k-mer分析常用的软件有Jellyfish、Kmergenie、KmerFreq和GCE等。其中Kmergenie常用于预测de novo组装中最优组装k-mer大小，根据reads分割k-mers并绘制k-mer深度分布曲线。Jellyfish分析准确度高，常用于判断基因组纯度、杂合度等。
随着越来越多物种的基因组被测序发表，极大丰富了我们对物种起源、进化等方面的认知，同时也为各种物种的研究打下了基础。但是在面对复杂基因组时或者参考基因组并未发表的情况下，我们通常会对这个物种的基因组进行De Novo组装，在得到一个相对完整的基因组图谱以后，接着进行接下来的分析如基因功能预测、物种间进化关系等。在这个过程中，我们经常会遇到k-mer这个名词，然而这个抽象的名词是什么意思呢？它又有什么用呢？接下来，就随着小编一起去探究这k-mer背后的含义吧！
比如，“ATGC”的所有1-mer是：’A’, ‘T’, ‘G’, ‘C’。共4^1=4种组合。
TargetScan 基于序列互补原则，找到比对到靶 3'UTR 的保守性 8 mer、7 mer 或 6 mer 位点（seed match 序列），进一步根据热力学稳定性筛选得到 miRNA 的靶。seed 序列配对主要考虑三种类型：7 mer-1a(miRNA 的第 2-7nt 与靶基因互补配对, 而且 UTR 上与 miRNA 1nt 互补配对的位置是 A）；7 mer-m8 (miRNA 2-8nt 与靶基因完全配对)；8 mer (miRNA 2-8nt 与靶基因完 全配对,而且 UTR 上与miRNA 1nt 互补配对的位置是 A)。
本期给大家介绍的是康奈尔大学Fei Wang教授课题组在AAAI-19上发表的一篇关于医学命名实体识别和标准化的文章。该文章提出了一种新的深层神经多任务学习框架，该框架采用显示反馈策略来联合建模医学命名实体识别和标准化，并将这两个分层任务转化为并行多任务，同时保持了任务之间的相互联系，使得实体识别和标准化模型的性能都得到了很大的提升。
Molecular Ecology Resources，缩写Mol Ecol Resour，简称MER。
利用drop_duplicates()函数删除数据表中重复多余的记录, 比如删除重复多余的ID.
这题粗看复杂，其实不然。首先不难看出，abo、an并不是数字，所以不是加法就是乘法。因为abo出现的十分多，所以我们可以简单地假设abo是加法。接下来需要确定进制。我们知道1-10的乘方之间，出现了三个单独的词。不难得出，肯定1个是1，一个是基数的平方。除了这两个，只剩一个单独的词，那么这个词只可能是2^2=4。由此我们可以确定，Ndom语言的数字表达的基数肯定大于4且小于9。因为nif为很多长词的开头，所以nif应该是基数的平方。在题2的等式我们发现meregh乘上sas结尾的词，结果竟然还是以meregh尾！所以很明显sas就是1，于是thonith就是4。接着找，就找到了余下几个小于基数的词（于abo、an之后的较小）：ithin、meregh、thef（可能是2、3、5）。剩下的mer、nif、tondor估计就是基数的倍数了，通过观察nif abo tondor abo mer abo thonith，发现nif>tondor>mer。按照推论，mer abo ithin应该是第三小的数字——9，那么mer应该就是基数了。ithin肯定不是1、4，所以排除5、8进制可能。那么就只剩下6、7进制两种可能了。分析得mer an thef abo thonith是第4小的，即16。mer*thef+4=16⇒mer*thef=12。所以只有一种可能：Ndom语言的数字是6进制。所以mer为6，thef为2，nif是mer的平方即36，ithin是9-6=3。排除法得，meregh是5。最后还有一个tondor，通过推断tondor abo mer abo sas≥6*2+6+1=19最近的平方数是25，可以判断tondor是18。至此，我们已经推断完成所有的词。剩下就是一些小小的规则，比如表示72,并不是nif an thef，而是直接nif thef。还有就是大的数字一定会在前。所以我们就能写出：58=36+18+4也就是nif abo tondor abo thonith，而87=36*2+6*2+3即nif thef abo mer an thef abo ithin。参考答案：
新冠疫情席卷全球，我们尚不得知病毒的发源地及特效治疗方案。最有效的防控手段还是在疫情爆发的早期做好隔离工作，切断传播途径。例如前些日子的北京，局部爆发后迅速控制到新增0，而对比美利坚每天新增数万… 这其中，离不开快速平行检测技术加持。
mysql修改字段类型有：1、添加字段【alter table table1(表名)add No_id(字段名)】；2、修改字段类型【t1(表名) alter column a(字段名)】；3、删除某表的字段【drop ‘cpid’】。
论文 Pushing the limits of HiFi assemblies reveals centromere diversity between two Arabidopsis thal
