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因此，我对蜥蜴和蛇做了一些MDS和PCOA分析，以获得显着的结果。无论如何，我想绘制: MDS 2-PCOA 1关系和我只想要两种关系的点，没有线，但不同颜色的点，以显示哪种关系。任何帮助都是最好的！谢谢。
浏览 0提问于2020-08-20得票数 0
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图(主坐标分析)。<- cmdscale(dat.db, eig = TRUE, k = 3)explainvar2 <- round(dat.pcoa$eig[2] / sum(dat.pcoa$eig), 3) * 100
explainvar3 <- round(dat.pcoaPlot Parameter
浏览 3提问于2017-03-09得票数 2
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我被建议对我的数据运行一个PCoA (主坐标分析)。我用纯素和猿猴包装来做的。这是我将csv文件加载到r中后的代码，我称之为数据。#data.dis<-vegdist(data,method="gower",na.rm=TRUE)然后我被告知从pcoa数据中提取向量，所以然后它返回了132行值，但是20列值(例如从Axis 1到Axis 20)。我的另一个问题是
浏览 3提问于2019-02-25得票数 0
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我有5x14的数据矩阵。我在用MDS获取感知图。我可以正确地做MDS并得到结果。我使用的代码如下：ads.dis<-dist(perp)x <- perp_mds$points[,1]plot(x,y, xlab = &
浏览 0提问于2011-07-07得票数 2
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我试图绘制PCoA分析的结果。现在，我正在尝试R基本情节，我可能会搬到ggplot2。pcoa_final <- pcoa_sqrt$points
spp_pcoa <- envf
浏览 2提问于2020-11-04得票数 0
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素食者R中的“betadisper”函数根据距离计算一组位点的多元离散度。dis <- vegdist(correct_tree_data)groups <- factor(c(rep(1,144), rep(2,49), rep(3,121), rep(4,81), rep(5,81), rep(6,81), rep(7,36), rep(8,289), rep(9,324), rep(10,225), rep(11,256), rep(12,225
浏览 4提问于2016-07-04得票数 0
有关默认函数的详细信息，请参见js_PCoA()。字符串表示目前接受pcoa (或大写变体)、mmds (或大写变体)和tsne (或大写变体)，如果为后两者安装了sklearn包。mds='pcoa'，mds='mmds'，mds='tsne'？
谢谢!
浏览 7提问于2018-06-19得票数 2
)tmp = rename(pnt_centroids, c("PCoA1" = "PCoA1_ctr", "PCoA2" =
浏览 22提问于2017-08-09得票数 1
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如何用约束因子预置PCoA
、、、、
我使用以下代码执行了以下PCoA：spe.braysq.pcoa <- pcoa(sqrt(spe.dist))但是，我现在想要执行受约束的PCoA。
浏览 2提问于2022-10-19得票数 0
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library(vegan)
ordiellipse(jac_pcoa, groups = pcoa_grps, lwd = 2) kind
浏览 3提问于2022-03-28得票数 0
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所以我有了数据：3.2601 0.5313 0.1950 0.1174 0.0688 0.0494
并且想要转换成体积
浏览 2提问于2011-09-16得票数 1
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在主坐标分析(PCoA)中，我有一个关于复特征值的问题。任何帮助都非常感谢！的目的：在系统发育距离矩阵上执行PCoA，->在回归模型中包含排序轴，以解释植物物种间的系统发育相关性(n = 1013种)。问题：错误消息，指示在执行PCoA时生成复杂的特征值(如果我正确理解错误的话)。我在默认设置中使用了ape::pcoa() (ape版本5.4.1)。有趣的是，如果我使用PCoA执行stats::cmdscale() (stats版本3.6.3)，就不会收到任何错误消息。此外，我最近
浏览 3提问于2021-04-12得票数 2
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我有一个距离矩阵(加权的UniFrac距离)，我想用R来执行PCoA分析。 距离矩阵： ?
浏览 58提问于2019-09-27得票数 0
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我正在尝试通过在R中制作一个双图来可视化PCoA{ape}的结果。轴现在得到默认标签轴1和轴2，但我想编辑这个。这是我尝试过的代码： xlabs="PC10.00000), ncol=10)
ntnames <- c("A","B","C","D"
浏览 1提问于2016-05-29得票数 2
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数据不是公认的冲积物形式。
、、、、
其思想是在x轴上有3个变量，对应于PCA、PCoA和PLN模型。5 1 6 PLNPCA7 3 5 PLNPCA9 1 8 PCoA10 2 4 PCoA12 4 4 PCoA", header = TRUE)
以下是我
浏览 4提问于2022-04-26得票数 1
我正在尝试修改一个用于生成PCoA图的脚本，以包含质心和“蜘蛛”(将每个样本数据点连接到质心的线段)。与所附图片类似。：p.pcoa.wuniRM <- plot_ordination(ps2.prev_RM, ord.pcoa.wuniRM, color = "Location", axes= c(4,5)) + labs(title = "PCoA of w
浏览 3提问于2021-01-23得票数 0
我正在研究skbio's PCoA方法的attributes (如下所列)。m) distance measurePCoA= skbio.stats.ordination.pcoa(DM_dist)
浏览 9提问于2016-07-15得票数 4
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我正在学习如何做PCoA，但是当我测试metaMDS时，结果是不同的。我以为MDS是PCoA的，而NMDS不是，上面的样本意味着metaMDS可以同时做MDS和NMDS吗？
浏览 1提问于2015-12-22得票数 0
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