前面我们简单介绍过什么是gmt文件,基因矩阵转置文件格式(* .gmt)。今天我们就用R来去读gmt文件。...首先我们从GESA(https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp)的官网上,下载一个gmt文件。...这里以KEGG的gmt文件为例,其他gmt文件的读取方法一样。 ? c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt这个文件里面保存的是基因的名字, ?...而c2.cp.kegg.v7.0.entrez.gmt这个文件里面保存的是基因的Entrez gene id, ?...下面我们会用两种不同的方法来将KEGG symbol的gmt文件读到R里,并转换成列表。由于gmt文件的每一行都是不一样长的,所以传统的read.table在这里是毫无用武之地的。
UTC(Coordinated Universal Time,世界协调时间) 多数的两地时间表都以GMT来表示,但也有些两地时间表上看不到GMT字样,出现的反而是UTC这3个英文字母,究竟何谓UTC?...”为单位的国际原子时所综合精算而成的时间,计算过程相当严谨精密,因此若以「世界标准时间」的角度来说,UTC比GMT来得更加精准。...所以基本上UTC的本质强调的是比GMT更为精确的世界时间标准,不过对于现行手表来说,GMT与UTC的功能与精确度是没有差别的。...一个简单的时间转换,如北京东8区为例: GMT + 8 = UTC + 8 = CST GMT与UTC区别 GMT和UTC都以伦敦格林威治时间为准,不同点是UTC比GMT更精准!...在UTC中,每一年或两年会有一个“闰秒”,而我们一般不理会这个“闰秒” 参考推荐: GMT,UTC,DST,CST时间表示的区别 UCT和GMT时间 双重标准? Retina屏科学原理
GMT GMT是指格林尼治标准时间,它对应位于英国伦敦郊区的皇家格林威治天文台的标准时间。 理论上来说,格林威治标准时间的正午是指当太阳横穿格林威治子午线时(也就是在格林威治上空最高点时)的时间。
3、完善分发器的代码,这是由于app.py需要修复问题,但是分发器才完成一半,Push上服务器没有什么意义,这时候就需要使用stash
,编辑器打开可以看到就是一行的内容,如下所示: Splicing_factors_geneset NA TARDBP SRRM1 PPP1R8 PPIE 后面的基因省略掉 写出gmt文件 假如你目前的基因列表在...R里面,就可以自己写一个函数,比如 write.gmt 进行输出到gmt文件(本质上仍然是文本文件): library(msigdbr) all_gene_sets = msigdbr(species...(gs,file) 读取gmt文件 假如你拿到了gmt文件,很容易读取它并且去做分析,下面有两个不同包的函数: file="Homo-H-examp.txt" gmt <- GSEABase::getGmt...( file ) #GeneSetCollection 对象 gmt clusterProfiler::read.gmt( file ) # 普通数据框 跨越gmt文件 其实完全没必要写出gmt文件...和GSEA 首先呢,clusterProfiler重新改写了gmt文件和做gsea的方法,所以代码稍微有一点点不同。
GMT-格林尼治标准时 GMT 的全名是格林威治标准时间或格林威治平时 (Greenwich Mean Time),这个时间系统的概念在 1884 年确立,由英国伦敦的格林威治皇家天文台计算并维护,并在往后的几十年往欧陆其他国家扩散...在刚开始的几十年,GMT 的测量方法非常简单:观测者随时监控太阳在天空的位置,并且把每天太阳爬升到仰角最高的时候记录下来,这个时间点称呼为“过中天”。...这个就是 GMT。 GMT 12:00 就是指的是英国伦敦郊区的皇家格林尼治天文台当地的中午12:00,而GMT+8 12:00,则是指的东八区的北京当地时间的12:00。...如果上述时间指的是纽约时间,那么纽约是GMT-5,所在地北京GMT+8,相差13个小时,转换成北京时间为2019年2月1号09:00。...如果上述时间指的是东京时间,那么东京是GMT+9,所在地北京GMT+8,相差1个小时,转换成北京时间为2019年2月1号21:00。
某次突然关闭连接…..会出现swp文件,那么就要使用ll -a找到swp文件然后 rm -f swp文件,就可以正常打开文件了 发布者:全栈程序员栈长,转载请注明出处:https://javaforall.cn
gmt文件可能对于很多人来说比较陌生,但是对于使用GSEA(https://www.gsea-msigdb.org/)做过基因富集分析的人应该并不陌生。...gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)文件,里面保存的是一些基因列表的信息。每一行代表一个基因列表,基因之间以制表符隔开。下面是一个gmt文件的示例。...下期我们将来谈谈如何用R读取gmt文件,为后续富集分析做准备。
在探索Linux的世界中,"Linux I/O" 或 Linux 输入/输出,是个让数据动起来的魔法。...✨ 就像我们通过眼睛看世界、用嘴巴说话️一样,计算机也需要读取数据(输入)和输出数据(输出),而Linux I/O正是这个过程的大管家。1. 什么是Linux I/O?...简单来说,Linux I/O就是处理这些数据输入和输出的机制。2. 为什么需要Linux I/O?Linux I/O的设计和实现对于操作系统的性能至关重要。...Linux I/O打开了这扇窗户,让数据流动起来,使得我们能够通过计算机与世界互动。它确保了我们能够存取信息,让我们的应用程序能够运行和响应我们的需求。3. 如何理解Linux I/O?...要深入理解Linux I/O,我们可以从以下几个方面入手:I/O模型:Linux支持多种I/O模型,如阻塞I/O、非阻塞I/O、I/O复用、信号驱动I/O和异步I/O。
Ctrl+Shift+T 打开多个终端 Ctrl+D 关闭终端 !!想开几个就按几次快捷键
前言 我们都知道,在linux下,“一切皆文件”,因此有时候查看文件的打开情况,就显得格外重要,而这里有一个命令能够在这件事上很好的帮助我们-它就是lsof。...linux下有哪些文件 在介绍lsof命令之前,先简单说一下,linux主要有哪些文件: 普通文件 目录 符号链接 面向块的设备文件 面向字符的设备文件 管道和命名管道 套接字 以上各类文件类型不多做详细介绍...linux就比较容易了,使用lsof命令就可以了,例如要查看当前哪些程序打开了hello.c: $ lsof hello.c COMMAND PID USER FD TYPE DEVICE...查看某个目录文件被打开情况 $ lsof +D ./ 查看当前进程打开了哪些文件 使用方法:lsof -c 进程名 通常用于程序定位问题,例如用于查看当前进程使用了哪些库,打开了哪些文件等等。...linux是一个多用户操作系统,怎么知道其他普通用户打开了哪些文件呢?