Spades（http://cab.spbu.ru/software/spades/）可用于进行单细菌基因组组装，也能用于宏基因组测序数据，可以进行二代与三代测序数据的混合组装，也支持多样品组装。输入数据可以是Illumina、IonTorrent或PacBio、Sanger测序结果，也可以把一些contigs序列作为long reads进行输入。该软件可以同时接受多组paired-end、mate-pairs和unpaired reads数据的输入。spades支持输入文件格式：fq、fastq、bam、fa、fasta、fq.gz、fastq.gz、bam.gz、fa.gz、fasta.gz，其使用方法如下所示：
在之前介绍的基因组拼接，主要是二代illumina测序的拼接，其中使用不同的软件，及每个软件对应的不同的参数，会得到不同的结果，那么怎么选取软件和参数呢，下面着重介绍这些，当然取决于你的实验数据，从实际出发。可以测试部分小数据先看看结果，拼接多了就明白了。
当DNA 的双螺旋结构打开后，其会形成两股复制叉，且这两股复制叉会朝着各自的方向沿着染色体（两条单链）进行复制：
今天在做特征工程时，考虑给某列的缺失值，填充为该列的众数。按照之前填补均值和最大最小值的方法：
忽然发现自己之前一直想学的生信算法还是停留在起点，还是捡起来坚持下去吧。加州大学的课程非常不错。还有配套的官方网站：Bioinformatics Algorithms: Learn Computational Biology Online[2]
动机：PacBio单分子实时测序是一种产生长片段（reads）的第三代测序技术，具有相对更低的通量和更高的错误率。错误包括大量插入缺失，并使下游分析，像比对或从头装配复杂化。提出了一种利用第二代短片段高准确性的混合策略以修正长片段。短片段到长片段的比对提供了足够的覆盖以剔除高达99%的错误，然而，是以过高的运行时和相当大量的磁盘和内存空间为代价的。
科学技术的发展为各个领域都带来了深刻的变革，在生物学领域，随着计算机的应用，生物学与信息学的结合诞生了一门新的融合学科——生物信息学。作为生物信息学的重要研究内容之一，生物序列比较成为当下热点问题。基于k-mer的DNA分子序列比较研究是序列比较的一种，该方法以进化论作为依据，从序列的相似性出发探究同源的可能性。关于相似度的计算，首先将生物序列转化为k-mer的词频向量，然后利用距离公式求得生物序列的距离矩阵作为相似度的量化。基于k-mer的DNA分子序列比较研究在这篇论文中采用以熵权作为权重的加权欧氏距离与欧氏距离两种方法计算相似度。最后，通过相似性分析与系统发育树分析测试两种方法的分类效率，评价方法的应用效果。
Link: https://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-018-0710-z#Sec22
ansible 的安装有很多方式，这里以Mac为例 安装 brew install ansible 他会顺便安装依赖python3 打 ansible --version ➜ ansible --version ansible 2.7.1 config file = /Users/mafei/.ansible.cfg configured module search path = ['/Users/mafei/.ansible/plugins/modules', '/usr/share/ans
墨墨导读：本文来自墨天轮用户 肖杰 的投稿，介绍用OGG实现Oracle到Kafka到Greenplum的增量数据同步的全过程。
本周介绍了 5 个视频相关的 SoTA 模型：VideoMAE 成功在视频模型中加入超高遮蔽率、ViS4mer 处理长视频高效又低成本、Flamingo 只需小样本就能胜任多种视觉语言任务，VDTN 用多模态的概念重新定义对话状态追踪任务，ActionFormer 率先将 Transformer 应用到时空动作定位任务。
Android获取储存信息以及内存信息可以用adb命令查看。 adb查看系统内存信息以及储存信息： 命令：adb shell cat /proc/meminfo 代码: private st
#!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- # __author__:anxu.qi # Date:2018/11/19 ################################################### # 方法，无@staticmethod，对象.方法 # 方法，有@staticmethod，类.方法 # python中数字 -5 到 257 # 会分配一个内存地址 # 查看内存地址 : id （变量名） # 索引只能取一个元素 #
基因组表现出具有片段拷贝数变异的大区域，其中许多包括整个基因并且是多等位基因。2023年10月，《Scientific Reports》发表了一种新的alignment-free计算方法GeneToCN，该方法计算FASTQ文件中基因特异性k-mer的频率，并使用这些信息推断基因的拷贝数。
jellyfish可以统计DNA序列中Kmer的分布，它运行速度快，内存消耗低，支持并行，是最常用的kmer统计软件之一。
编写 mer_index.yml （注意：sql 语句中每张表的主键都要出现在查询中）
1. Catastrophic Forgetting and the Stability-Plasticity Dilemma
Direct identification of A-to-I editing sites with nanopore native RNA sequencing
