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比对得到SAM文件怎么看?

SAM ( Sequence Alignment Map ) 文件是reads比对到基因组后得到结果文件,记录了reads mapping到基因组各项信息。...BAM文件是SAM文件二进制格式,保留SAM文件全部信息同时极大压缩了SAM文件体积,我们比对完成后获得一般都是BAM文件。...SAM文件由两部分组成:注释信息 (header) 和比对结果。 ## 查看 BAM 文件 header samtools view -h input.bam | head ?...不同情况对应不同值,这里数字是所有情况和。 3. RNAME:比对至参考序列名称。 4. POS:比对到位置。 5. MAPQ:比对质量。 6. CIGAR:比对情况信息。 7....RNEXT:与之配对另一条reads所在参考序列名称。"="表示位于同一个参考序列上,"*"表示没有另一条reads。 8. PNEXT:与之配对另一条reads所在位置。 9.

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    vim编辑器怎么显示行数(linux统计行数vim)

    大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 Ubuntu系统16.04版本vim编辑器显示行数 一种是临时显示。...进入vim编辑器后,在命令行模式下,输入:set nu 或者 set number,按下回车后,就会显示行数。输入:set nonu ,就会隐藏行数。...此方法,在关闭当前vim后再次打开vim编辑器,行数就会消失,需要再次输入上述命令。 一种是永久显示。 想要开机后再次打开vim编辑器一直显示行数,就需要修改vim配置文件。...输入下列命令: sudo vim /etc/vim/vimrc 进入vim编辑器配置文件内,在文件尾部,新建一行,输入:set nu 或 set number,保存退出。...这样再次打开vim编辑器就会一直显示行数

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    Linux查看文件指定行数内容

    文章目录 1、tail 用法 2、head 用法 1、tail 用法 tail date.log 输出文件末尾内容,默认10行 tail -20 date.log...输出最后20行内容 tail -n -20 date.log 输出倒数第20行到文件末尾内容 tail -n +20 date.log 输出第20行到文件末尾内容 tail -f...2、head 用法 head date.log 输出文件开头内容,默认10行 head -15 date.log 输出开头15行内容 head -n +15 date.log...输出开头到第15行内容 head -n -15 date.log 输出开头到倒数第15行内容 3、sed 用法 sed -n "开始行,结束行p" 文件名 sed -n '...-n 5p 文件名 输出第5行 tail 和 head 加上 -n参数后 都代表输出到指定行数,tail是指定行数到结尾,head是开头到指定行数 +数字 代表整数第几行

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    linux.zip文件怎么解压,linux怎么解压zip文件

    ZIP文件是包含一个或多个压缩文件或目录数据容器 在此文中将向您展示如何使用unzip命令通过命令行解压缩Linux系统中文件 Unzip命令,可帮助您列出,测试和提取压缩ZIP归档 安装unzip...默认情况下,大多数Linux发行版中都没有安装Unzip,但您可以使用发行版软件包管理器安装它。...unzip filename.zip 为了能够提取ZIP存档到指定目录,用户需要对该目录具有写入权限 ZIP文件不支持Linux所有权信息,并且所有提取文件将由运行该命令用户拥有 例如,假设您下载了...当使用sudo解压缩ZIP文件时,提取文件和目录将由用户root拥有。 如何解压缩受密码保护ZIP文件 要解压缩受密码保护文件,使用-P 选项后跟密码。...您希望保留更改并从ZIP存档中还原已删除文件。 在这种情况下,您将使用-n强制解压缩选项来跳过已存在文件提取。

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    linux下移动文件命令_linux怎么移动文件

    大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 linux 中移动文件Linux中移动文件看似比较简单,但是可用选项却比大多数人想象要多。...在研究移动文件之前,值得仔细研究一下移动文件系统对象时实际发生情况。 创建文件后,会将其分配给一个inode ,它是用于数据存储文件系统中固定点。...发生这种情况是因为必须将新数据写入新文件系统。 因此,在Linux中,移动和重命名文件操作实际上是相同操作。...用鼠标移动 GUI是大多数人熟悉友好且熟悉抽象层,位于二进制数据复杂集合之上。 这也是在Linux上移动文件第一种也是最直观方法。...翻译自: https://opensource.com/article/19/8/moving-files-linux-depth linux 中移动文件 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人

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    粒子滤波到底是怎么得到

    网络上有不少关于粒子滤波资料,但大多是直接给出了粒子滤波相关公式和证明,或较为直观上解释。...本文将侧重从“粒子滤波是怎么”这个问题介绍粒子滤波。限于篇幅与易懂性,对一些概念并没有展开介绍,读者在了解基本思路后可以根据给出资料深入学习。...那么到底什么是滤波,不同领域有不同定义。比如在信号系统领域,滤波是指将信号中特定波段频率滤除操作。而在移动机器人领域,我暂时没有看到较为严格定义。...按照分布u(x)进行N次随机采样: 可以发现最后一项对f(x)积分,就是x期望。所以我们可以发现,当我们按照均匀分布u(x)对x进行大量采样,计算对应f(x)平均值,就是f(x)积分。...之后为了降低误差、减少运算量和避免权重集中,对应出现了重要性采样、序列重要性采样与重采样,顺理成章得出了粒子滤波数学原理,之后给出了对应物理模型。最后给出了简单粒子滤波完整算法。

