,InterPro:IPR003593,InterPro:IPR013159,InterPro:IPR013317]_[protein=chromosomal_replication_initiator_protein_DnaA]_[protein_id=ABC79779.1]_[location=22..1395]_[gbkey=CDS] DnaA_N Bac
浏览 4提问于2020-10-14得票数 0
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我有一个FamilyInstance pFam和一个Autodesk.Revit.DB.View pView。我想知道pFam在pView中是否可见。我试过用 continue;
不幸的是，这只是告诉我是否应该隐藏元素，但事实并非如此。
浏览 5提问于2017-05-16得票数 1
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我有一个很长的文本文件，部分文件内容如下所示，
[{"site":"1a2v_1","pfam":"Cu_amine_oxid","uniprot":"P12807"},{"site":"1a2v_2","pfam":"Cu_amine_oxid","uniprot":"P12807"},{"site"
浏览 0提问于2021-06-15得票数 1
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print Data
smart00895-FCD 215 37.985866pfam07729-FCD 202 35.689046我想添加一个新的列classification
cd05233-SDR_c 237 41.872792
浏览 4提问于2016-12-23得票数 0
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我的意见如下：pak_c20797_g1_i1|m.3458 ProDom pak_c28265_g1_i3|m.9595 TIGRFAM . .我想要这样的输出：pak_c28265_g1_i3|m.9595 T
浏览 0提问于2015-12-20得票数 1
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Python代码(pfam_picloud.py)#run="run_pfam.bat"import osimport, shell=0)bash文件(run_pfam.bat)
#!/pfam_pi.exe pfam_input
浏览 2提问于2013-02-26得票数 2
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我想使用python和pandas将这个表http://pfam.xfam.org/family/PF00018#tabview=tab9解压到一个csv文件中。我试过了： import requestshtml
浏览 8提问于2020-12-28得票数 0
我想从文件的每一行提取Pfam_A信息： item_1 ID=HJNANFJJ_180142;inference=ab initio prediction:Prodigal_v2.6.3;locus_tagprediction:Prodigal_v2.6.3;locus_tag=HJNANFJJ_87662;partial=10;product=unannotated protein;KEGG=K15725;Pfam_Aprediction:Prodigal_v2.6.3;locus_tag=HJNANFJJ_328505;partial=11;pro
浏览 22提问于2020-07-08得票数 0
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fname,'rb') as f: for lcn in root.xpath("/protein/match[@dbname='PFAM']/lcn"):#find dbname =PFAM start = int(lcn.get("start"))#if it is PFAMthen lo
浏览 0提问于2012-07-13得票数 1
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