linux学习(六) linux防火墙的关闭与打开 强烈推介IDEA2020.2...破解激活,IntelliJ IDEA 注册码,2020.2 IDEA 激活码 CentOS(Community ENTerprise Operating System)是Linux发行版之一,当我们使用...CentOS时,我建议大家配置一个iptables,iptables 是与最新的 2.6.x 版本Linux 内核集成的 IP 信息包过滤系统.非常好用。...在Linux中设置防火墙,以CentOS为例,打开iptables的配置文件: ?...4.打开主动模式21端口 ? 5.打开被动模式49152~65534之间的端口 ?
linux查看3306端口号是否打开 在Linux使用过程中,需要了解当前系统开放了哪些端口,并且要查看开放这些端口的具体进程和用户,可以通过netstat命令进行简单查询。
无论您是使用 Linux 作为服务器还是桌面,了解开放端口或正在使用的端口在各种情况下都会有所帮助。...在 Linux 中有多种检查端口的方法,我将在这个快速提示中分享我最喜欢的两种方法。...方法一:使用 lsof 命令查看当前登录的 Linux 系统中打开的端口 如果您直接或通过 SSH 登录到系统,则可以使用 lsof 命令检查其端口。...这将显示计算机上打开的所有端口,这些端口可由网络上的另一台计算机访问。 结论 在这两种方法中,我更喜欢 lsof 命令,它比 nc 命令更快。但是,您需要登录系统并拥有 sudo 访问权限。...这两个命令都可用于根据您所处的场景检查 Linux 中的开放端口。
如果linux已经部署好了,但是页面打不开,可能是因为在上传war包时没有彻底关闭tomact,可执行以下步骤 1,先关闭toamct 2,执行 ps -ef|grep java 查看进程,如果出现以下
前言 为什么要学习 Linux ? 目前企业有超过 80% 甚至更多的系统都是 Linux 操作系统,所以不管是做开发还是运维,不会点 Linux 知识肯定是无法进入到企业里工作。...而且,很多企业的岗位职责里写要需要精通 Linux 。 Linux 的从业方向也比较广,主要分为 运维 和 开发 ,细分下来就数不胜数了,基本都会涉及,因此学好 Linux 刻不容缓。...Linux 有上百种不同的发行版,如基于社区开发的 debian、archlinux,和基于商业开发的 Red Hat Enterprise Linux、SUSE、Oracle Linux 等。...语法: 语法格式:tail [参数] 常用参数: 参数 描述 –retry 即是在tail命令启动时,文件不可访问或者文件稍后变得不可访问,都始终尝试打开文件。...lsblk命令包含在util-linux-ng包中,现在该包改名为util-linux。
Linux 查看、关闭、打开防火墙命令 以下截图中的操作均在Centos7上进行。 1.
最近我在阿里云ESC上购买了一台服务器,但是在安装完redis后,我在本地的电脑上怎么也没法调用这台服务器上面的redis服务。
也可以链接一个本机的libstdc++: ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 'yourPath'/Sdk/emulator/lib64//libstdc...++.so.6 但是依然打不开哦,打开闪退了。
本文主要介绍Linux下如何查看和修改进程打开的文件句柄数,避免这类问题的发生。 句柄介绍 句柄的介绍及应用 句柄是在 Windows 中引入的一个概念,它是和对象一一对应的 32 位无符号整数值。...在 Linux 系统中,进程与文件之间是通过“打开文件”操作建立连接,文件系统会返回文件句柄来唯一标识进程与文件的连接。每当一个进程执行完毕之后,Linux 系统会将与进程相关的文件句柄自动释放。...如何修改系统最大句柄数 Linux 中,单个进程能够打开的最大文件句柄数量是可以配置的,系统默认是 1024。...Linux 检测句柄的方法 在 Linux 平台上,lsof(list open files)是一个列出当前系统打开文件的工具。...如 cwd、txt 等 TYPE:文件类型,如 DIR、REG 等 DEVICE:指定磁盘的名称 SIZE:文件的大小 NODE:索引节点(文件在磁盘上的标识) NAME:打开文件的确切名称 在 Linux
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