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    粒子滤波到底是怎么得到

    网络上有不少关于粒子滤波资料,但大多是直接给出了粒子滤波相关公式和证明,或较为直观上解释。...本文将侧重从“粒子滤波是怎么”这个问题介绍粒子滤波。限于篇幅与易懂性,对一些概念并没有展开介绍,读者在了解基本思路后可以根据给出资料深入学习。...那么到底什么是滤波,不同领域有不同定义。比如在信号系统领域,滤波是指将信号中特定波段频率滤除操作。而在移动机器人领域,我暂时没有看到较为严格定义。...这一点很好理解,如果我们选择分布p(x)就是真实分布,那么我们从p(x)进行采样,就和直接从真实分布进行采样是一样,积分结果当然是没有误差。...之后为了降低误差、减少运算量和避免权重集中,对应出现了重要性采样、序列重要性采样与重采样,顺理成章得出了粒子滤波数学原理,之后给出了对应物理模型。最后给出了简单粒子滤波完整算法。

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    linux怎么快速清空文件

    这篇文章主要介绍“linux怎么快速清空文件”,在日常操作中,相信很多人在linux怎么快速清空文件问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用操作方法,希望对大家解答”linux怎么快速清空文件...file 或者 bash: cat /dev/null >| file 更简单方式是 >| file Linux有哪些版本 Linux版本有:Deepin、UbuntuKylin、Manjaro、LinuxMint...其中Deepin是国内发展最好Linux发行版之一;UbuntuKylin是基于Ubuntu衍生发行版;Manjaro是基于ArchLinux发行版;LinuxMint默认Cinnamon桌面类似...Windows XP简单易用;Ubuntu则是以桌面应用为主Linux操作系统。...到此,关于“linux怎么快速清空文件学习就结束了,希望能够解决大家疑惑。理论与实践搭配能更好帮助大家学习,快去试试吧!

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    linux 下gz文件解压命令,Linux解压gz文件命令怎么

    Linux解压gz文件命令怎么写 发布时间:2020-11-17 13:39:53 来源:亿速云 阅读:122 作者:小新 小编给大家分享一下Linux解压gz文件命令怎么写,相信大部分人都还不怎么了解...gz文件是一种压缩文件,以.gz或者.tar.gz(.tgz)为扩展名,在Linux、UNIX和OSX下常见,Linux和OSX都可以直接解压使用这种压缩文件。...gunzip命令 作用是解压文件,使用权限是所有用户。例:gunzip FileName.gz gzip命令 gzip命令是在Linux系统中经常使用一个对文件进行压缩和解压缩命令,既方便又好用。...gzip不仅可以用来压缩大、较少使用文件以节省磁盘空间,还可以和tar命令一起构成Linux操作系统中比较流行压缩文件格式。...)扩展名结尾gz文件,可以使用tar命令来解压,执行以下命令:tar zxvf FileName.tar.gz 就可解压.tar.gz文件 以上是Linux解压gz文件命令怎么所有内容,感谢各位阅读

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    Linux怎么复制文件到其他文件

    前言本文主要讲解linux怎么复制文件到其他文件夹。 在Linux和Unix系统上工作时,复制文件和目录是您每天要执行最常见任务之一。...cp是一个命令行实用程序,用于复制Unix和Linux系统上文件和目录。在本文中,我们将解释如何使用cp命令。linux怎么复制文件到其他文件夹2....当源和目标参数都是目录时,cp命令将把第一个目录复制到第二个文件夹中。 要复制文件文件夹,必须至少具有源文件读权限和目标文件写权限。否则,您将得到一个权限拒绝错误。3....Linux使用cp命令复制文件文件Linux使用cp命令复制文件文件夹 使用cp最基本场景是复制当前工作目录中文件。...总结通过本文,您应该知道了在linux系统上怎么复制文件到其他文件夹。使用cp命令复制文件和目录是一项简单任务。有关终端中所有可用cp选项信息,请键入man cp。

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    linux怎么文件复制到别的文件_linux 文件夹复制

    大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君 参考Linux怎么复制文件到其他文件夹 – 云+社区 – 腾讯云 1. 前言 本文主要讲解linux怎么复制文件到其他文件夹。...linux怎么复制文件到其他文件夹 2. 如何使用cp命令 cp命令使用语法: cp [OPTIONS] 源… 目标 源可以有一个或多个文件或目录作为参数,目标可以有一个文件文件夹作为参数。...当源和目标参数都是目录时,cp命令将把第一个目录复制到第二个文件夹中。 要复制文件文件夹,必须至少具有源文件读权限和目标文件写权限。否则,您将得到一个权限拒绝错误。 3....Linux使用cp命令复制文件文件Linux使用cp命令复制文件文件夹 使用cp最基本场景是复制当前工作目录中文件。...总结 通过本文,您应该知道了在linux系统上怎么复制文件到其他文件夹。使用cp命令复制文件和目录是一项简单任务。有关终端中所有可用cp选项信息,请键入man cp。

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    linux文件句柄数上限_怎么清除文件句柄

    关于什么是文件句柄,这里不做讨论,其实linux中没有文件句柄,叫做文件描述符fd 超过最大句柄限制,报错:java.io.IOException: Too many open files。...session(即当前shell窗口)最大限制 (如果多个shell窗口,每个都能到达最大限制,和单个进程无关) 单个进程级别(nr_open ) cat /proc/sys/fs/nr_open linux...:第一个数表示当前系统已分配文件描述符数(文件句柄数),第二个数为分配后已释放文件描述符数(当前不再使用文件描述符数),第三个数为最大文件描述符数,等于file-max。...我是这么理解:当前用户想要操作这个进程最大文件数,但是你再大也不能超过系统级别的单个进程限制,即nr_open 如果想要大于怎么办?...,限制当前shell以及该shell启动进程打开文件数量) https://blog.csdn.net/sunny05296/article/details/54952009(ulimit当前shell

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