基因组图谱可分为框架图（草图，draft）、精细图、完成图（全图），具体如下所示：
一. 安装 pip install mayavi -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple # 报错 推荐下面的这条指令安装 pip install git+https://github.com/enthought/mayavi.git 二. 使用 1. Mayavi库基本元素 1. 处理/显示图形的mlab模块 2. Mayavi的api 2. 快速绘图实例 实例代码1： # coding=utf-8 from mayavi import ml
本案例适用于MER产品系列路由器：MER3200、MER5200、MER8300系列路由器。
我们知道，0和1构成的二进制充斥着计算机语言的世界。一般来说，我们对二进制可以操作的最小单位就是一个bit（位）了，一个bit要么是0，要么是1。在编写代码的过程中，如果我们能了解一点位操作，有时可以简化代码、提高效率。
项目地址：https://github.com/windwant/windwant-demo/tree/master/thread-demo
一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
今天给大家介绍西北大学Ramana V. Davuluri教授等人在Bioinfomatics期刊上发表的文章“DNABERT: pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers model for DNA-language in genome”。为了解决传统语言难以捕捉DNA语义之间信息的问题，作者提出了一个新颖的预训练双向编码表示DNABERT来通过上下文信息对DNA序列进行全局或者迁移分析。通过实验表明，作者的模型能够在众多下游任务上达到SOTA水平，并且，DNABERT可以直接对核苷酸分子的重要性进行排名和分析输入序列上下文之间的关系，从而获得更好的可视化信息和精确的motifs提取。
一. 安装 pip install mayavi -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple # 报错 推荐下面的这条指令安装 pip install git+https://github.com/enthought/mayavi.git 二. 使用 1. Mayavi库基本元素 1. 处理/显示图形的mlab模块 2. Mayavi的api 2. 快速绘图实例 实例代码1： # coding=utf-8 from mayavi import mlab
在[[06-激动人心的新线索]]我们提到，通过构建clumpFinding 函数，我们可以得到一个指定的 k-mer (L,t)-clump，但一般我习惯这里的t 取最大。即k-mer 可以出现的最大次数。
服务商提供的OCR API可选择性比较多，开发者可以根据自己的需求选择适合自己的服务商。
https://bioinformatics.uconn.edu/genome-size-estimation-tutorial/
基因组的的大小，杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度，目前市场上主流的有以下两种产品
那么我们很容易想到这个题有一种O（n*n）的暴力解法，但这不是我们所需要的，所以，要想归并排序来实现求逆序对数，那么首先我们要了解并掌握归并排序算法。
DNA 序列在分子生物学和医药研究中有着广泛的应用，比如基因溯源、物种鉴定、疾病诊断等。如果结合正在兴起的基因大数据，采取大量的样本，那么通常实验结果更具说服力，也能够更有效地投入现实应用。
A:无论是一代Sanger、二代Illumina还是三代Pacbio，其得到的测序数据（reads）相较于整个基因组而言都是极短的，基因组组装的任务就是将这些小片段连接起来，通过这些序列的关系构建Graph，然后根据算法从Graph中得到最优路径，从而得到最初的Contig序列。目前组装软件常用的两种算法：overlap-layout-consensus (OLC)和de-bruijn-graph(DBG)。
因此AGTCGCATAGT 与ACTATGCGACT 是互补序列。为什么是ACTATGCGACT呢？因为DNA 的复制规则是单向的，其只允许从5' 到3' 复制。所以其互补序列可能是出现在基因组的反链上。
“脱氧核糖核酸（DNA）是一种分子，其中包含每个物种独特的生物学指令。DNA及其包含的说明在繁殖过程中从成年生物传给其后代。“ —genome.gov
索引数组： 指键名为整数的数组。默认情况下，索引数组的键名是从0开始，并依次递增。它主要适用于利用位置来标识数组元素的情况。另外，索引数组的键名也可以自己指定
好的书籍是人类进步的阶梯，但有些人却找不到优秀的阶梯，为此我们开设了书籍翻译这个栏目，作为你学习之路的指路明灯；分享国内外优秀书籍，弘扬分享精神，做一个知识的传播者。
对于strand-specific的RNA-seq而言，我们必须得知道它是哪一种建库方式，才能进行后续的定量分析。
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