conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(这里的常用不代表你常用 微笑.jpg),miniconda则是精简版,需要啥装啥,所以推荐使用miniconda。
--第四步(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,其实安装软件很复杂,甚至有专门的一门课来讲这个,今天这里仅是入门操作。
清华源地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
Conda用于管理Python的软件包,功能强大,涵盖许多领域。在生信领域,应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。
Linux操作系统为32位的 要下载armv7结尾的.sh文件,但是Miniconda对armv7的支持版本已经很古老了,在创建虚拟环境Python3.7以上貌似都会出现问题,勉强支持到Python3.4版本左右,而且官方的作者对armv7结尾的.sh文件已经停更很久了,不建议安装使用,推荐树莓派安装64位的Linux。
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh
=》进入: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 你会看到linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda
在地球科学领域也得到了广泛应用,尤其是地球科学数据处理和可视化方面,比如地球科学数据分析和可视化库Iris,应用于数值模式数据处理的wrf-python,气候数据处理库CDAT以及地球科学可视化库NCL的Python版PyNGL。
Linux的应用商店—CONDA 在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看
-添加镜像源:conda config -add conda config --show
在服务器使用 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 命令下载
意思为建立一个名字为rnaseq的conda环境,指定pathon版本为3,安装fastqc\trimmomatic这两个软件。
我们在安装完conda后,自动会创建一个名为base的基础环境,后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
百度/谷歌搜索“miniconda 清华”(是清华的conda镜像网站)进行下载。
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
按照更新时间查找最新版Linux的miniconda软件,通过命令 uname -a查看服务器是多少位的(我的是x86_64),复制相应的下载链接。
本篇文章就带领大家用最简单地方式安装TF2.0正式版本(CPU与GPU),由我来踩坑,方便大家体验正式版本的TF2.0。
某位大神说过:我们都是被windows惯坏的人!确实如此,习惯了鼠标点点点,在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
基于阿里云服务器召唤出Linux后,接下来我们需要给Linux上装备,本节主要介绍,如何在Linux中安装软件
作用就相当于App store,miniconda是conda的精华版,足够日常生信使用
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
anaconda=miniconda+150 high quality packages=conda+Python+base packages
python 虚拟环境的重要性已经无需多言了, 目前所有支持 python 虚拟环境的工具中最好用的应该就是 conda 了, 最重要的一点是可以一键创建不同版本的 python 环境以适应不同的需求.
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选中-鼠标右键-复制链接-转到xshell-cd ~/biosoft 打开之前建立的biosoft目录-wget 左键-回车,等待下载
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了,选中,鼠标左键点一下是复制,右键点一下是粘贴;
最近有很多朋友问我生信工具安装的问题,对于初学者来说,工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写,有的解压后直接就可以用,有的还要编译,涉及到各种依赖关系。今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。
最近使用python用到了不同版本,以及适合于32位、64位机器的版本,电脑上的python有点乱,安装的第三方库也不知道去哪了,有时候安装了也不能用,大概率是使用pip的时候,安装到其他版本的python那儿去了,然后学了一下miniconda。
下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径(回车) -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档
conda install fastqc -y 安装软件fastqc (-y是yes,指安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal,第一个指令
1.百度/谷歌搜索“miniconda 清华” https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
1.通过miniconda 清华镜像uname -a务必通过此代码查看服务器位数查找适合自己的版本,注意区分X86_64与ppc64le的区别
这里介绍在windows、Linux(CentOS7)两个平台上,python开发环境的搭建方法 主要使用miniconda作为python的开发,测试环境 一、windows平台上的python环境搭建 1、首先,下载miniconda 清华镜像源:https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 2、下载完成后,安装,安装时选择默认+环境变量
在minicondon 清华镜像网站中下载最新的miniconda版本https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
参考:https://www.jianshu.com/p/29ca12036f5d
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