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    BIB | DeepDTAF:一种预测蛋白质与配体结合亲和力的深度学习方法

    配体与蛋白质之间的生物分子识别在药物发现和开发中起着至关重要的作用。然而,通过实验来确定蛋白与配体的结合亲和力是非常耗时耗力的。目前,已经提出了许多预测结合亲和度的计算方法,其中大多数通常需要蛋白质的三维结构,而这种结构并不常用。因此,需要新的方法充分利用序列水平的特征来预测蛋白质与配体的结合亲和力,加快药物发现过程。作者开发了一种新的深度学习方法DeepDTAF,来预测蛋白质与配体的结合亲和力。DeepDTAF是结合局部和全局上下文特征构建的。更具体地说,蛋白质口袋具有一些特殊的特性,可以直接与配体结合,这种特性首次被用作预测蛋白质与配体结合亲和力的局部输入特征。此外,空洞卷积被用来捕获多尺度的长程相互作用。作者将DeepDTAF与最新的方法进行了比较,实验结果表明DeepDTAF是一个可靠的预测工具。

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    一文看尽深度学习中的20种卷积(附源码整理和论文解读)

    卷积,是卷积神经网络中最重要的组件之一。不同的卷积结构有着不一样的功能,但本质上都是用于提取特征。比如,在传统图像处理中,人们通过设定不同的算子来提取诸如边缘、水平、垂直等固定的特征。而在卷积神经网络中,仅需要随机初始化一个固定卷积核大小的滤波器,并通过诸如反向传播的技术来实现卷积核参数的自动更新即可。其中,浅层的滤波器对诸如点、线、面等底层特征比较敏感,深层的滤波器则可以用于提取更加抽象的高级语义特征,以完成从低级特征到高级特征的映射。本文将从背景、原理、特性及改进四个维度分别梳理10篇影响力深远的经典卷积模块以及10篇具有代表性的卷积变体,使读者对卷积的发展脉络有一个更加清晰的认知。

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